BMKCloud Log in
条形banner-03

Productes

Anàlisi segregant a granel

L'anàlisi segregant a granel (BSA) és una tècnica que s'utilitza per identificar ràpidament marcadors genètics associats al fenotip.El flux de treball principal de BSA conté seleccionar dos grups d'individus amb fenotips extremadament oposats, agrupant l'ADN de tots els individus per formar dos grans d'ADN, identificant seqüències diferencials entre dos grups.Aquesta tècnica s'ha emprat àmpliament per identificar marcadors genètics fortament associats per gens dirigits en genomes vegetals/animals.


Detalls del servei

Resultats de demostració

Cas d'estudi

Avantatges del servei

12

Takagi et al., The plant journal, 2013

● Localització precisa: barreja de grans quantitats amb 30+30 a 200+200 individus per minimitzar el soroll de fons;predicció de la regió candidata basada en mutants no sinònims.

● Anàlisi exhaustiva: anotació detallada de la funció del gen candidat, que inclou NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG, etc.

● Temps de resposta més ràpid: localització ràpida del gen en 45 dies laborables.

● Àmplia experiència: BMK ha contribuït en la localització de milers de trets, abastant espècies diverses com conreus, productes aquàtics, boscos, flors, fruites, etc.

Especificacions del servei

Població:
Segregació de descendència de pares amb fenotips oposats.
ex. descendència F2, retrocreuament (BC), línia endogàmia recombinant (RIL)

Piscina de mescla
Per a trets qualitatius: de 30 a 50 individus (mínim 20)/granel
Per a tractats quantitatius: entre el 5% i el 10% d'individus amb fenotips extrems a tota la població (mínim 30+30).

Profunditat de seqüenciació recomanada
Com a mínim 20X/mare i 1X/descendent individual (p. ex., per a un grup de mescla de descendència de 30+30 individus, la profunditat de seqüenciació serà de 30X per massa)

Anàlisis bioinformàtics

● Reseqüenciació del genoma sencer
 
● Tractament de dades
 
● Trucada SNP/Indel
 
● Projecció de la regió candidata
 
● Anotació de la funció del gen candidat

流程图-BS-A1

Requisits de mostra i lliurament

Requisits de mostra:

Nucleòtids:

mostra d'ADNg

Mostra de teixit

Concentració: ≥30 ng/μl

Plantes: 1-2 g

Quantitat: ≥2 μg (volum ≥15 μl)

Animals: 0,5-1 g

Puresa: OD260/280= 1,6-2,5

Sang sencera: 1,5 ml

Flux de treball del servei

Mostra de control de qualitat

Disseny d'experiments

lliurament de mostres

Lliurament de la mostra

Experiment pilot

Extracció d'ARN

Preparació de la biblioteca

Construcció de la biblioteca

Seqüenciació

Seqüenciació

Anàlisi de dades

Anàlisi de dades

Serveis postvenda

Serveis postvenda


  • Anterior:
  • Pròxim:

  • 1.Anàlisi d'associació basada en la Distància Euclidiana (DE) per identificar la regió candidata.A la figura següent

    Eix X: nombre de cromosomes;Cada punt representa un valor ED d'un SNP.La línia negra correspon al valor ED ajustat.Un valor ED més alt indica una associació més significativa entre el lloc i el fenotip.La línia de guió vermella representa el llindar d'associació significativa.

    Distribució de longitud de lectura de mRNA-FLNC

     

    2.Anàlisi d'associació basada sense índex SNP

    Eix X: nombre de cromosomes;Cada punt representa el valor de l'índex SNP.La línia negra representa el valor de l'índex SNP ajustat.Com més gran és el valor, més significativa és l'associació.

    Distribució de longitud d'ARNm-completa-ORF

     

    Cas BMK

    El locus del tret quantitatiu d'efecte principal Fnl7.1 codifica una proteïna abundant d'embriogènesi tardana associada amb la longitud del coll de la fruita al cogombre

    Publicat: Revista de Biotecnologia Vegetal, 2020

    Estratègia de seqüenciació:

    Parents (Jin5-508, YN): reseqüenciació del genoma sencer per a 34× i 20×.

    Agrupacions d'ADN (50 de coll llarg i 50 de coll curt): reseqüenciació per a 61 × i 52 ×

    Resultats clau

    En aquest estudi, la població segregadora (F2 i F2: 3) es va generar creuant la línia de cogombre de coll llarg Jin5-508 i YN de coll curt.Dos pools d'ADN van ser construïts per 50 individus extrems de coll llarg i 50 individus extrems de coll curt.El QTL d'efecte important es va identificar a Chr07 mitjançant l'anàlisi BSA i el mapeig QTL tradicional.La regió candidata es va reduir encara més mitjançant la cartografia fina, la quantificació de l'expressió gènica i els experiments transgènics, que van revelar el gen clau per controlar la longitud del coll, CsFnl7.1.A més, es va trobar que el polimorfisme a la regió promotora de CsFnl7.1 estava associat amb l'expressió corresponent.Una anàlisi filogenètica addicional va suggerir que és molt probable que el locus Fnl7.1 provingui de l'Índia.

    Cas-estudi de la seqüenciació d'ARN de longitud completa PB

    Mapeig QTL en anàlisi BSA per identificar la regió candidata associada a la longitud del coll del cogombre

    Empalmament alternatiu d'ARN de longitud completa PB

    Perfils LOD del QTL de la longitud del coll del cogombre identificats a Chr07

     
    Referència

    Xu, X., et al."El locus del tret quantitatiu d'efecte principal Fnl7.1 codifica una proteïna abundant d'embriogènesi tardana associada a la longitud del coll de la fruita al cogombre".Plant Biotechnology Journal 18.7 (2020).

    obtenir un pressupost

    Escriu el teu missatge aquí i envia'ns-ho

    Envia'ns el teu missatge: