Seqüenciació de circRNA-Il·lumina
Característiques
● Esgotament de l'ARNr seguit de la preparació de la biblioteca direccional, que permet la seqüenciació de dades específiques de la cadena.
● El flux de treball bioinformàtic permet la predicció i la quantificació de l'expressió de circRNA
Avantatges del servei
●Biblioteques d'ARN més completes:utilitzem l'esgotament de l'ARNr en lloc de l'esgotament de l'ARN lineal a la nostra preparació prèvia a la biblioteca, assegurant-nos que les dades de seqüenciació inclouen no només circRNA, sinó també mRNA i lncRNA, la qual cosa permet l'anàlisi conjunta d'aquests conjunts de dades.
●Anàlisi opcional de xarxes d'ARN endogen competitiu (ceRNA).: proporciona una visió més profunda dels mecanismes de regulació cel·lular
●Àmplia experiència: amb un historial de processament de més de 20.000 mostres a BMK, que abasten diversos tipus de mostres i projectes lncRNA, el nostre equip aporta una gran experiència a cada projecte.
●Control de qualitat rigorós: implementem punts de control bàsics en totes les etapes, des de la preparació de mostres i biblioteques fins a la seqüenciació i la bioinformàtica.Aquest control minuciós garanteix el lliurament de resultats d'alta qualitat constant.
● Suport postvenda: El nostre compromís s'estén més enllà de la finalització del projecte amb un període de servei postvenda de 3 mesos.Durant aquest temps, oferim seguiment del projecte, assistència per a la resolució de problemes i sessions de preguntes i respostes per resoldre qualsevol consulta relacionada amb els resultats.
Requisits de mostra i lliurament
| Biblioteca | Plataforma | Dades recomanades | QC de dades |
| Poly A enriquit | Il·lumina PE150 | 16-20 Gb | Q30≥85% |
Requisits de mostra:
Nucleòtids:
| Conc. (ng/μl) | Quantitat (μg) | Puresa | Integritat |
| ≥ 100 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Es mostra al gel una contaminació limitada o nul·la de proteïnes o ADN. | Per a plantes: RIN≥6,5; Per a animals: RIN≥7,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; elevació de referència limitada o nul·la |
● Plantes:
Arrel, tija o pètal: 450 mg
Fulla o llavor: 300 mg
Fruita: 1,2 g
● Animal:
Cor o intestí: 450 mg
Vísceres o cervell: 240 mg
Múscul: 600 mg
Ossos, cabell o pell: 1,5 g
● Artròpodes:
Insectes: 9g
Crustacis: 450 mg
● Sang sencera:2 tubs
● Cèl·lules: 106 cèl · lules
● Sèrum i Plasma: 6 ml
Lliurament de mostres recomanat
Envàs: tub de centrífuga de 2 ml (no es recomana paper d'alumini)
Etiquetatge de la mostra: grup+rèplica, p. ex. A1, A2, A3;B1, B2, B3....
Enviament:
1. Gel sec: les mostres s'han d'envasar en bosses i enterrar-les en gel sec.
2. Tubs RNAstable: les mostres d'ARN es poden assecar en un tub d'estabilització d'ARN (per exemple, RNAstable®) i enviar-se a temperatura ambient.
Flux de treball del servei
Disseny d'experiments
Lliurament de la mostra
Extracció d'ARN
Construcció de la biblioteca
Seqüenciació
Anàlisi de dades
Serveis postvenda
Bioinformàtica
Predicció del circRNA: distribució cromosòmica
CirRNAs expressats de manera diferenciada: trama del volcà
CirRNAs expressats de manera diferenciada: agrupació jeràrquica
Enriquiment funcional dels gens hoste de circRNA
Exploreu els avenços de recerca facilitats pels serveis de seqüenciació de circRNA de BMKGene mitjançant una col·lecció de publicacions curada.
Wang, X. et al.(2021) "CPSF4 regula la formació de circRNA i el silenciament gènic mediat per microRNA en el carcinoma hepatocel·lular", Oncogen 2021 40:25, 40(25), pàg. 4338–4351.doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.
Xia, K. et al.(2023) "El transcriptoma X oo-responsive revela el paper de l'RNA133 circular en la resistència a les malalties mitjançant la regulació de l'expressió d'OsARAB a l'arròs", Phytopathology Research, 5 (1), pàgs. 1–14.doi: 10.1186/S42483-023-00188-8/FIGURES/6.
Y, H. et al.(2023) "CPSF3 modula l'equilibri de transcripcions circulars i lineals en el carcinoma hepatocel·lular".doi: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1.
Zhang, Y. et al.(2023) "Avaluació integral dels circRNAs en la miocardiopatia cirròtica abans i després del trasplantament hepàtic", International Immunopharmacology, 114, pàg.109495. doi: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.
