Plataforma | Mida de la biblioteca | Rendiment de dades teòriques (per cèl·lula) | Precisió de la base d'una sola base | Aplicacions |
Nanopor | 8KB, 10KB, 20KB, Ultralong, ADNc-PCR | 70-90GB/Cèl·lula | 85-92% | Trucades SV, de Novo, seqüenciació de longitud completa, iso-seq, anotació gènica, detecció de metilació de l'ADN |
● Experiència de més de 5 anys a la plataforma de seqüenciació de Pacbio amb milers de projectes tancats amb diverses espècies.
● BMKGENE és un soci oficial d'Oxford Nanopore, amb la certificació RNA/ADN de doble plataforma.
● Hi ha models principals de seqüenciadors amb equips complets i rendiment de seqüenciació suficient.
● A partir de la plataforma Nanopore, més de 10 investigacions d’animals i plantes s’han publicat en revistes de renom internacional.
Tipus de mostra | Quantitat | Concentració (qubit ®) | Volum | Puresa | Altres |
ADN genòmic | Depèn del requisit de dades | ≥20ng/μL | ≥15 μl | OD260/280 = 1,7-2,2; OD260/230≥1.5 ; Clear pic a 260 nm , sense contaminacions | La concentració ha de ser mesurada per qubit i qubit/nanopor ≤ 2 |
ARN total | ≥1,2μg | ≥100μg/μL | ≥15 μl | OD260/280 = 1,7-2,5; OD260/230 = 0,5-2,5 ; Sense contaminacions | Valor RIN ≥7,5 |
Avaluació de la qualitat de les dades de la mostra d'ADN
Taula 1. Estadístiques sobre dades netes.
Bmkid | rawseqnum | rawsumbasa | neteSeqnum | neteja | NeteN50len | netn90len | netmeanlen | netmaxlen | CleanMeanQual |
ADN_BMK01 | 1.218.239 | 26.37 | 1.121.736 | 25,90 | 28.014 | 15.764 | 23.090 | 143.181 | 9 |
Avaluació de la qualitat de les dades de la mostra d’ARN
Taula 1. Estadístiques sobre dades netes.
Nom de fitxer | Clientid | ReadNum | Cicenum | N50 | Longitud mitjana | MaxLength | MeanQscore |
RNA_BMK001 | C2 | 8.947.708 | 4.047.230.083 | 398 | 452 | 129.227 | Q12 |
Figura 1. Distribució de longitud de lectura
Figura 2. Distribució de puntuació de qualitat de dades netes
Figura 3. Distribució de puntuacions de longitud i qualitat de dades netes