-
Planta/Animal Seqüenciació del genoma de novo
De nouLa seqüenciació fa referència a la construcció del genoma sencer d'una espècie mitjançant tecnologies de seqüenciació, per exemple, PacBio, Nanopore, NGS, etc., en absència d'un genoma de referència.La notable millora de la longitud de lectura de les tecnologies de seqüenciació de tercera generació ha aportat noves oportunitats en l'assemblatge de genomes complexos, com els que tenen una alta heterozigositat, una alta proporció de regions repetitives, poliploides, etc. Amb una longitud de lectura a nivell de desenes de quilobases, aquestes lectures de seqüenciació permeten resolució d'elements repetitius, regions amb continguts anormals de GC i altres regions altament complexes.
Plataforma: PacBio Sequel II /Nanopore PromethION P48/Illumina NovaSeq6000
-
Muntatge del genoma basat en Hi-C
Hi-C és un mètode dissenyat per capturar la configuració del cromosoma combinant interaccions basades en la proximitat i la seqüenciació d'alt rendiment.Es creu que la intensitat d'aquestes interaccions es correlaciona negativament amb la distància física als cromosomes.Per tant, les dades Hi-C podrien guiar l'agrupació, l'ordenació i l'orientació de seqüències assemblades en un esborrany de genoma i ancorar-les a un nombre determinat de cromosomes.Aquesta tecnologia permet un conjunt de genoma a nivell de cromosoma en absència de mapa genètic basat en la població.Cada genoma necessita un Hi-C.
Plataforma: Illumina NovaSeq6000 / DNBSEQ
-
Genètica evolutiva
La genètica evolutiva és un servei de seqüenciació complet dissenyat per oferir una interpretació completa de la informació evolutiva de materials donats basant-se en variacions genètiques, com ara SNP, InDels, SV i CNV.Proporciona totes les anàlisis fonamentals necessàries per descriure els canvis evolutius i les característiques genètiques de les poblacions, com ara l'estructura de la població, la diversitat genètica, les relacions filogèniques, etc. També conté estudis sobre el flux genètic, que permet estimar la mida efectiva de la població i el temps de divergència.
-
Genòmica Comparada
La genòmica comparada significa literalment comparar les seqüències completes del genoma i les estructures de diferents espècies.Aquesta disciplina té com a objectiu revelar l'evolució de les espècies, la funció gènica, el mecanisme regulador del gen a nivell del genoma mitjançant la identificació de les estructures de seqüències i els elements que es van conservar o es van diferenciar en diferents espècies.L'estudi típic de genòmica comparada inclou anàlisis en família de gens, desenvolupament evolutiu, duplicació del genoma sencer, pressió selectiva, etc.
-
Anàlisi segregant a granel
L'anàlisi segregant a granel (BSA) és una tècnica que s'utilitza per identificar ràpidament marcadors genètics associats al fenotip.El flux de treball principal de BSA conté seleccionar dos grups d'individus amb fenotips extremadament oposats, agrupant l'ADN de tots els individus per formar dos grans d'ADN, identificant seqüències diferencials entre dos grups.Aquesta tècnica s'ha utilitzat àmpliament per identificar marcadors genètics fortament associats per gens dirigits en genomes vegetals/animals.
