Seqüenciació de metatranscriptoma
Característiques del servei
● L'esgotament de l'RNA seguit de la preparació de la biblioteca d'ARNm direccional.
● Seqüenciació a Illumina Novaseq.
Avantatges del servei
●Estudieu els canvis de comunitats microbianes complexes:Això succeeix a nivell transcripcional i explora nous gens nous.
●Explicant les interaccions de la comunitat microbiana amb l’amfitrió o l’entorn.
●Anàlisi bioinformàtica completa: Això proporciona informació sobre les composicions taxonòmiques i funcionals de la comunitat, així com l'anàlisi de l'expressió gènica diferencial.
●Anotació genètica extensa:Utilitzant bases de dades de funcions gèniques actualitzades per a informació informativa d’expressió gènica de les comunitats microbianes.
●Suport post-vendes:El nostre compromís s’estén més enllà de la finalització del projecte amb un període de servei posterior a tres mesos. Durant aquest temps, oferim un seguiment del projecte, assistència de resolució de problemes i sessions de Q&A per abordar qualsevol consulta relacionada amb els resultats.
Especificacions del servei
| Plataforma de seqüenciació | Estratègia de seqüenciació | Dades recomanades | Control de qualitat de les dades |
| Illumina novaseq | PE150 | 12 GB | Q30≥85% |
Requisits de la mostra
| Concentració (ng/µl) | Import total (µg) | Volum (µL) | OD260/280 | OD260/230 | RIN |
| ≥50 | ≥1.0 | ≥20 | 1.8-2.0 | 1.0-2.5 | ≥6,5 |
Flux de treball del servei
Lliurament de mostra
Construcció de la biblioteca
Seqüenciació
Anàlisi de dades
Serveis postvenda
Inclou l’anàlisi següent:
● Seqüenciació de control de la qualitat de les dades
● Muntatge de transcripcions
● Anotació i abundància taxonòmica
● Anotació i abundància funcionals
● Quantificació d’expressió i anàlisi diferencial
Distribució taxonòmica de cada mostra:
Anàlisi de la diversitat beta: UPGMA
Anotació funcional: aneu l’abundància
Abundància de taxonomia diferencial - Lefse
Exploreu els avenços facilitats pels serveis de seqüenciació de la meta transcriptòmica de BMKGENE mitjançant una col·lecció de publicacions curat.
Lu, Z. et al. (2023) "La tolerància als àcids dels bacteris que utilitzen lactat del lactat dels bacteroides d'ordre contribueix a la prevenció de l'acidosi ruminal en cabres adaptades a una dieta elevada de concentrat",,Nutrició animal, 14, pp. 130–140. doi: 10.1016/j.aninu.2023.05.006.
Cançó, Z. et al. (2017) "Descobrir la microbiota funcional del nucli en la fermentació tradicional d'estat sòlid mitjançant amplicons d'alt rendiment i seqüenciació de metatranscriptòmiques",Frontiers en microbiologia, 8 (Jul). doi: 10.3389/fmicb.2017.01294/complet.
Wang, W. et al. (2022) "Novel·les Micovirus descobertes a partir d'una enquesta de metatranscriptomics del fong d'alternaria fitopatogènic",Virus, 14 (11), pàg. 2552. Doi: 10.3390/v14112552/s1.
Wei, J. et al. (2022) "L'anàlisi de metatranscriptoma paral·lel revela la degradació dels metabòlits secundaris vegetals per escarabats i els seus simbionts intestinals",Molecular Ecologia, 31 (15), pp. 3999–4016. doi: 10.1111/MEC.16557.
