-
Seqüenciació metagenòmica (NGS)
El metagenoma fa referència a una col·lecció de material genètic total d'una comunitat mixta d'organismes, com ara el metagenoma ambiental, el metagenoma humà, etc. Conté genomes de microorganismes cultivables i no cultivables.La seqüenciació metagenòmica és una eina molecular utilitzada per analitzar els materials genòmics mixtes extrets de mostres ambientals, que proporciona informació detallada sobre diversitat i abundància d'espècies, estructura de població, relació filogenètica, gens funcionals i xarxa de correlació amb factors ambientals.
Plataforma:Illumina NovaSeq6000
-
Seqüenciació metagenòmica-Nanopore
La metagenòmica és una eina molecular utilitzada per analitzar els materials genòmics mixtes extrets de mostres ambientals, que proporciona informació detallada sobre diversitat i abundància d'espècies, estructura de població, relació filogenètica, gens funcionals i xarxa de correlació amb factors ambientals, etc. Recentment s'han introduït plataformes de seqüenciació Nanopore. als estudis metagenòmics.El seu rendiment excepcional en longitud de lectura va millorar en gran mesura l'anàlisi metagenòmica aigües avall, especialment el muntatge del metagenoma.Aprofitant la longitud de lectura, l'estudi metagenòmic basat en Nanopore és capaç d'aconseguir un muntatge més continu en comparació amb la metagenòmica d'escopeta.S'ha publicat que la metagenòmica basada en Nanopore va generar amb èxit genomes bacterians complets i tancats a partir de microbiomes (Moss, EL, et. al,Biotecnologia de la natura, 2020)
Plataforma:Nanopore PromethION P48
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
La subunitat de l'ARNr 16S i 18S que conté regions molt conservades i hipervariables és una empremta molecular perfecta per a la identificació d'organismes procariotes i eucariotes.Aprofitant la seqüenciació, aquests amplicons es poden orientar en funció de les parts conservades i les regions hipervariables es poden caracteritzar completament per a la identificació microbiana contribuint a estudis que cobreixen l'anàlisi de la diversitat microbiana, la taxonomia, la filogènia, etc. Molècula única en temps real (SMRT). ) la seqüenciació de la plataforma PacBio permet obtenir lectures llargues molt precises, que podrien cobrir amplicons de longitud completa (aprox. 1,5 Kb).L'àmplia visió del camp genètic va millorar molt la resolució en l'anotació d'espècies a la comunitat de bacteris o fongs.
Plataforma:PacBio Seqüela II
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
La seqüenciació d'amplicons 16S/18S/ITS té com a objectiu revelar la filogènia, la taxonomia i l'abundància d'espècies en una comunitat microbiana mitjançant la investigació de productes de PCR de marcadors genètics domèstics que contenen parts molt conversades i hipervariables.La introducció d'aquestes empremtes dactilars moleculars perfectes per part de Woeses et al, (1977) permet el perfil del microbioma sense aïllament.La seqüenciació de 16S (bacteris), 18S (fongs) i espaiador transcrit intern (ITS, fongs) permet la identificació tant d'espècies abundants com d'espècies rares i no identificades.Aquesta tecnologia s'ha convertit en una eina àmpliament aplicada i important per identificar la composició microbiana diferencial en diversos entorns, com ara la boca humana, els intestins, les femtes, etc.
Plataforma:Illumina NovaSeq6000
-
Re-seqüenciació del genoma sencer de bacteris i fongs
La reseqüenciació del genoma sencer de bacteris i fongs és una eina fonamental per completar els genomes de bacteris i fongs coneguts, així com per comparar múltiples genomes o per mapejar genomes de nous organismes.És de gran importància seqüenciar genomes sencers de bacteris i fongs per generar genomes de referència precisos, fer la identificació microbiana i altres estudis comparatius del genoma.
Plataforma:Illumina NovaSeq 6000
-
Genoma fúngic
Biomarker Technologies ofereix enquesta del genoma, genoma fi i genoma complet de fongs depenent de l'objectiu específic de la investigació.La seqüenciació, el muntatge i l'anotació funcional del genoma es poden aconseguir combinant la seqüenciació de la propera generació + la seqüenciació de la tercera generació per aconseguir un muntatge del genoma d'alt nivell.També es pot utilitzar la tecnologia Hi-C per facilitar el muntatge del genoma a nivell de cromosoma.
Plataforma:PacBio Seqüela II
Nanopore PromethION P48
Illumina NovaSeq 6000
-
Genoma complet de bacteris
Biomarker Technologies ofereix un servei de seqüenciació per construir un genoma complet de bacteris amb zero gap.El flux de treball principal de la construcció completa del genoma dels bacteris inclou la seqüenciació de tercera generació, el muntatge, l'anotació funcional i l'anàlisi bioinformàtica avançada que compleixen objectius de recerca específics.Un perfil més complet del genoma dels bacteris permet revelar els mecanismes fonamentals subjacents als seus processos biològics, que també podrien proporcionar una referència valuosa per a investigacions genòmiques en espècies eucariotes superiors.
Plataforma:Nanopore PromethION P48 + Illumina NovaSeq 6000
PacBio Seqüela II
