Seqüenciació metagenòmica-Nanopore
Avantatges del servei
● Muntatge d'alta qualitat: millora la precisió de la identificació d'espècies i la predicció de gens funcionals
● Aïllament tancat del genoma bacterià
● Aplicació més potent i fiable en àrees diverses, per exemple, detecció de microorganismes patògens o gens relacionats amb la resistència als antibiòtics
● Anàlisi comparada del metagenoma
Especificacions del servei
| Plataforma | Seqüenciació | Dades recomanades | Temps de resposta |
| Nanopor | ONT | 6 G/10 G | 65 dies laborables |
Anàlisis bioinformàtics
● Control de qualitat de les dades en brut
● Muntatge del metagenoma
● Conjunt de gens no redundants i anotació
● Anàlisi de la diversitat d'espècies
● Anàlisi de la diversitat de funcions genètiques
● Anàlisi intergrupal
● Anàlisi d'associació contra factors experimentals
Requisits de mostra i lliurament
Requisits de mostra i lliurament
Requisits de mostra:
PerExtractes d'ADN:
| Tipus de mostra | Import | Concentració | Puresa |
| Extractes d'ADN | 1-1,5 μg | ＞ 20 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Per a mostres ambientals:
| Tipus de mostra | Procediment de mostreig recomanat |
| Sòl | Quantitat de mostreig: aprox.5 g;La substància marcida restant s'ha d'eliminar de la superfície;Tritureu trossos grans i passeu per filtre de 2 mm;Mostres al·lícuotes en tub EP estèril o cirotub per reservar. |
| Excrements | Quantitat de mostreig: aprox.5 g;Recolliu i alíquote mostres en tub EP estèril o criotub per a la reserva. |
| Continguts intestinals | Les mostres s'han de processar en condicions asèptiques.Rentar el teixit recollit amb PBS;Centrifugueu el PBS i recolliu el precipitant en tubs EP. |
| Llots | Quantitat de mostreig: aprox.5 g;Recolliu i alíquote la mostra de fang en un tub EP estèril o un criotub per a la reserva |
| Mas d'aigua | Per a mostres amb quantitat limitada de microbis, com ara aigua de l'aixeta, aigua de pou, etc., recollir almenys 1 L d'aigua i passar per un filtre de 0,22 μm per enriquir microbians a la membrana.Emmagatzemar la membrana en un tub estèril. |
| Pell | Raspau amb cura la superfície de la pell amb un hisop de cotó estèril o una fulla quirúrgica i col·loqueu-la en un tub estèril. |
Lliurament de mostres recomanat
Congeleu les mostres en nitrogen líquid durant 3-4 hores i emmagatzemeu-les en nitrogen líquid o -80 graus per reservar a llarg termini.Cal enviar mostres amb gel sec.
Flux de treball del servei
Lliurament de la mostra
Construcció de la biblioteca
Seqüenciació
Anàlisi de dades
Serveis postvenda
1.Mapa de calor: agrupació de riquesa d'espècies
2.Gens funcionals anotats a les vies metabòliques KEGG
3. Xarxa de correlació d'espècies
4.Circs de gens de resistència als antibiòtics CARD
Cas BMK
La metagenòmica de nanopores permet un diagnòstic clínic ràpid de la infecció bacteriana respiratòria inferior
Publicat:Biotecnologia de la natura, 2019
Aspectes tècnics
Seqüenciació: Nanopore MinION
Bioinformàtica metagenòmica clínica: esgotament de l'ADN de l'hoste, anàlisi WIMP i ARMA
Detecció ràpida: 6 hores
Alta sensibilitat: 96,6%
Resultats clau
El 2006, la infecció respiratòria inferior (LR) va causar 3 milions de morts humanes a tot el món.El mètode típic per a la detecció de patògens LR1 és el cultiu, que té poca sensibilitat, temps de resposta llarg i manca d'orientació en la teràpia antibiòtica primerenca.Un diagnòstic microbià ràpid i precís fa temps que és una necessitat urgent.El Dr. Justin de la Universitat d'East Anglia i els seus socis van desenvolupar amb èxit un mètode metagenòmic basat en Nanopore per a la detecció de patògens.Segons el seu flux de treball, el 99,99% de l'ADN hoste es pot esgotar.La detecció de patògens i gens resistents als antibiòtics es pot acabar en 6 hores.
Referència
Charalampous, T., Kay, GL, Richardson, H., Aydin, A. i O'Grady, J. .(2019).La metagenòmica de nanopores permet un diagnòstic clínic ràpid de la infecció bacteriana respiratòria inferior.Nature Biotechnology, 37(7), 1.
