BMKCloud Log in
条形banner-03

Notícies

EVOLUCIÓ DEL GENOMA

Genoma de nou
Muntatge|Determinació del sexe Tots els treballs de seqüenciació i serveis parcials de bioinformàtica han estat realitzats per Biomarker Techonologies.

Resum

El fenotip icònic dels dracs de mar inclou apèndixs semblants a fulles, una boca tubular sense dents i un embaràs masculí que implica la incubació d'ous fecundats en un "pegat de cria" obert.Hem seqüenciat de nou genomes masculins i femenins del drac de mar comú (Phyllopteryx taeniolatus) i de la seva espècie estretament relacionada, el peix pipa caiman (Syngnathoides biaculeatus).Els perfils de transcripció d'una novetat evolutiva, els apèndixs semblants a fulles, mostren que s'han cooptat un conjunt de gens implicats normalment en el desenvolupament de les aletes, així com un enriquiment de transcripcions per a la reparació de teixits potencials i gens de defensa immune.Es va trobar que els mutants del peix zebra per a scpp5, que es perd en tots els singnàtids, mancaven o tenien dents faríngies deformades, donant suport a la hipòtesi que la pèrdua de scpp5 ha contribuït a la pèrdua de dents als singnàtids.Es va identificar un locus putatiu que determina el sexe que codifica un gen amhr2y específic per a masculí compartit pel drac de mar i el peix pipa caiman. 

Materials i mètodes:

Materials

Fel nostre drac de mar comú (P. taeniolatus) i dos peixos pipa caiman (S. biaculeatus) exemplars.Es van utilitzar dos individus de drac de mar comú (un mascle i una femella) i dos peixos pipa caiman (un mascle i una femella) per a la seqüenciació del genoma sencer, i es van utilitzar altres dos individus mascles de drac de mar comú per a la reseqüenciació del genoma.

Estratègia de seqüenciació del genoma

2Biblioteca de 70/350 pb (Hiseq 2500) + Pacbio 20Kb (Seqüela) o Nanopore 30 Kb (MinION) + Hi-C (NovaSeq 6000).Es van utilitzar altres dos individus de drac marí comú masculins per a la reseqüenciació del genoma.

Seqüenciació del transcriptoma

Fo es van recollir drac de mar comú, cervell, ull, branquia, fetge, cor, ronyó, mesenteri, intestí, múscul, aleta, pell, apèndixs semblants a fulles, testicles i ovari.

Estratègia d'assemblatge del genoma de novo

Canu (correcció) + WTDBG2 (muntatge) + Pilon (polonès) + Lachesis (Hi-C).

Principals resultats

Fig.-1.-Característiques-claus-del-drac-marí-comú-P.-taeniolatus-i-el-cocodril-pipefish-S

Fig. 1. Característiques clau del drac de mar comú (P. taeniolatus) i del peix pipa caiman (S. biaculeatus) i les seves posicions filogenètiques.

Fig.-2.-Morfologia-i-maquillatge-genètic-del-apèndix-com-una-fulla-en-el-drac-marí-comú-P

Fig. 2. Morfologia i composició genètica dels apèndixs en forma de fulles del drac de mar comú (P. taeniolatus).

Fig.-3.-El-gen-de-determinació-del-sexe-putatiu-en-el-drac-marí-comú-P.-taeniolatus-i-el-cocodril-peix-pipe-S.-biaculeatus

Fig. 3. Gen putatiu de determinació del sexe en el drac de mar comú (P. taeniolatus) i el peix pipa caiman (S. biaculeatus).

Fig.-4

Fig. 4. Fenotips de dents faríngies en mutants homozigots scpp5 de peix zebra.


Hora de publicació: 08-gen-2022

Envia'ns el teu missatge: