BMKCloud Log in
条形banner-03

Productes

Seqüenciació d'ARNm no basada en referència-Illumina

La seqüenciació de l'ARNm adopta la tècnica de seqüenciació de nova generació (NGS) per capturar l'ARN missatger (ARNm) dels eucariotes en un període específic en què s'estan activant algunes funcions especials.La transcripció més llarga empalmada es va anomenar "Unigene" i es va utilitzar com a seqüència de referència per a l'anàlisi posterior, que és un mitjà eficaç per estudiar el mecanisme molecular i la xarxa reguladora de l'espècie sense referència.

Després del muntatge de dades del transcriptoma i l'anotació funcional unigène

(1) Es realitzaran anàlisis SSR, predicció de CDS i estructura gènica.

(2) Es realitzarà la quantificació de l'expressió unigènica a cada mostra.

(3) Es descobriran unigènes expressats de manera diferent entre mostres (o grups) basant-se en l'expressió unigènica

(4) Es realitzarà l'agrupament, l'anotació funcional i l'anàlisi d'enriquiment d'unigènes expressats de manera diferencial


Detalls del servei

Bioinformàtica

Resultats de demostració

Cas d'estudi

Característiques

● Independent de qualsevol genoma de referència,

● Les dades es podrien utilitzar per analitzar l'estructura i l'expressió de les transcripcions

● Identificar llocs de retall variables

Avantatges del servei

● Lliurament de resultats basat en BMKCloud: els resultats s'entreguen com a fitxer de dades i informe interactiu mitjançant la plataforma BMKCloud, que permet una lectura fàcil d'utilitzar de sortides d'anàlisi complexes i extracció de dades personalitzada a partir de l'anàlisi bioinformàtica estàndard.

● Serveis postvenda: serveis postvenda vàlids durant 3 mesos després de la finalització del projecte, inclòs el seguiment dels projectes, la resolució de problemes, les preguntes i respostes dels resultats, etc.

Requisits de mostra i lliurament

Requisits de mostra:

Nucleòtids:

Conc. (ng/μl)

Quantitat (μg)

Puresa

Integritat

≥ 20

≥ 0,5

OD260/280=1,7-2,5

OD260/230=0,5-2,5

Es mostra al gel una contaminació limitada o nul·la de proteïnes o ADN.

Per a plantes: RIN≥6,5;

Per a animals: RIN≥7,0;

5,0≥28S/18S≥1,0;

elevació de referència limitada o nul·la

Teixit: Pes (sec): ≥1 g
* Per a teixits de menys de 5 mg, recomanem enviar una mostra de teixit congelada (en nitrogen líquid).

Suspensió cel·lular: Recompte de cèl·lules = 3×107
* Recomanem enviar lisat cel·lular congelat.En cas que aquesta cel·la tingui un nombre inferior a 5×105, es recomana congelar ràpidament en nitrogen líquid.

Mostres de sang:
PA×genBloodRNATube;
6 ml de TRIzol i 2 ml de sang (TRIzol: sang = 3: 1)

Lliurament de mostres recomanat

Contenidor:
Tub de centrífuga de 2 ml (no es recomana paper d'alumini)
Etiquetatge de la mostra: grup+rèplica, p. ex. A1, A2, A3;B1, B2, B3....

Enviament:
1.Gel sec: les mostres s'han d'envasar en bosses i enterrar-les en gel sec.
2. Tubs RNAstable: les mostres d'ARN es poden assecar en un tub d'estabilització d'ARN (per exemple, RNAstable®) i enviar-se a temperatura ambient.

Flux de treball del servei

Mostra de control de qualitat

Disseny d'experiments

lliurament de mostres

Lliurament de la mostra

Experiment pilot

Extracció d'ARN

Preparació de la biblioteca

Construcció de la biblioteca

Seqüenciació

Seqüenciació

Anàlisi de dades

Anàlisi de dades

Serveis postvenda

Serveis postvenda


  • Anterior:
  • Pròxim:

  • Bioinformàtica

    wps_doc_11

    1.mRNA(denovo) Principi de muntatge

    Per Trinity, les lectures es fragmenten en peces més petites, conegudes com a K-mer.Aquests K-mers s'utilitzen després com a llavors per estendre's en contigs i després components basats en superposicions contig.Finalment, De Bruijn es va aplicar aquí per reconèixer transcripcions als components.

    mRNA-(De-novo)-Visió general-de-Trinity

    ARNm (De novo) Visió general de Trinity

    2.mRNA (De novo) Distribució del nivell d'expressió gènica

    RNA-Seq és capaç d'aconseguir una estimació molt sensible de l'expressió gènica.Normalment, el rang detectable d'expressió de transcripcions FPKM oscil·la entre 10^-2 i 10^6

    mRNA-(De-novo)-Distribució-de-densitat-FPKM-en-cada-mostra

    ARNm (De novo) Distribució de la densitat de FPKM a cada mostra

    3.mRNA (De novo) Anàlisi d'enriquiment GO de DEG

    La base de dades GO (Gene Ontology) és un sistema d'anotació biològic estructurat que conté un vocabulari estàndard de les funcions de gens i productes gènics.Conté diversos nivells, on com més baix sigui el nivell, més específiques són les funcions.

    ARNm-(De-novo)-classificació-GO-de-DEG-al-segon nivell

    ARNm (De novo) Classificació GO dels DEG al segon nivell

    Cas BMK

    Anàlisi del transcriptoma del metabolisme de la sacarosa durant la inflor i el desenvolupament del bulb a la ceba (Allium cepa L.)

    Publicat: fronteres en la ciència vegetal,2016

    Estratègia de seqüenciació

    Illumina HiSeq2500

    Recollida de mostres

    En aquest estudi es va utilitzar el cultivar Utah Yellow Sweet Spain "Y1351".El nombre de mostres recollides va ser
    15è dia després de la inflor (DAS) del bulb (2 cm de diàmetre i 3-4 g de pes), 30è DAS (5 cm de diàmetre i 100-110 g de pes) i ∼3 al 40è DAS (7 cm de diàmetre i 260-300 grams).

    Resultats clau

    1. al diagrama de Venn, es van detectar un total de 146 DEG en els tres parells d'etapes de desenvolupament
    2. "Transport i metabolisme de carbohidrats" només estava representat per 585 unígens (és a dir, el 7% del COG anotat).
    3. Els Unigenes anotats amb èxit a la base de dades GO es van classificar en tres categories principals per a les tres diferents etapes del desenvolupament de la bombeta.Els més representats en la categoria principal de "procés biològic" eren "procés metabòlic", seguit de "procés cel·lular".En la categoria principal de "funció molecular", les dues categories més representades eren "unió" i "activitat catalítica".

    Cas-estudi de la seqüenciació d'ARN de longitud completa PB

    Classificació de l'histograma de grups de grups ortòlegs (COG).

    Cas-estudi de la seqüenciació d'ARN de longitud completa PB

    Histograma de classificació d'ontologia gènica (GO) per a unigènes derivats de bombetes en tres etapes de desenvolupament

    Cas-estudi de la seqüenciació d'ARN de longitud completa PB

    Diagrama de Venn que mostra gens expressats de manera diferent en dues etapes qualsevol del desenvolupament del bulb de ceba

    Referència

    Zhang C, Zhang H, Zhan Z, et al.Anàlisi del transcriptoma del metabolisme de la sacarosa durant la inflamació del bulb i el desenvolupament de la ceba (Allium cepa L.) [J].Frontiers in Plant Science, 2016, 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425

    obtenir un pressupost

    Escriu el teu missatge aquí i envia'ns-ho

    Envia'ns el teu missatge: