Seqüenciació del genoma de planta/animal de nova
Avantatges del servei
Desenvolupament de plataformes de seqüenciació i bioinformàtica ende nouassemblatge del genoma
(Amarasinghe SL et al.,Biologia del genoma, 2020)
● Construir nous genomes i millorar els genomes de referència existents per a espècies d'interès.
● Major precisió, continuïtat i exhaustivitat en el muntatge
● Construcció de recursos fonamentals per a la investigació en polimorfisme de seqüències, QTLs, edició de gens, reproducció, etc.
● Equipat amb un espectre complet de plataformes de seqüenciació de tercera generació: solució única de muntatge del genoma
● Estratègies de seqüenciació i assemblatge flexibles que compleixen genomes diversos amb diferents característiques
● Equip de bioinformàtics altament qualificat amb gran experiència en assemblatges de genomes complexos, inclosos poliploides, genomes gegants, etc.
● Més de 100 casos d'èxit amb un factor d'impacte publicat acumulat superior a 900
● Temps de canvi de tan sols 3 mesos per al muntatge del genoma a nivell de cromosoma.
● Suport tècnic sòlid amb una sèrie de patents i drets d'autor de programari tant en la vessant experimental com en la bioinformàtica.
Especificacions del servei
|
Contingut
|
Plataforma
|
Longitud de lectura
|
Cobertura
|
| Enquesta del genoma
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥ 50X
|
| Seqüenciació del genoma
| PacBio Revio
| Lectures HiFi de 15 kb
| ≥ 30X
|
| Hola-C
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥100X
|
Flux de treball
Requisits de mostra i lliurament
Requisits de mostra:
| Espècie | Teixit | Per a PacBio | Per a Nanopore |
| Animals | Òrgans viscerals (fetge, melsa, etc.) | ≥ 1,0 g | ≥ 3,5 g |
| Múscul | ≥ 1,5 g | ≥ 5,0 g | |
| Sang de mamífers | ≥ 1,5 ml | ≥ 5,0 ml | |
| Sang de peixos o ocells | ≥ 0,2 ml | ≥ 0,5 ml | |
| Plantes | Fulles fresques | ≥ 1,5 g | ≥ 5,0 g |
| Pètal o tija | ≥ 3,5 g | ≥ 10,0 g | |
| Arrels o llavors | ≥ 7,0 g | ≥ 20,0 g | |
| Cèl · lules | Cultiu cel·lular | ≥ 3×107 | ≥ 1×108 |
Lliurament de mostres recomanat
Envàs: tub de centrífuga de 2 ml (no es recomana paper d'alumini)
Per a la majoria de mostres, recomanem no conservar en etanol.
Etiquetatge de la mostra: les mostres han d'estar clarament etiquetades i idèntiques al formulari d'informació de la mostra enviat.
Enviament: gel sec: primer s'han d'envasar les mostres en bosses i enterrar-les en gel sec.
Flux de treball del servei
Disseny d'experiments
Lliurament de la mostra
Extracció d'ADN
Construcció de la biblioteca
Seqüenciació
Anàlisi de dades
Serveis postvenda
*Els resultats de demostració que es mostren aquí són tots de genomes publicats amb Biomarker Technologies
1.Circos sobre el muntatge del genoma a nivell de cromosomaG. rotundifoliummitjançant la plataforma de seqüenciació Nanopore
Wang M et al.,Biologia Molecular i Evolució, 2021
2.Estadístiques de muntatge i anotació del genoma del sègol de Weining
Li G et al.,Genètica de la natura, 2021
3.Predicció de gensSechium edulegenoma, derivat de tres mètodes de predicció:De noupredicció, predicció basada en l'homologia i predicció basada en dades RNA-Seq
Fu A et al.,Recerca en horticultura, 2021
4.Identificació de repeticions terminals llargues intactes en tres genomes de cotó
Wang M et al.,Biologia Molecular i Evolució, 2021
5.Mapa de calor Hi-C delC. acuminatagenoma que mostra interaccions globals a tot el genoma.La intensitat de les interaccions Hi-C és proporcional a la distància lineal entre els contigs.Una línia recta neta en aquest mapa de calor indica un ancoratge molt precís dels contigs als cromosomes.(Ratio d'ancoratge contig: 96,03%)
kang M et al.,Comunicacions de la natura,2021
Cas BMK
Un conjunt de genoma d'alta qualitat destaca les característiques genòmiques del sègol i els gens importants agronòmicament
Publicat: Genètica de la natura, 2021
Estratègia de seqüenciació:
Muntatge del genoma: mode PacBio CLR amb biblioteca de 20 kb (497 Gb, aprox. 63×)
Correcció de seqüències: NGS amb biblioteca d'ADN de 270 pb (430 Gb, aprox. 54×) a la plataforma Illumina
Ancoratge de contigs: biblioteca Hi-C (560 Gb, aprox. 71×) a la plataforma Illumina
Mapa òptic: (779,55 Gb, aprox. 99×) a Bionano Irys
Resultats clau
1. Es va publicar un conjunt del genoma de sègol de Weining amb una mida total del genoma de 7,74 Gb (98,74% de la mida estimada del genoma per citometria de flux).Scaffold N50 d'aquest muntatge va aconseguir 1,04 Gb.El 93,67% dels contigs es van ancorar amb èxit en 7 pseudocromosomes.Aquest muntatge es va avaluar mitjançant mapa d'enllaç, LAI i BUSCO, que va donar lloc a puntuacions altes en totes les avaluacions.
2. A partir d'aquest genoma es van realitzar estudis addicionals sobre genòmica comparada, mapa d'enllaç genètic, estudis de transcriptòmica.Es van revelar una sèrie de trets relacionats amb característiques genòmiques, incloent duplicacions de gens a tot el genoma i el seu impacte en els gens de la biosíntesi del midó;organització física de loci complexos de prolamina, característiques d'expressió gènica subjacents al tret d'encapçalament primerenc i regions cromosòmiques associades a la domesticació putativa i loci del sègol.
 Diagrama de Circos sobre les característiques genòmiques del genoma del sègol de Weining |  Anàlisi evolutiva i de sintènia cromosòmica del genoma del sègol |
Li, G., Wang, L., Yang, J.et al.Un conjunt de genoma d'alta qualitat destaca les característiques genòmiques del sègol i gens importants agronòmicament.Nat Genet 53,574–584 (2021).
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
