Seqüenciació d'ARN petit: Illumina
Característiques
● Preparació de la biblioteca de selecció de mides.
● Anàlisi bioinformàtica centrada en la predicció i les dianes de miRNA.
Avantatges del servei
●Àmplia experiènciaHem processat més de 300 mostres, que abasten diversos tipus de mostres. Aportem la nostra àmplia experiència a cada projecte.
●Control de qualitat rigorósImplementem punts de control bàsics en totes les etapes, des de la preparació de mostres fins a la preparació de biblioteques, la seqüenciació i la bioinformàtica. El nostre seguiment meticulós garanteix l'obtenció de resultats d'alta qualitat constant.
●Anàlisi bioinformàtica exhaustiva:Permet la identificació de miRNAs tant coneguts com nous, la identificació de miRNAs diana i l'anotació funcional corresponent i l'enriquiment amb múltiples bases de dades (KEGG, GO).
●Suport postvendaEntenem la importància d'estar present, per això el nostre compromís s'estén més enllà de la finalització del projecte amb un període de servei postvenda de 3 mesos. Durant aquest temps, oferim seguiment del projecte, assistència per a la resolució de problemes i sessions de preguntes i respostes per respondre a qualsevol dubte relacionat amb els resultats.
Requisits i lliurament de la mostra
| Biblioteca | Plataforma | Dades recomanades | QC de dades |
| Mida seleccionada | Il·lumina SE50 | 10M-20M lectures | Q30≥85% |
Requisits de la mostra:
Nucleòtids:
| Conc. (ng/μl) | Quantitat (μg) | Puresa | Integritat |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | DO260/280=1,7-2,5 DO260/230=0,5-2,5 Contaminació limitada o nul·la de proteïnes o ADN mostrada al gel. | RIN ≥ 6,0; 5.0≥28S/18S≥1.0; elevació de la línia de base limitada o nul·la |
● Plantes:
Arrel, tija o pètal: 450 mg
Fulla o llavor: 300 mg
Fruita: 1,2 g
● Animal:
Cor o intestí: 450 mg
Vísceres o cervell: 240 mg
Múscul: 600 mg
Ossos, cabells o pell: 1,5 g
● Artròpodes:
Insectes: 9 g
Crustacis: 450 mg
● Sang sencera2 tubs
● Cèl·lules: 106 cèl·lules
● Sèrum i plasma:6 ml
Lliurament de mostres recomanat
Envàs: tub de centrífuga de 2 ml (no es recomana paper d'alumini)
Etiquetatge de mostra: Agrupa+rèplica, p. ex. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Enviament:
1. Gel sec: Les mostres s'han d'envasar en bosses i enterrar-les en gel sec.
2. Tubs ARN estables: les mostres d'ARN es poden assecar en un tub d'estabilització d'ARN (per exemple, RNAstable®) i enviar-se a temperatura ambient.
Flux de treball del servei
Disseny d'experiments
Lliurament de mostres
Extracció d'ARN
Construcció de biblioteques
Seqüenciació
Anàlisi de dades
Serveis postvenda
Bioinformàtica
● Control de qualitat de les dades en brut
● Classificació d'ARN petits
● Expressió de miRNA i anàlisi d'expressió diferencial
● Gen diana de miRNA i anotació del gen diana de miRNA amb expressió diferencial
● Anotació de gens objectiu i enriquiment de la funció gènica de miRNA amb expressió diferencial
Identificació de miRNA: estructura i profunditat
Expressió diferencial de miRNA: agrupació jeràrquica
Anotació funcional de la diana dels miRNAs amb expressió diferencial
Exploreu els avenços en la recerca facilitats pels serveis de seqüenciació de sRNA de BMKGene a través d'una col·lecció curada de publicacions.
Chen, H. et al. (2023) 'Les infeccions víriques inhibeixen la biosíntesi i la fotosíntesi de saponines en Panax notoginseng',Fisiologia Vegetal i Bioquímica, 203, pàg. 108038. doi: 10.1016/J.PLAPHY.2023.108038.
Li, H. et al. (2023) «La proteïna FREE1 que conté el domini FYVE de la planta s'associa amb components de microprocessador per reprimir la biogènesi de miRNA»,Informes EMBO, 24(1). doi: 10.15252/EMBR.202255037/SUPPL_FILE/EMBR202255037-SUP-0004-SDATAFIG4.TIF.
Yu, J. et al. (2023) 'El microARN Ame-Bantam-3p controla el desenvolupament larvari de la pupa dirigint-se al gen 8 (megf8) de múltiples dominis semblants al factor de creixement epidèrmic en l'abella de la mel, Apis mellifera'.Revista Internacional de Ciències Moleculars, 24(6), pàg. 5726. doi: 10.3390/IJMS24065726/S1.
Zhang, M. et al. (2018) «L'anàlisi integrada de microARN i gens associats amb la qualitat de la carn revela que el Gga-MiR-140-5p afecta la deposició de greix intramuscular en pollastres».Fisiologia Cel·lular i Bioquímica, 46(6), pàg. 2421–2433. doi: 10.1159/000489649.
