BMKCloud Log in
条形banner-03

Productes

Seqüenciació de fragments amplificats de locus específics (SLAF-Seq)

El genotipat d'alt rendiment, especialment en poblacions a gran escala, és un pas fonamental en els estudis d'associació genètica, que proporciona una base genètica per al descobriment de gens funcionals, l'anàlisi evolutiva, etc. ) s'introdueix per minimitzar el cost de seqüenciació per mostra, alhora que es manté una eficiència raonable en el descobriment de marcadors genètics.Això s'aconsegueix habitualment extraient fragments de restricció dins d'un interval de mida donat, que s'anomena biblioteca de representació reduïda (RRL).La seqüenciació de fragments amplificats de locus específics (SLAF-Seq) és una estratègia de desenvolupament propi per al genotipat SNP amb o sense un genoma de referència.
Plataforma: Plataforma Illumina NovaSeq


Detalls del servei

Resultats de demostració

Publicacions destacades

Detalls del servei

Esquema Tècnic

111

Flux de treball

流程图

Avantatges del servei

Alta eficiència de descobriment de marcadors- La tecnologia de seqüenciació d'alt rendiment ajuda SLAF-Seq a descobrir centenars de milers d'etiquetes dins de tot el genoma.

Baixa dependència del genoma- Es pot aplicar a espècies amb o sense genoma de referència.

Disseny d'esquemes flexibles- Digestió d'un sol enzim, de doble enzim, de múltiples enzims i diversos tipus d'enzims, tots es poden seleccionar per atendre diferents objectius o espècies de recerca.La preavaluació in silico s'utilitza per assegurar un disseny enzimàtic òptim.

Digestió enzimàtica eficient- Es va realitzar un preexperiment per optimitzar les condicions, cosa que fa que l'experiment formal sigui estable i fiable.L'eficiència de recollida de fragments pot assolir més del 95%.

Etiquetes SLAF distribuïdes uniformement- Les etiquetes SLAF estan distribuïdes de manera uniforme en tots els cromosomes en la major mesura, aconseguint una mitjana d'1 SLAF per 4 kb.

Evitar eficaçment les repeticions- La seqüència repetitiva a les dades SLAF-Seq es redueix a menys del 5%, especialment en espècies amb un alt nivell de repeticions, com el blat, el blat de moro, etc.

Experiència extensiva-Més de 2000 projectes SLAF-Seq tancats sobre centenars d'espècies que cobreixen plantes, mamífers, ocells, insectes, organismes aquàtics, etc.

Flux de treball bioinformàtic de desenvolupament propi- BMKGENE va desenvolupar un flux de treball bioinformàtic integrat per SLAF-Seq per garantir la fiabilitat i la precisió de la sortida final.

 

Especificacions del servei

 

Plataforma

Conc.(ng/gl)

Total (ug)

OD260/280

Illumina NovaSeq

>35

>1.6(Volum>15μl)

1,6-2,5

Nota: Es realitzaran tres mostres, cadascuna amb tres esquemes enzimàtics, per a l'experimentació prèvia.

Estratègia de seqüenciació recomanada

Profunditat de seqüenciació: 10X/etiqueta

Mida del genoma

Etiquetes SLAF recomanades

< 500 Mb

100K o WGS

500 Mb- 1 Gb

100 K

1 Gb -2 Gb

200 K

Genomes gegants o complexos

300 - 400 K

 

Aplicacions

 

Recomanat

Escala de població

 

Estratègia de seqüenciació i profunditat

 

profunditat

 

Número d'etiqueta

 

GWAS

 

Número de mostra ≥ 200

 

10X

 

 

 

 

 

D'acord amb

mida del genoma

 

Evolució genètica

 

Individus de cadascun

subgrup ≥ 10;

mostres totals ≥ 30

 

10X

 

Lliurament de mostres recomanat

Envàs: tub de centrífuga de 2 ml

Per a la majoria de mostres, recomanem no conservar en etanol.

Etiquetatge de la mostra: les mostres han d'estar clarament etiquetades i idèntiques al formulari d'informació de la mostra enviat.

Enviament: gel sec: primer s'han d'envasar les mostres en bosses i enterrar-les en gel sec.

Flux de treball del servei

Mostra de control de qualitat
Experiment pilot
Experiment SLAF
Preparació de la biblioteca
Seqüenciació
Anàlisi de dades
Serveis postvenda

Mostra de control de qualitat

Experiment pilot

SLAF-experiment

Preparació de la biblioteca

Seqüenciació

Anàlisi de dades

Serveis postvenda


  • Anterior:
  • Pròxim:

  • 1. Estadístiques de resultat del mapa

    imatge 1

    A1

    2. Desenvolupament del marcador SLAF

    A2

    3. Anotació de variacions

    A3

    Curs

    revista

    IF

    Títol

    Aplicacions

    2022

    Comunicacions de natura

    17.694

    Bases genòmica dels giga-cromosomes i giga-genoma de la peònia d'arbre

    Paeonia ostii

    SLAF-GWAS

    2015

    Nou fitòleg

    7.433

    Les petjades de domesticació ancoran regions genòmiques d'importància agronòmica

    soja

    SLAF-GWAS

    2022

    Revista de Recerca Avançada

    12.822

    Introgressions artificials a tot el genoma de Gossypium barbadense a G. hirsutum

    revelen llocs superiors per a la millora simultània de la qualitat i el rendiment de la fibra de cotó

    característiques

    SLAF-Genètica evolutiva

    2019

    Planta Molecular

    10.81

    L'anàlisi genòmica de la població i l'assemblea De Novo revelen l'origen de Weedy

    L'arròs com a joc evolutiu

    SLAF-Genètica evolutiva

    2019

    Genètica de la natura

    31.616

    Seqüència del genoma i diversitat genètica de la carpa comuna, Cyprinus carpio

    Mapa SLAF-Linkage

    2014

    Genètica de la natura

    25.455

    El genoma del cacauet conreat proporciona informació sobre els cariotips de llegums, poliploides

    evolució i domesticació dels cultius.

    Mapa SLAF-Linkage

    2022

    Revista de Biotecnologia Vegetal

    9.803

    La identificació de ST1 revela una selecció que implica fer autostop de la morfologia de les llavors

    i contingut d'oli durant la domesticació de la soja

    Desenvolupament SLAF-Marker

    2022

    Revista Internacional de Ciències Moleculars

    6.208

    Identificació i desenvolupament de marcadors d'ADN per a un Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D)

    Substitució disòmica de cromosomes

    Desenvolupament SLAF-Marker

    obtenir un pressupost

    Escriu el teu missatge aquí i envia'ns-ho

    Envia'ns el teu missatge: