ØLabing Eksperyensiyado: Kapin sa 200,000 ka mga sample ang naproseso sa BMK nga naglangkob sa lain-laing mga sample type, lakip na ang cell culture, tissue, body fluid, ug uban pa ug kapin sa 7,000 mRNA-Seq nga mga proyekto nga gisirado nga naglangkob sa nagkalain-laing research area.
ØEstrikto nga sistema sa pagkontrol sa kalidad: Ang mga punto sa pagkontrol sa kalidad sa kinauyokan pinaagi sa tanan nga mga lakang lakip ang pag-andam sa sampol, pag-andam sa librarya, pagkasunodsunod ug bioinformatics ubos sa hugot nga pagmonitor aron makahatag og taas nga kalidad nga mga resulta.
ØDaghang mga database nga magamit alang sa function annotation ug mga pagtuon sa pagpauswag aron matuman ang lainlaing mga katuyoan sa panukiduki.
ØMga serbisyo pagkahuman sa pagbaligya: Mga serbisyo sa pagkahuman sa pagbaligya balido sa 3 ka bulan pagkahuman sa proyekto, lakip ang pag-follow-up sa mga proyekto, pag-troubleshoot, mga resulta sa Q&A, ug uban pa.
Library | Estratehiya sa pagkasunodsunod | Girekomenda ang datos | Pagkontrol sa Kalidad |
Poly A gipadato | Illumina PE150 | 6 Gb | Q30≥85% |
Nucleotides:
Kaputli | Integridad | kantidad |
OD260/280≥1.7-2.5 OD260/230≥0.5-2.5Limitado o walay kontaminasyon sa protina o DNA nga gipakita sa gel. | Para sa mga tanom: RIN≥6.5; Para sa mga mananap: RIN≥7;28S/18S≥1.0;limitado o walay baseline elevation | Conc.≥30 ng/μl;Tomo ≥ 10 μl;Kinatibuk-ang ≥ 1.5 μg |
Tissue: Timbang(uga):≥1 g
*Para sa tissue nga mas gamay sa 5 mg, among girekomenda nga magpadala ug flash frozen(sa liquid nitrogen) tissue sample.
Cell suspension:Ihap sa selula = 3×106- 1×107
*Among girekomenda nga ipadala ang frozen cell lysate.Sa kaso nga ang cell nag-ihap nga mas gamay sa 5 × 105, ang flash frozen sa liquid nitrogen girekomendar, nga mas maayo alang sa micro extraction.
Mga sample sa dugo:Volume≥1 ml
Microorganism:Misa ≥ 1 g
Kontainer: 2 ml centrifuge tube (Tin foil dili girekomendar)
Sample nga pag-label: Grupo+kopya eg A1, A2, A3;B1, B2, B3...
pagpadala:
Bioinformatics
Eukaryotic mRNA sequencing analysis workflow
Bioinformatics
ØPagkontrol sa kalidad sa hilaw nga datos
ØReference genome alignment
ØPagtuki sa istruktura sa transcript
ØPagsukod sa ekspresyon
ØDifferential expression analysis
ØFunction annotation ug enrichment
1.mRNA Data Saturation curve
2.Differential expression analysis-Volcano plot
3.KEGG anotasyon sa DEGs
4.Klasipikasyon sa GO sa mga DEG