Uban sa tulo ka posible nga mga kapilian nga mapili depende sa gitinguha nga lebel sa pagkakompleto sa genome:
● Draft Genome Option: Mubo nga pagbasa nga pagkasunodsunod gamit ang Illumina NovaSeq PE150.
● Fungal Fine Genome Option:
Genome Survey: Illumina NovaSeq PE150.
Genome Assembly: PacBio Revio (HiFi reads) o Nanopore PromethION 48.
● Chromosome-level Fungal Genome:
Genome Survey: Illumina NovaSeq PE150.
Genome Assembly: PacBio Revio (HiFi reads) o Nanopore PromethION 48.
Contig nga pag-angkla sa Hi-C nga asembliya.
●Adunay Daghang mga Estratehiya sa Pagsunodsunod: Para sa lain-laing mga tumong sa panukiduki ug mga kinahanglanon sa pagkakompleto sa genome
●Kompleto nga Bioinformatics Workflow:Naglakip kini sa genome assembly ug ang panagna sa daghang mga elemento sa genomic, functional gene annotation, ug contig anchoring.
●Lapad nga Eksperto: Uban sa kapin sa 12,000 ka microbial genome nga natipon, nagdala kami og kapin sa usa ka dekada nga kasinatian, usa ka hanas kaayo nga grupo sa pagtuki, komprehensibo nga sulod, ug maayo kaayo nga suporta sa post-sales.
●Suporta sa Post-Sales:Ang among pasalig labaw pa sa pagkompleto sa proyekto nga adunay 3 ka bulan nga pagkahuman sa pagbaligya nga panahon sa serbisyo. Niining panahona, nagtanyag kami nga pag-follow-up sa proyekto, tabang sa pag-troubleshoot, ug mga sesyon sa Q&A aron matubag ang bisan unsang mga pangutana nga may kalabotan sa mga resulta.
Serbisyo | Estratehiya sa Pagsunodsunod | Pagkontrol sa Kalidad |
Draft Genome | Illumina PE150 100x | Q30≥85% |
Maayong Genome | Genome survey: Illumina PE150 50 x Asembliya: PacBio HiFi 30x o Nanopore 100x | contig N50 ≥1Mb(Pacbio Unicellular) contig N50 ≥2Mb(ONT Unicellular) contig N50 ≥500kb(Uban pa) |
Chromosome-level nga genome | Genome survey: Illumina PE150 50 x Asembliya: PacBio HiFi 30x o Nanopore 100x Hi-C Assembly 100x | Contig anchoring ratio> 90%
|
Konsentrasyon (ng/µL) | Kinatibuk-ang kantidad (µg) | Tomo (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
PacBio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
Illumina | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
Unicellular Fungus: ≥3.5x1010 mga selula
Macro Fungus: ≥10 g
Naglakip sa mosunod nga Pagtuki:
Genome Survey:
Maayong Genome Assembly:
Hi-C Assembly:
Genome survey: k-mer distribution
Genome assembly: gene homologous annotation (NR database)
Genome assembly: functional gene annotation (GO)
Susihon ang mga pag-uswag nga gipadali sa mga serbisyo sa pagpupulong sa fungal genome sa BMKGene pinaagi sa usa ka curated nga koleksyon sa mga publikasyon.
Hao, J. ug uban pa. (2023) 'Integrated omic profiling sa tambal nga uhong nga Inonotus obliquus ubos sa submerged nga mga kondisyon',BMC Genomics, 24(1), pp. 1–12. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/FIGURES/3.
Lu, L. ug uban pa. (2023) 'Ang genome sequencing nagpadayag sa ebolusyon ug pathogenic nga mekanismo sa trigo nga hait nga eyespot pathogen Rhizoctonia cerealis',Ang Crop Journal, 11(2), pp. 405–416. doi: 10.1016/J.CJ.2022.07.024.
Zhang, H. ug uban pa. (2023) 'Genome Resources alang sa Upat ka Clarireedia Species nga Nagpahinabo sa Dollar Spot sa Diverse Turfgrasses',Sakit sa Tanum, 107(3), pp. 929–934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
Zhang, SS ug uban pa. (2023) 'Genetic ug Molecular Ebidensya sa usa ka Tetrapolar Mating System sa Edible Mushroom Grifola frondosa',Journal sa Fungi, 9(10), p. 959. doi: 10.3390/JOF9100959/S1.