De novo Fungal Genome Assembly
Ang BMKGENE nagtanyag og daghang gamit nga mga solusyon para sa fungal genomes, nga mohaom sa lain-laing mga panginahanglan sa panukiduki ug gitinguha nga pagkakompleto sa genome. Ang paggamit sa short-read Illumina sequencing lamang nagtugot sa pagmugna og draft genome. Ang short-reads ug long-read sequencing gamit ang Nanopore o Pacbio gihiusa para sa mas pino nga fungal genome nga adunay mas taas nga contigs. Dugang pa, ang pag-integrate sa Hi-C sequencing dugang nga nagpalambo sa mga kapabilidad, nga makapahimo sa pagkab-ot sa kompleto nga chromosome-level genome.
Mga Kinaiya sa Serbisyo
Uban sa tulo ka posibleng mga kapilian nga mapilian depende sa gitinguha nga ang-ang sa pagkakompleto sa genome:
● Opsyon sa Draft Genome: Mubo nga pagbasa sa sequencing gamit ang Illumina NovaSeq PE150.
● Opsyon sa Fungal Fine Genome:
Surbey sa Genome: Illumina NovaSeq PE150.
Pag-assemble sa Genome: PacBio Revio (HiFi reads) o Nanopore PromethION 48.
● Genome sa Fungal sa Lebel sa Chromosome:
Surbey sa Genome: Illumina NovaSeq PE150.
Pag-assemble sa Genome: PacBio Revio (HiFi reads) o Nanopore PromethION 48.
Contig anchoring gamit ang Hi-C assembly.
Mga Bentaha sa Serbisyo
●Daghang mga Estratehiya sa Pagsunod-sunod ang AnaaPara sa lain-laing mga tumong sa panukiduki ug mga kinahanglanon sa pagkakompleto sa genome
●Kompleto nga Pag-agos sa Trabaho sa Bioinformatics:Apil niini ang genome assembly ug ang prediksyon sa daghang genomic elements, functional gene annotation, ug contig anchoring.
●Halapad nga KahanasUban sa kapin sa 12,000 ka microbial genomes nga natipon, kami adunay kapin sa usa ka dekada nga kasinatian, usa ka hanas nga grupo sa pag-analisa, komprehensibo nga sulud, ug maayo kaayo nga suporta pagkahuman sa pagbaligya.
●Suporta Pagkahuman sa Pagbaligya:Ang among pasalig molapas pa sa pagkompleto sa proyekto nga adunay 3 ka bulan nga after-sale service period. Niining panahona, nagtanyag kami og project follow-up, troubleshooting assistance, ug Q&A sessions aron matubag ang bisan unsang mga pangutana nga may kalabotan sa mga resulta.
Mga Espisipikasyon sa Serbisyo
| Serbisyo | Estratehiya sa Pagsunod-sunod | Pagkontrol sa Kalidad |
| Draft Genome | Illumina PE150 100x | Q30≥85% |
| Maayong Genome | Surbey sa genome: Illumina PE150 50 x Pag-assemble: PacBio HiFi 30x o Nanopore 100x | contig N50 ≥1Mb（Pacbio Unicellular） contig N50 ≥2Mb（ONT Unicellular） contig N50 ≥500kb（Uban pa） |
| Genome sa lebel sa kromosoma | Surbey sa genome: Illumina PE150 50 x Pag-assemble: PacBio HiFi 30x o Nanopore 100x Hi-C Assembly 100x | Ang ratio sa pag-angkla nga nagdugtong >90%
|
Mga Kinahanglanon sa Serbisyo
| Konsentrasyon (ng/µL) | Kinatibuk-ang kantidad (µg) | Gidaghanon (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
Uniselular nga Fungus: ≥3.5x1010 mga selula
Makro nga Uhong: ≥10 g
Dagayday sa Trabaho sa Serbisyo
Paghatud sa sampol
Pagtukod og librarya
Pagkasunod-sunod
Pag-analisar sa datos
Mga serbisyo human sa pagbaligya
Naglakip sa Mosunod nga Pag-analisar:
Surbey sa Genome:
- Pagkontrol sa kalidad sa datos sa pagkasunod-sunod
- Pagbanabana sa genome: gidak-on, heterozygosity, balik-balik nga mga elemento
Maayong Pag-assemble sa Genome:
- Pagkontrol sa Kalidad sa Datos sa Pagkasunod-sunod
- Bag-o paAsembliya
- Pag-analisar sa Komponente sa Genome: Panagna sa CDS ug daghang elemento sa genomic
- Functional anotation nga adunay daghang kinatibuk-ang mga database (GO, KEGG, ug uban pa) ug mga advanced database (CARD, VFDB, ug uban pa)
Hi-C nga Asembliya:
- Pagtimbang-timbang sa Hi-C Library.
- Mga contig nga nag-angkla, nag-clustering, nag-order, ug nag-orient
- Ebalwasyon sa HI-C Assembly: Base sa reference genome ug heat map
Surbey sa genome: distribusyon sa k-mer
Pagtigom sa genome: anotasyon sa homologous sa gene (NR database)
Pagtigom sa genome: functional gene annotation (GO)
Susiha ang mga pag-uswag nga gipadali sa mga serbisyo sa pag-assemble sa fungal genome sa BMKGene pinaagi sa usa ka gipili nga koleksyon sa mga publikasyon.
Hao, J. et al. (2023) 'Integrated omic profiling sa medicinal mushroom nga Inonotus obliquus ubos sa mga kondisyon sa ilalom sa tubig',BMC Genomics, 24(1), pp. 1–12. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/MGA HULAGWAY/3.
Lu, L. et al. (2023) 'Ang genome sequencing nagpadayag sa ebolusyon ug mga mekanismo sa pathogen sa wheat sharp eyespot pathogen nga Rhizoctonia cerealis',Ang Dyornal sa Pananom, 11(2), pp. 405–416. doi: 10.1016/J.CJ.2022.07.024.
Zhang, H. et al. (2023) 'Mga Kapanguhaan sa Genome para sa Upat ka Espesye sa Clarireedia nga Nagpahinabo sa Dollar Spot sa Nagkalainlaing mga Turfgrass',Sakit sa Tanom, 107(3), pp. 929–934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
Zhang, SS et al. (2023) 'Henetiko ug Molekular nga Ebidensya sa usa ka Tetrapolar Mating System sa Makaon nga Uhong nga Grifola frondosa',Dyornal sa mga Uhong, 9(10), p. 959. doi: 10.3390/JOF9100959/S1.
