条形banner-03

Mga produkto

De novo Fungal Genome Assembly

图片53

 

 

Nagtanyag ang BMKGENE og daghang mga solusyon alang sa mga genome sa fungal, nagsilbi sa lainlaing mga panginahanglanon sa panukiduki ug gitinguha nga pagkakompleto sa genome. Ang paggamit sa mubo nga pagbasa sa pagsunud sa Illumina nga nag-inusara nagtugot sa paghimo sa usa ka draft genome. Ang mubo nga pagbasa ug dugay nga pagbasa nga pagkasunodsunod gamit ang Nanopore o Pacbio gihiusa alang sa usa ka mas dalisay nga fungal genome nga adunay mas taas nga contigs. Dugang pa, ang pag-integrate sa Hi-C sequencing dugang nga nagpauswag sa mga kapabilidad, nga makapahimo sa pagkab-ot sa usa ka kompleto nga chromosome-level genome.


Mga Detalye sa Serbisyo

Bioinformatics

Mga Resulta sa Demo

Gipili nga mga publikasyon

Mga Feature sa Serbisyo

Uban sa tulo ka posible nga mga kapilian nga mapili depende sa gitinguha nga lebel sa pagkakompleto sa genome:

● Draft Genome Option: Mubo nga pagbasa nga pagkasunodsunod gamit ang Illumina NovaSeq PE150.

● Fungal Fine Genome Option:

Genome Survey: Illumina NovaSeq PE150.

Genome Assembly: PacBio Revio (HiFi reads) o Nanopore PromethION 48.

● Chromosome-level Fungal Genome:

Genome Survey: Illumina NovaSeq PE150.

Genome Assembly: PacBio Revio (HiFi reads) o Nanopore PromethION 48.

Contig nga pag-angkla sa Hi-C nga asembliya.

Mga Bentaha sa Serbisyo

Adunay Daghang mga Estratehiya sa Pagsunodsunod: Para sa lain-laing mga tumong sa panukiduki ug mga kinahanglanon sa pagkakompleto sa genome

Kompleto nga Bioinformatics Workflow:Naglakip kini sa genome assembly ug ang panagna sa daghang mga elemento sa genomic, functional gene annotation, ug contig anchoring.

Lapad nga Eksperto: Uban sa kapin sa 12,000 ka microbial genome nga natipon, nagdala kami og kapin sa usa ka dekada nga kasinatian, usa ka hanas kaayo nga grupo sa pagtuki, komprehensibo nga sulod, ug maayo kaayo nga suporta sa post-sales.

Suporta sa Post-Sales:Ang among pasalig labaw pa sa pagkompleto sa proyekto nga adunay 3 ka bulan nga pagkahuman sa pagbaligya nga panahon sa serbisyo. Niining panahona, nagtanyag kami nga pag-follow-up sa proyekto, tabang sa pag-troubleshoot, ug mga sesyon sa Q&A aron matubag ang bisan unsang mga pangutana nga may kalabotan sa mga resulta.

Mga Detalye sa Serbisyo

Serbisyo

Estratehiya sa Pagsunodsunod

Pagkontrol sa Kalidad

Draft Genome

Illumina PE150 100x

Q30≥85%

Maayong Genome

Genome survey: Illumina PE150 50 x

Asembliya: PacBio HiFi 30x o Nanopore 100x

contig N50 ≥1Mb(Pacbio Unicellular)

contig N50 ≥2Mb(ONT Unicellular)

contig N50 ≥500kb(Uban pa)

Chromosome-level nga genome

Genome survey: Illumina PE150 50 x

Asembliya: PacBio HiFi 30x o Nanopore 100x

Hi-C Assembly 100x

Contig anchoring ratio> 90%

 

Mga Kinahanglanon sa Serbisyo

 

Konsentrasyon (ng/µL)

Kinatibuk-ang kantidad (µg)

Tomo (µL)

OD260/280

OD260/230

PacBio

≥20

≥2

≥20

1.7-2.2

≥1.6

Nanopore

≥40

≥2

≥20

1.7-2.2

1.0-3.0

Illumina

≥1

≥0.06

≥20

-

-

Unicellular Fungus: ≥3.5x1010 mga selula

Macro Fungus: ≥10 g

 

Daloy sa Trabaho sa Serbisyo

sample delivery

Sample nga paghatod

Pagpangandam sa Library

Pagtukod sa librarya

Pagsunodsunod

Pagsunodsunod

Pagtuki sa datos

Pagtuki sa datos

Human sa pagbaligya Serbisyo

After-sale nga serbisyo


  • Kaniadto:
  • Sunod:

  • 未标题-1-01

    Naglakip sa mosunod nga Pagtuki:

    Genome Survey:

    • Pagsunod-sunod sa pagkontrol sa kalidad sa datos
    • Pagbanabana sa genome: gidak-on, heterozygosity, nagbalik-balik nga mga elemento

    Maayong Genome Assembly:

    • Pagsunod-sunod sa Pagkontrol sa Kalidad sa Data
    • De novoAsembliya
    • Genome Component Analysis: Pagtagna sa CDS ug daghang mga elemento sa genomic
    • Functional nga anotasyon nga adunay daghang mga kinatibuk-ang database (GO, KEGG, ug uban pa) ug mga advanced database (CARD, VFDB, ug uban pa)

    Hi-C Assembly:

    • Hi-C Library Assessment.
    • Contigs anchoring clustering, pag-order ug orienting
    • Ebalwasyon sa HI-C Assembly: Base sa reference genome ug heat map

    Genome survey: k-mer distribution

     

     图片54

    Genome assembly: gene homologous annotation (NR database)

     

     图片55

     

    Genome assembly: functional gene annotation (GO)

     

    图片56

    Susihon ang mga pag-uswag nga gipadali sa mga serbisyo sa pagpupulong sa fungal genome sa BMKGene pinaagi sa usa ka curated nga koleksyon sa mga publikasyon.

     

    Hao, J. ug uban pa. (2023) 'Integrated omic profiling sa tambal nga uhong nga Inonotus obliquus ubos sa submerged nga mga kondisyon',BMC Genomics, 24(1), pp. 1–12. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/FIGURES/3.

    Lu, L. ug uban pa. (2023) 'Ang genome sequencing nagpadayag sa ebolusyon ug pathogenic nga mekanismo sa trigo nga hait nga eyespot pathogen Rhizoctonia cerealis',Ang Crop Journal, 11(2), pp. 405–416. doi: 10.1016/J.CJ.2022.07.024.

    Zhang, H. ug uban pa. (2023) 'Genome Resources alang sa Upat ka Clarireedia Species nga Nagpahinabo sa Dollar Spot sa Diverse Turfgrasses',Sakit sa Tanum, 107(3), pp. 929–934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A

    Zhang, SS ug uban pa. (2023) 'Genetic ug Molecular Ebidensya sa usa ka Tetrapolar Mating System sa Edible Mushroom Grifola frondosa',Journal sa Fungi, 9(10), p. 959. doi: 10.3390/JOF9100959/S1.

    pagkuha og usa ka kinutlo

    Isulat ang imong mensahe dinhi ug ipadala kini kanamo

    Ipadala ang imong mensahe kanamo: