Hi-C base sa Genome Assembly
Mga Bentaha sa Serbisyo
Overview sa Hi-C
(Lieberman-Aiden Et al.,Siyensiya, 2009)
● Dili kinahanglan sa pagtukod sa genetic nga populasyon alang sa contig angkla;
● Mas taas nga marker density padulong sa mas taas nga contigs anchoring ratio sa ibabaw sa 90%;
● Makapahimo sa ebalwasyon ug mga pagtul-id sa kasamtangan nga genome assemblies;
● Mas mubu nga turn-around nga oras nga adunay mas taas nga katukma sa genome assembly;
● Abunda nga kasinatian sa kapin sa 1000 ka Hi-C nga mga librarya nga gihimo alang sa kapin sa 500 ka espisye;
● Kapin sa 100 ka malampuson nga mga kaso nga adunay accumulative published impact factor nga kapin sa 760;
● Hi-C base genome assembly para sa polyploid genome, 100% angkla rate nakab-ot sa miaging proyekto;
● In-house nga mga patente ug software copyrights alang sa Hi-C nga mga eksperimento ug pagtuki sa datos;
● Gipalambo sa kaugalingon nga visualized data tuning software, makapahimo sa manual block sa paglihok, pagbali, pagbawi ug pag-usab.
Mga Detalye sa Serbisyo
|
Type sa Library
|
Plataporma | Gidugayon sa pagbasa | Irekomendar ang Estratehiya |
| Hi-C | Illumina NovaSeq | PE150 | ≥ 100X |
Pag-analisar sa bioinformatics
● Pagkontrol sa kalidad sa hilaw nga datos
● Hi-C nga pagkontrol sa kalidad sa librarya
● Hi-C base sa genome assembly
● Post-assembly evaluation
Sample nga Kinahanglanon ug Paghatud
Sample nga Kinahanglanon:
| Hayop | Fungus | Mga tanom
|
| Nagyelo nga tisyu: 1-2g kada librarya Mga selula: 1x 10^7 nga mga selula matag librarya | Nagyelo nga tisyu: 1g kada librarya | Nagyelo nga tisyu: 1-2g kada librarya
|
| *Ginarekomendar namon nga magpadala ug labing menos 2 ka aliquots (1 g matag usa) para sa eksperimento sa Hi-C. | ||
Girekomenda nga Sample Delivery
Kontainer: 2 ml centrifuge tube (Tin foil dili girekomendar)
Alang sa kadaghanan sa mga sample, among girekomenda nga dili tipigan sa ethanol.
Sample nga pag-label: Ang mga sample kinahanglan nga klaro nga gimarkahan ug parehas sa gisumite nga porma sa impormasyon sa sample.
Pagpadala: Dry-ice: Ang mga sample kinahanglan nga ibutang una sa mga bag ug ilubong sa dry-ice.
Daloy sa Trabaho sa Serbisyo
Eksperimento nga disenyo
Sample nga paghatod
Pagkuha sa DNA
Pagtukod sa librarya
Pagsunodsunod
Pagtuki sa datos
After-sale nga serbisyo
*Ang mga resulta sa demo nga gipakita dinhi tanan gikan sa mga genome nga gipatik sa Biomarker Technologies
1.Hi-C interaksyon kainit mapa saEspesye sa tanom nga bulak ang Camptotheca acuminatagenome.Sama sa gipakita sa mapa, ang intensity sa interaksyon negatibo nga may kalabutan sa linear nga gilay-on, nga nagpakita sa usa ka tukma kaayo nga chromosome-level assembly.(Angkla nga ratio: 96.03%)
Kang M et al.,Komunikasyon sa Kinaiyahan, 2021
Gipadali sa 2.Hi-C ang pag-validate sa mga inversion tali saEspesye sa tanom nga bulak ang Gossypium hirsutumL. TM-1 A06 ugG. arboreumChr06
Yang Z et al.,Komunikasyon sa Kinaiyahan, 2019
3.Assembly ug biallelic differentiation sa cassava genome SC205.Gipakita sa Hi-C nga heatmap ang tin-aw nga pagbahin sa mga homologous chromosome.
Hu W et al.,Molekular nga Tanum, 2021
4.Hi-C heatmap sa duha ka Ficus species genome assembly:F.microcarpa(angkla ratio: 99.3%) ugF.hispida (angkla nga ratio: 99.7%)
Zhang X et al.,Cell, 2020
Kaso sa BMK
Ang mga Genome sa Kahoy nga Banyan Ug Ang Pollinator Wasp Naghatag Mga Panabut sa Fig-wasp Coevolution
Gipatik: Cell, 2020
Estratehiya sa pagkasunodsunod:
F. microcarpa genome: Gibanabana.84 X PacBio RSII (36.87 Gb) + Hi-C (44 Gb)
F. hispidagenome: Gibanabana.97 X PacBio RSII (36.12 Gb) + Hi-C (60 Gb)
Espesye sa tanom nga bulak ang Eupristina verticillatagenome: Gibanabana.170 X PacBio RSII (65 Gb)
Pangunang mga resulta
1. Duha ka banyan tree genome ug usa ka pollinator wasp genome ang gihimo gamit ang PacBio sequencing, Hi-C ug linkage map.
(1)F. microcarpagenome: Usa ka asembliya sa 426 Mb (97.7% sa gibanabana nga gidak-on sa genome) natukod nga adunay contig N50 sa 908 Kb, BUSCO score nga 95.6%.Sa kinatibuk-an nga 423 Mb sequence ang nakaangkla sa 13 chromosome sa Hi-C.Ang anotasyon sa genome nakahatag ug 29,416 ka protina-coding nga mga gene.
(2)F. Hispidagenome: Usa ka asembliya sa 360 Mb (97.3% sa gibanabana nga gidak-on sa genome) ang ani nga adunay contig N50 nga 492 Kb ug BUSCO nga marka nga 97.4%.Usa ka kinatibuk-an nga 359 Mb sequence ang nakaangkla sa 14 chromosome sa Hi-C ug parehas kaayo sa high-density linkage map.
(3)Espesye sa tanom nga bulak ang Eupristina verticillatagenome: Usa ka asembliya sa 387 Mb (Gibanabana nga gidak-on sa genome: 382 Mb) natukod nga adunay contig N50 nga 3.1 Mb ug BUSCO nga marka nga 97.7%.
2. Ang pagtandi sa genomics nga pag-analisa nagpadayag sa daghang mga kalainan sa istruktura tali sa duhaFicusgenome, nga naghatag ug bililhon nga genetic nga kapanguhaan alang sa adaptive evolution nga mga pagtuon.Kini nga pagtuon, sa unang higayon, naghatag ug mga panabut sa Fig-wasp coevolution sa genomic-level.
 Circos diagram sa genomic nga bahin sa duhaFicusgenome, lakip ang mga chromosome, segmental duplications (SDs), transposon (LTR, TEs, DNA TEs), gene expression ug synteny |  Pag-ila sa Y chromosome ug gene sa kandidato sa determinasyon sa sekso |
Zhang, X. , ug uban pa."Ang mga Genome sa Banyan Tree ug Pollinator Wasp Naghatag og mga Insight sa Fig-Wasp Coevolution."Cell 183.4(2020).
