Asembliya sa Genome nga Gibase sa Hi-C
Ang Hi-C usa ka pamaagi nga gidisenyo aron makuha ang chromosome configuration pinaagi sa paghiusa sa probing proximity-based interactions ug high-throughput sequencing. Ang intensity niining mga interaction gituohan nga negatibo nga may kalabutan sa physical distance sa mga chromosome. Busa, ang Hi-C data gigamit aron magiyahan ang clustering, ordering, ug orienting sa assembled sequences sa usa ka draft genome ug pag-angkla niini ngadto sa usa ka piho nga gidaghanon sa mga chromosome. Kini nga teknolohiya naghatag gahum sa chromosome-level genome assembly nga walay population-based genetic map. Ang matag genome nagkinahanglan og Hi-C.
Mga Kinaiya sa Serbisyo
● Pagsunod-sunod sa Illumina NovaSeq gamit ang PE150.
● Ang serbisyo nagkinahanglan og mga sample sa tisyu, imbes nga gikuha nga mga nucleic acid, aron i-cross-link sa formaldehyde ug mapreserbar ang interaksyon sa DNA-protein.
● Ang eksperimento sa Hi-C naglambigit sa pagpugong ug pag-ayo sa tumoy sa mga sticky nga tumoy gamit ang biotin, gisundan sa sirkularisasyon sa resulta nga blunt nga mga tumoy samtang gipreserbar ang mga interaksyon. Ang DNA dayon gibira paubos gamit ang mga streptavidin beads ug giputli alang sa sunod nga pag-andam sa librarya.
Mga Bentaha sa Serbisyo
Kinatibuk-ang Pagtan-aw sa Hi-C
(Lieberman-Aiden E ug uban pa,Siyensya, 2009)
●Pagwagtang sa Panginahanglan alang sa Datos sa Henetiko nga Populasyon:Ang Hi-C mopuli sa importanteng impormasyon nga gikinahanglan para sa contig anchoring.
●Taas nga densidad sa marker:nga misangpot sa taas nga contig anchoring ratio nga labaw sa 90%.
●Halapad nga Ekspertis ug mga rekord sa publikasyon:Ang BMKGene adunay halapad nga kasinatian sa kapin sa 2000 ka mga kaso sa Hi-C Genome Assembly gikan sa 1000 ka lain-laing mga espisye ug lain-laing mga patente. Kapin sa 200 ka mga gipatik nga kaso ang adunay accumulative impact factor nga kapin sa 2000.
●Hanas kaayo nga grupo sa bioinformatics:Uban sa mga in-house nga patente ug mga copyright sa software para sa mga eksperimento sa Hi-C ug pag-analisar sa datos, ang kaugalingong naugmad nga visualization data software nagtugot sa manwal nga pagbalhin, pag-reverse, pagbawi, ug pag-redo sa block.
●Suporta Pagkahuman sa Pagbaligya:Ang among pasalig molapas pa sa pagkompleto sa proyekto nga adunay 3 ka bulan nga after-sale service period. Niining panahona, nagtanyag kami og project follow-up, troubleshooting assistance, ug Q&A sessions aron matubag ang bisan unsang mga pangutana nga may kalabotan sa mga resulta.
●Komprehensibo nga Anotasyon: mogamit kami og daghang mga database aron magamit ang pag-annotate sa mga gene nga adunay nailhan nga mga baryasyon ug himuon ang katugbang nga pag-analisa sa pagpayaman, nga maghatag og mga panabut sa daghang mga proyekto sa panukiduki.
Mga Espisipikasyon sa Serbisyo
| Pagpangandam sa librarya | Estratehiya sa pagkasunod-sunod | Girekomendar nga output sa datos | Pagkontrol sa kalidad |
| Hi-C nga librarya | Illumina NovaSeq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Mga Kinahanglanon sa Sampol
| Tisyu | Gikinahanglan nga kantidad |
| Mga sulod sa lawas sa hayop | ≥ 2 g |
| Kaunuran sa Hayop | |
| Dugo sa mga Mammal | ≥ 2 mL |
| Dugo sa Manok/Isda | |
| Tanom - Preskong Dahon | ≥ 3 g |
| Mga Kulturadong Selula | ≥ 1x107 |
| Insekto | ≥ 2 g |
Dagayday sa Trabaho sa Serbisyo
Disenyo sa eksperimento
Paghatud sa sampol
Pagtukod og librarya
Pagkasunod-sunod
Pag-analisar sa datos
Mga serbisyo human sa pagbaligya
1) Hilaw nga datos nga QC
2) Hi-C library QC: pagbanabana sa balido nga mga interaksyon sa Hi-C
3) Hi-C assembly: pagpundok sa mga contig sa mga grupo, gisundan sa pag-order sa contig sulod sa matag grupo ug pag-assign sa contig orientation
4) Ebalwasyon sa Taas nga C
Hi-C Library QC – pagbanabana sa mga balido nga pares sa interaksyon sa Hi-C
Hi-C Assembly – estadistika
Ebalwasyon human sa asembliya – heatmap sa intensity sa signal tali sa mga bin
Susiha ang mga pag-uswag nga gihimo sa mga serbisyo sa Hi-C assembly sa BMKGene pinaagi sa usa ka pinili nga koleksyon sa mga publikasyon.
Tian, T. et al. (2023) 'Pag-assemble sa genome ug genetic dissection sa usa ka prominenteng germplasm sa mais nga makasugakod sa hulaw', Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), pp. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, ZL et al. (2020) 'Usa ka Asembliya sa Sukdanan sa Kromosome sa Genome sa Putyokan sa Asya nga Apis cerana', Frontiers in Genetics, 11, p. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Zhang, F. et al. (2023) 'Pagpadayag sa ebolusyon sa biosynthesis sa tropane alkaloid pinaagi sa pag-analisar sa duha ka genome sa pamilyang Solanaceae', Nature Communications 2023 14:1, 14(1), pp. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. et al. (2020) 'Ang mga genome sa Banyan Tree ug Pollinator Wasp Naghatag og mga Panabut sa Coevolution sa Fig-Wasp', Cell, 183(4), pp. 875-889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
