mRNA-seq (NGS) – De novo

Ang mRNA sequencing nagtugot sa pag-profile sa tanang mRNA transcripts sa mga selula ubos sa espesipikong mga kondisyon ug usa ka kaylap nga gigamit nga teknolohiya sa nagkalain-laing mga natad sa panukiduki. Ang BMKCloud De novo mRNA-seq pipeline gidisenyo aron analisahon ang poly-A enriched sequencing libraries kung walay magamit nga reference genome. Ang pipeline magsugod sa quality control, gisundan sabag-o papag-assemble sa transcript ug pagpili sa unigene set. Ang unigene structure analysis nagtagna sa coding sequence (CDS) ug simple sequence repeats (SSR). Sunod, ang differential expression analysis nakakaplag og differentially expressed genes (DEGs) taliwala sa gisulayan nga mga kondisyon, gisundan sa functional annotation ug enrichment sa DEGs aron makuha ang biological insights.