Mga produkto

Non-Reference based mRNA Sequencing-Illumina

Ang pagsunud sa mRNA nagsagop sa sunod nga henerasyon nga teknik sa pagsunud (NGS) aron makuha ang messenger nga RNA (mRNA) nga porma sa Eukaryote sa piho nga panahon nga gipalihok ang pipila nga mga espesyal nga gimbuhaton.Ang pinakataas nga transcript spliced gitawag nga 'Unigene' ug gigamit isip reference sequence para sa sunod nga pagtuki, nga usa ka epektibong paagi sa pagtuon sa molekular nga mekanismo ug regulatory network sa species nga walay reference.

Pagkahuman sa transcriptome data assembly ug unigene functional annotation

(1)SSR analysis, CDS prediction ug gene structure kay maporma na.

(2) Pag-ihap sa unigene nga ekspresyon sa matag sample ipahigayon.

(3) Ang lahi nga gipahayag nga mga unigenes tali sa mga sample (o mga grupo) madiskobrehan base sa unigene nga ekspresyon

(4) Pag-clustering, functional annotation ug enrichment analysis sa differentially expressed unigenes ipahigayon

Kontaka Kami

Mga Detalye sa Serbisyo

Bioinformatics

Mga Resulta sa Demo

Pagtuon sa Kaso

Mga bahin

● Independent sa bisan unsang reference genome,

● Ang datos mahimong gamiton sa pag-analisar sa istruktura ug ekspresyon sa mga transcript

● Pag-ila sa variable nga mga clipping site

Mga Bentaha sa Serbisyo

● Paghatud sa resulta nga gibase sa BMKCloud: Ang mga resulta gihatod isip data file ug interactive nga report pinaagi sa BMKCloud platform, nga nagtugot sa user-friendly nga pagbasa sa komplikadong mga output sa pagtuki ug customized data mining base sa standard bioinformatics analysis.

● After-sale nga mga serbisyo: After-sale nga mga serbisyo balido sulod sa 3 ka bulan human sa proyekto, lakip na ang mga proyekto nga follow-up, trouble-shooting, mga resulta sa Q&A, ug uban pa.

Sample nga Kinahanglanon ug Paghatud

Sample nga Kinahanglanon:

Nucleotides:

Conc.(ng/μl)

Gidaghanon (μg)

Kaputli

Integridad

≥ 20

≥ 0.5

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5-2.5

Limitado o walay kontaminasyon sa protina o DNA nga gipakita sa gel.

Para sa mga tanom: RIN≥6.5;

Para sa mga mananap: RIN≥7.0;

5.0≥28S/18S≥1.0;

limitado o walay baseline elevation

Tissue: Timbang(uga): ≥1 g
*Para sa tissue nga mas gamay sa 5 mg, among girekomenda nga magpadala ug flash frozen(sa liquid nitrogen) tissue sample.

Pagsuspinde sa selula: Ihap sa selula = 3×10⁷
* Girekomenda namon nga ipadala ang frozen cell lysate.Sa kaso nga ang cell nag-ihap nga mas gamay sa 5 × 10⁵, girekomendar ang flash frozen sa liquid nitrogen.

Mga sample sa dugo:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol ug 2mL nga dugo(TRIzol:Dugo=3:1)

Girekomenda nga Sample Delivery

sudlanan:
2 ml centrifuge tube (Tin foil dili girekomendar)
Sample nga pag-label: Grupo+kopya eg A1, A2, A3;B1, B2, B3...

pagpadala:
1.Dry-ice: Ang mga sample kinahanglan nga ibutang sa mga bag ug ilubong sa dry-ice.
2.RNAstable tubes: RNA samples mahimong mamala sa RNA stabilization tube(eg RNAstable®) ug ipadala sa lawak temperatura.

Daloy sa Trabaho sa Serbisyo

Eksperimento nga disenyo

Sample nga paghatod

Pagkuha sa RNA

Pagtukod sa librarya

Pagsunodsunod

Pagtuki sa datos

After-sale nga serbisyo

Kaniadto: Taas nga non-coding sequencing-Illumina

Sunod: Eukaryotic mRNA Sequencing-Illumina

Bioinformatics

1.mRNA(denovo) Prinsipyo sa Asembliya

Pinaagi sa Trinity, ang mga basahon gibahin ngadto sa gagmay nga mga piraso, nailhan nga K-mer.Kini nga mga K-mer gigamit ingon nga mga liso nga idugang ngadto sa mga contigs ug dayon ang component nga gibase sa contig overlappings.Sa katapusan, ang De Bruijn gipadapat dinhi aron mailhan ang mga transkrip sa mga sangkap.

mRNA-(De-novo)-Katibuk-an-sa-Trinidad

mRNA (De novo) Overview sa Trinity

2.mRNA (De novo) Distribution sa Gene Expression Level

Ang RNA-Seq makahimo sa pagkab-ot sa usa ka sensitibo kaayo nga pagbanabana sa ekspresyon sa gene.Kasagaran, ang makit-an nga hanay sa mga transcript nga ekspresyon nga FPKM gikan sa 10 ^ -2 hangtod 10 ^ 6

mRNA-(De-novo)-Distribution-sa-FPKM-density-sa-matag-sample

mRNA (De novo) Distribusyon sa Densidad sa FPKM sa matag sample

3.mRNA (De novo) GO Enrichment Analysis sa mga DEG

Ang database sa GO (Gene Ontology) usa ka structured biological annotation system nga adunay standard nga bokabularyo sa gene ug gene products functions.Naglangkob kini og daghang lebel, kung diin ang ubos nga lebel, labi ka piho ang mga gimbuhaton.

mRNA-(De-novo)-GO-klasipikasyon-sa-DEGs-sa-ikaduha nga lebel

mRNA (De novo) GO nga klasipikasyon sa mga DEG sa ikaduhang lebel

Kaso sa BMK

Transcriptome Analysis sa Sucrose Metabolism sa panahon sa Bulb Hubag ug Pag-uswag sa Sibuyas (Allium cepa L.)

Gipatik: mga utlanan sa siyensya sa tanum，2016

Estratehiya sa pagkasunodsunod

Illumina HiSeq2500

Pagkolekta sa sample

Ang Utah Yellow Sweet Spain cultivar "Y1351" gigamit niini nga pagtuon.Ang gidaghanon sa mga sample nga nakolekta mao
Ika-15 nga adlaw pagkahuman sa paghubag (DAS) sa bombilya (2-cm diametro ug 3-4 g nga gibug-aton), ika-30 nga DAS (5-cm diametro ug 100-110 g nga gibug-aton), ug ∼3 sa ika-40 nga DAS (7-cm diametro ug 260-300 gramo).

Pangunang mga resulta

1. sa Venn diagram, total nga 146 DEGs ang nakita sa tanang tulo ka parisan sa developmental stages
2. "Carbohydrate transport ug metabolismo" girepresentahan lamang sa 585 unigenes (ie, 7% sa annotated COG).
3. Ang Unigenes nga malampuson nga na-annotate sa GO database giklasipikar ngadto sa tulo ka punoan nga mga kategoriya alang sa tulo ka lain-laing mga ang-ang sa paglambo sa bombilya.Kadaghanan nga girepresentahan sa "biological nga proseso" nga panguna nga kategorya mao ang "proseso sa metabolismo", gisundan sa "proseso sa cellular".Sa panguna nga kategorya sa "molecular function" ang duha ka kategorya nga labing girepresentahan mao ang "binding" ug "catalytic activity".

PB-full-length-RNA-Sequencing-case-study

Histogram sa mga cluster sa orthologous nga mga grupo (COG) nga klasipikasyon

Histogram sa gene ontology (GO) nga klasipikasyon alang sa mga unigenes nga nakuha gikan sa mga bombilya sa tulo ka yugto sa pag-uswag

Venn diagram nga nagpakita sa mga gene nga lahi nga gipahayag sa bisan unsang duha ka yugto sa pagtubo sa bombilya sa sibuyas

Reperensya

Zhang C, Zhang H, Zhan Z, ug uban pa.Transcriptome Analysis sa Sucrose Metabolism atol sa Bulb Hubag ug Paglambo sa Sibuyas (Allium cepa L.)[J].Frontiers sa Plant Science, 2016, 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425