-
Metagenomic Sequencing -NGS
Ang metagenome usa ka koleksyon sa kinatibuk-ang genetic nga materyal sa usa ka nagkasagol nga komunidad sa mga organismo, sama sa mga metagenom sa kinaiyahan ug sa tawo. Naglangkob kini sa mga genome sa parehas nga maugmad ug dili maugmad nga mga mikroorganismo. Ang Shotgun metagenomic sequencing uban sa NGS makahimo sa pagtuon niining makuti nga genomic nga mga talan-awon nga na-embed sa mga sample sa kalikopan pinaagi sa paghatag labaw pa sa taxonomic profiling, nga naghatag usab og granular nga mga panabut sa pagkalain-lain sa mga espisye, abundance dynamics, ug komplikadong mga istruktura sa populasyon. Labaw sa mga pagtuon sa taxonomic, ang shotgun metagenomics nagtanyag usab usa ka functional genomics nga perspektibo, nga makapahimo sa pagsuhid sa mga naka-encode nga mga gene ug sa ilang mga papel sa mga proseso sa ekolohiya. Sa katapusan, ang pag-establisar sa mga network sa correlation tali sa genetic nga mga elemento ug environmental nga mga hinungdan nakatampo sa usa ka holistic nga pagsabut sa makuti nga interplay tali sa microbial nga mga komunidad ug sa ilang ecological background. Sa konklusyon, ang metagenomic sequencing nagbarug isip usa ka importante nga instrumento alang sa pag-unrave sa genomic intricacies sa nagkalain-laing microbial nga mga komunidad, nga nagdan-ag sa multifaceted nga relasyon tali sa genetics ug ecology sulod niining komplikado nga ekosistema.
Mga plataporma: Illumina NovaSeq ug DNBSEQ-T7
-
Metagenomic Sequencing-TGS
Ang metagenome usa ka koleksyon sa genetic nga materyal sa usa ka nagkasagol nga komunidad sa mga organismo, sama sa mga metagenome sa kinaiyahan ug sa tawo. Naglangkob kini sa mga genome sa parehas nga maugmad ug dili maugmad nga mga mikroorganismo. Ang metagenomic sequencing makahimo sa pagtuon niining makuti nga genomic nga mga talan-awon nga nasulod sa ekolohikal nga mga sampol pinaagi sa paghatag ug labaw pa sa taxonomic profiling. Nagtanyag usab kini og usa ka functional genomics nga perspektibo pinaagi sa pagsuhid sa mga naka-encode nga mga gene ug sa ilang mga papel sa mga proseso sa kinaiyahan. Samtang ang tradisyonal nga mga pamaagi sa shotgun nga adunay pagsunud sa Illumina kaylap nga gigamit sa mga pagtuon sa metagenomic, ang pag-abut sa Nanopore ug PacBio nga dugay nang nabasa nga pagkasunud-sunod nakapausab sa natad. Ang Nanopore ug PacBio nga teknolohiya nagpalambo sa downstream bioinformatic analyses, ilabina ang metagenome assembly, nga nagsiguro sa mas padayon nga mga asembliya. Gipakita sa mga taho nga ang metagenomics nga nakabase sa Nanopore ug ang nakabase sa PacBio malampuson nga nakamugna og kompleto ug sirado nga mga genome sa bakterya gikan sa mga komplikadong microbiome (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). Ang paghiusa sa mga pagbasa sa Nanopore sa pagbasa sa Illumina naghatag usa ka estratehikong pamaagi alang sa pagtul-id sa sayup, pagpagaan sa kinaiyanhon nga ubos nga katukma sa Nanopore. Kini nga synergistic nga kombinasyon naggamit sa mga kusog sa matag sequencing platform, nga nagtanyag usa ka lig-on nga solusyon aron mabuntog ang mga potensyal nga limitasyon ug pagpauswag sa katukma ug kasaligan sa mga pag-analisar sa metagenomic.
Plataporma: Nanopore PromethION 48, Illumia ug PacBio Revio
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Ang 16S ug 18S rRNA nga mga gene, kauban ang Internal Trancribed Spacer (ITS) nga rehiyon, nagsilbing pivotal molecular fingerprinting marker tungod sa ilang kombinasyon sa labi ka konserbado ug hyper-variable nga mga rehiyon, nga naghimo kanila nga bililhon nga mga himan alang sa pagkilala sa prokaryotic ug eukaryotic nga mga organismo. Ang pagpadako ug pagkasunud-sunod sa kini nga mga rehiyon nagtanyag usa ka pamaagi nga wala’y pagbulag alang sa pag-imbestiga sa komposisyon sa microbial ug pagkalainlain sa lainlaing mga ekosistema. Samtang ang pagsunud sa Illumina kasagarang gipunting ang mubu nga hypervariable nga mga rehiyon sama sa V3-V4 sa 16S ug ITS1, gipakita nga ang labing maayo nga annotation sa taxonomic makab-ot pinaagi sa pagsunud sa tibuuk nga gitas-on sa 16S, 18S, ug ITS. Kini nga komprehensibo nga pamaagi nagresulta sa mas taas nga porsyento sa tukma nga giklasipikar nga mga han-ay, pagkab-ot sa usa ka lebel sa resolusyon nga moabot sa pag-ila sa mga espisye. Ang PacBio's Single-Molecule Real-Time (SMRT) sequencing platform nagbarug pinaagi sa paghatag og tukma kaayo nga taas nga pagbasa (HiFi) nga naglangkob sa tibuok nga gitas-on nga mga amplicon, nga nag-indigay sa katukma sa Illumina sequencing. Kini nga kapabilidad nagtugot sa mga tigdukiduki nga makab-ot ang usa ka dili hitupngan nga bentaha - usa ka panoramic nga pagtan-aw sa genetic nga talan-awon. Ang gipalapdan nga sakup labi nga nagpataas sa resolusyon sa anotasyon sa mga espisye, labi na sa sulod sa mga komunidad sa bakterya o fungal, nga nagpaarang sa usa ka labi ka lawom nga pagsabut sa mga kakuti sa mga populasyon sa microbial.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Ang pagsunud-sunod sa Amplicon gamit ang teknolohiya sa Illumina, partikular nga gipunting ang 16S, 18S, ug ITS nga mga marka sa genetic, usa ka kusgan nga pamaagi sa pag-unraveling sa phylogeny, taxonomy, ug kadaghan sa mga espisye sa sulod sa mga komunidad sa microbial. Kini nga pamaagi naglakip sa pagsunud sa hypervariable nga mga rehiyon sa housekeeping genetic marker. Orihinal nga gipaila ingon usa ka molekular nga fingerprint niWoeses et alsa 1977, kini nga teknik nagbag-o sa microbiome profiling pinaagi sa pagpagana sa isolation-free nga pag-analisar. Pinaagi sa pagkasunodsunod sa 16S (bakterya), 18S (fungi), ug Internal Transcribed Spacer (ITS, fungi), mailhan sa mga tigdukiduki dili lamang ang daghang mga espisye kondili ang mga talagsaon ug wala mailhi. Kaylap nga gisagop isip usa ka importante nga himan, ang amplicon sequencing nahimong instrumento sa pag-ila sa differential microbial compositions sa lain-laing mga palibot, lakip na ang baba sa tawo, mga tinai, stool, ug uban pa.
-
Bacterial ug Fungal Whole Genome Re-Sequencing
Ang bacterial ug fungal whole-genome re-sequencing nga mga proyekto hinungdanon alang sa pagpauswag sa microbial genomics pinaagi sa pagpagana sa pagkompleto ug pagtandi sa microbial genome. Gipadali niini ang fermentation engineering, ang pag-optimize sa mga proseso sa industriya, ug ang pagsuhid sa mga sekondaryang agianan sa metabolismo. Dugang pa, ang fungal ug bacterial re-sequencing hinungdanon alang sa pagsabot sa pagpahaom sa kinaiyahan, pag-optimize sa mga strain, ug pagpadayag sa genetic evolution dynamics, nga adunay halapad nga implikasyon sa medisina, agrikultura, ug environmental science.
-
Prokaryotic RNA Sequencing
Ang pagsunud sa RNA naghatag gahum sa komprehensibo nga profiling sa tanan nga mga transcript sa RNA sa sulod sa mga selyula sa ilawom sa piho nga mga kondisyon. Kining pinakabag-o nga teknolohiya nagsilbi nga usa ka kusgan nga himan, nagpadayag sa makuti nga mga profile sa ekspresyon sa gene, mga istruktura sa gene, ug mga mekanismo sa molekula nga may kalabutan sa lainlaing mga proseso sa biolohikal. Kaylap nga gisagop sa pundamental nga panukiduki, clinical diagnostics, ug drug development, ang RNA sequencing nagtanyag og mga pagsabot sa mga intricacies sa cellular dynamics ug genetic regulation. Ang among prokaryotic RNA sample processing gipahaom alang sa prokaryotic transcriptome, nga naglakip sa rRNA depletion ug directional library preparation.
Plataporma: Illumina NovaSeq
-
Metatranscriptome Sequencing
Gigamit ang teknolohiya sa pagsunud-sunod sa Illumina, ang serbisyo sa metatranscriptome sequencing sa BMKGENE nagpadayag sa dinamikong ekspresyon sa gene sa lainlain nga han-ay sa mga mikrobyo, nga naglangkob sa mga eukaryote hangtod sa mga prokaryote ug mga virus, sulod sa natural nga palibot sama sa yuta, tubig, dagat, stool, ug gut. Ang among komprehensibo nga serbisyo naghatag gahum sa mga tigdukiduki sa pagsusi sa kompleto nga mga profile sa ekspresyon sa gene sa komplikado nga mga komunidad sa microbial. Labaw pa sa pag-analisa sa taxonomic, ang among metatranscriptome sequencing nga serbisyo nagpadali sa pagsuhid sa pagpaayo sa pagpaandar, paghatag kahayag sa mga lahi nga gipahayag nga mga gene ug ang ilang mga tahas. Pagdiskubre sa daghang biolohikal nga mga panabut samtang nag-navigate ka sa komplikado nga mga talan-awon sa ekspresyon sa gene, pagkalainlain sa taxonomic, ug dinamikong pag-andar sa sulod niining lainlaing mga niche sa kalikopan.
-
De novo Fungal Genome Assembly
Nagtanyag ang BMKGENE og daghang mga solusyon alang sa mga genome sa fungal, nagsilbi sa lainlaing mga panginahanglanon sa panukiduki ug gitinguha nga pagkakompleto sa genome. Ang paggamit sa mubo nga pagbasa nga pagsunud sa Illumina nga nag-inusara nagtugot sa paghimo sa usa ka draft genome. Ang mubo nga pagbasa ug dugay nga pagbasa nga pagkasunodsunod gamit ang Nanopore o Pacbio gihiusa alang sa usa ka mas dalisay nga fungal genome nga adunay mas taas nga contigs. Dugang pa, ang pag-integrate sa Hi-C sequencing dugang nga nagpauswag sa mga kapabilidad, nga makapahimo sa pagkab-ot sa usa ka kompleto nga chromosome-level genome.
-
De novo Bacterial Genome Assembly
Naghatag kami usa ka kompleto nga serbisyo sa pagpupulong sa genome sa bakterya, nga naggarantiya sa 0 nga mga gintang. Posible kini pinaagi sa pag-integrate sa dugay na nga pagbasa nga mga teknolohiya sa pagsunud-sunod, sama sa Nanopore ug PacBio para sa asembliya ug mubo nga pagbasa nga pagkasunodsunod sa Illumina alang sa pag-validate sa asembliya ug pagtul-id sa sayup sa mga pagbasa sa ONT. Ang among serbisyo naghatag sa kompleto nga bioinformatic workflow gikan sa asembliya, functional annotation, ug advanced bioinformatic analysis, pagtuman sa piho nga mga tumong sa panukiduki. Kini nga serbisyo makahimo sa pagpalambo sa tukma nga reference genome alang sa nagkalain-laing genetic ug genomic nga mga pagtuon. Dugang pa, kini nahimong basehan sa mga aplikasyon sama sa strain optimization, genetic engineering, ug microbial technology development, pagsiguro nga kasaligan ug walay gap-free genomic data nga hinungdanon alang sa pag-uswag sa siyentipikong pagsabot ug biotechnological innovation.
