BMKCloud Log in
条形banner-03

Mga produkto

Gamay nga RNA sequencing-Illumina

Ang gamay nga RNA nagtumong sa usa ka klase sa non-coding nga mga molekula sa RNA nga kasagaran ubos sa 200nt ang gitas-on, lakip ang micro RNA (miRNA), gamay nga interference RNA (siRNA), ug piwi-interacting RNA (piRNA).

Ang MicroRNA (miRNA) usa ka klase sa endogenous nga gamay nga RNA nga adunay gitas-on nga mga 20-24nt, nga adunay lainlaing hinungdanon nga mga papel sa regulasyon sa mga selyula.Ang miRNA nalambigit sa daghang mga proseso sa kinabuhi nga nagpadayag sa tisyu - espesipiko ug entablado - espesipikong ekspresyon ug gikonserbar pag-ayo sa lain-laing mga espisye.


Mga Detalye sa Serbisyo

Bioinformatics

Mga Resulta sa Demo

Pagtuon sa Kaso

Mga Bentaha sa Serbisyo

● ang unang base sa 5 'katapusan adunay usa ka lig-on nga gusto alang sa U sa pagkuha sa piho nga RNAs

● miRNA target gene prediksiyon

● Ang datos gigamit sa paghimo sa hiniusang pagtuki sa mRNA

● miRNA differential expression

● miRNA target gene prediksiyon

● Paghatud sa resulta nga gibase sa BMKCloud: Ang customized data-mining anaa sa plataporma

● After-sale nga mga serbisyo balido sulod sa 3 ka bulan human sa proyekto

Sample nga Kinahanglanon ug Paghatud

Library

Plataporma

Girekomenda nga datos

Data QC

sRNA

Illumina SE50

10M/20M nga pagbasa

Q30≥85%

Sample nga Kinahanglanon:

Nucleotides:

Conc.(ng/μl)

Gidaghanon (μg)

Kaputli

Integridad

≥ 80

≥ 0.5

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5-2.5

Limitado o walay kontaminasyon sa protina o DNA nga gipakita sa gel.

Para sa mga tanom: RIN≥7.5;

Para sa mga mananap: RIN≥8.0;

5.0≥28S/18S≥1.0;

limitado o walay baseline elevation

*Para sa tissue nga mas gamay sa 5 mg, among girekomenda nga magpadala ug flash frozen(sa liquid nitrogen) tissue sample.

Pagsuspinde sa selula: Ihap sa selula = 3×107
* Girekomenda namon nga ipadala ang frozen cell lysate.Sa kaso nga ang cell nag-ihap nga mas gamay sa 5 × 105, girekomendar ang flash frozen sa liquid nitrogen.

Mga sample sa dugo:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol ug 2mL nga dugo(TRIzol:Dugo=3:1)

Girekomenda nga Sample Delivery

sudlanan:
2 ml centrifuge tube (Tin foil dili girekomendar)
Sample nga pag-label: Grupo+kopya eg A1, A2, A3;B1, B2, B3...

pagpadala:
1.Dry-ice: Ang mga sample kinahanglan nga ibutang sa mga bag ug ilubong sa dry-ice.
2.RNAstable tubes: RNA samples mahimong mamala sa RNA stabilization tube(eg RNAstable®) ug ipadala sa lawak temperatura.

Daloy sa Trabaho sa Serbisyo

Sample nga QC

Eksperimento nga disenyo

sample delivery

Sample nga paghatod

Eksperimento sa piloto

Pagkuha sa RNA

Pagpangandam sa Library

Pagtukod sa librarya

Pagsunodsunod

Pagsunodsunod

Pagtuki sa datos

Pagtuki sa datos

Human sa pagbaligya Serbisyo

After-sale nga serbisyo


  • Kaniadto:
  • Sunod:

  • Bioinformatics

    wps_doc_14

    1.miRNA Identification

    Ang matag kandidato nga pasiuna sa mga nobela nga miRNA nga gitagna sa miRDeep2 adunay usa ka pdf nga numero nga nagpakita sa istruktura ug giladmon sa pagkasunud niini.

     miRNA-precursor-structure-and-sequencing-depth

    miRNA precursor structure ug sequencing depth

    2.KEGG Pagpalambo sa DE-miRNA Targeted Genes

    Sa kini nga sesyon, una nga gisusi sa Biomarker kung ang mga agianan sobra nga presentasyon sa mga gipunting nga mga gene sa DE-miRNA.Ang enrichment factor ug fisher test gigamit sa pagdeterminar sa enrichment degree ug kamahinungdanon sa agianan.Ang equation sa kalkulasyon sa pagpadato gipakita sa ubos.

    KEGG-pathway-enrichment-on-DE-miRNA-targeted-genes

    KEGG pathway enrichment sa DE-miRNA nga gipunting nga mga gene

    3.GO Enrichment Analysis sa DE-miRNA Targeted Genes

    Ang clusterProfiler gigamit sa pag-analisa sa pagpaayo sa GO sa mga target nga gen sa DE-miRNA.Ang gidirekta nga acyclic graph sa gipadato nga mga termino gihimo aron ipakita ang hierarchical nga istruktura sa mga termino.Sa numero, ang direksyon sa mga arrow nagrepresentar sa mga relasyon sa paglakip tali sa mga termino, ie ang mga node mas espesipiko kay sa ilang mga upper node.Ang gitumong nga acylic graph sa DE-miRNA nga gipunting nga mga gene gipakita sa numero sa ubos.

    TopGO-directed-acyclic-graph-of-DE-miRNA-targeted-genes

    Gidirekta sa TopGO ang acyclic graph sa DE-miRNA nga gipunting nga mga gene

    Kaso sa BMK

    Ang Integrated Analysis sa MiRNA ug Genes nga Nalambigit sa Meat Quality Nagpadayag nga ang Gga-MiR-140-5p Makaapektar sa Intramuscular Fat Deposition sa mga Manok

    Gipatik:Cellular Physiology ug Biochemistry,2018

    Pangunang mga resulta

    Ang ulahing panahon sa pagpamunga nga mga hens nagpakita sa ubos nga global nga lebel sa ekspresyon sa miRNAs kay sa juvenile hens.
    Usa ka regulatory network sa mirNA-mrna nga mahimong makaapekto sa kalidad sa karne gihimo
    Ang gga-miR-140-5p nagpasiugda sa pagkalahi sa adipocyte pinaagi sa pagpaubos sa pag-regulate sa RXRG.

    PB-full-length-RNA-Sequencing-case-study

    Ang gga-miR-140-5p nagpasiugda sa pagkalahi sa intramuscular preadipocyte sa manok pinaagi sa pag-target sa 3'UTR sa RXRG

    Reperensya

    Zhang M, Li DH, Li F, ug uban pa.Ang Integrated Analysis sa MiRNA ug Genes nga Nalambigit sa Meat Quality Nagpadayag nga ang Gga-MiR-140-5p Makaapektar sa Intramuscular Fat Deposition sa mga Manok[J].Cellular Physiology ug Biochemistry, 2018: 2421-2433.DOI: 10.1159/000489649

    pagkuha sa usa ka kinutlo

    Isulat ang imong mensahe dinhi ug ipadala kini kanamo

    Ipadala ang imong mensahe kanamo: