Pagkasunod-sunod sa Pinakusog nga Tipik sa Espisipiko nga Lokus (SLAF-Seq)
Daloy sa Trabaho
Ang serbisyo adunay pipila ka pre-design in silico aron garantiya ang labing maayo nga pagpili sa enzyme sa pag-andam sa librarya.
Teknikal nga Eskema
Mga Kinaiya sa Serbisyo
● Pagsunod-sunod sa NovaSeq gamit ang PE150.
● Pag-andam sa librarya nga adunay doble nga barcoding, nga makapahimo sa pag-pool sa kapin sa 1000 ka mga sample.
● Walay labot sa genome nga gikonsiderar:
Uban sa reperensya nga genome: SNP ug InDel nga nadiskobrehan
Walay reperensya nga genome: sample clustering ug SNP discovery
● Sain-silicoSa wala pa ang disenyo, ang mga kombinasyon sa multiple restriction enzyme gisusi aron makit-an ang mga kombinasyon nga makamugna og parehas nga distribusyon sa mga SLAF tag ubay sa genome.
● Atol sa pre-experiment, tulo ka kombinasyon sa enzyme ang gisulayan sa 3 ka sample aron makamugna og 9 ka SLAF libraries, ug kini nga impormasyon gigamit sa pagpili sa labing maayo nga kombinasyon sa restriction enzyme para sa proyekto.
Mga Bentaha sa Serbisyo
●Pagdiskobre sa Taas nga Genetic MarkerNag-integrate mi og high-throughput double barcode system nga nagtugot sa dungan nga pag-sequence sa dagkong populasyon, ug locus-specific amplification nga nagpalambo sa efficiency, nga nagsiguro nga ang mga numero sa tag makatubag sa lain-laing mga kinahanglanon sa lain-laing mga pangutana sa panukiduki.
● Ubos nga Pagsalig sa GenomeMahimo kining magamit sa mga espisye nga adunay o walay reference genome.
●Disenyo sa Flexible nga EskemaAng single-enzyme, dual-enzyme, multi-enzyme digestion, ug lain-laing klase sa enzymes mahimong mapili aron matubag ang lain-laing tumong sa panukiduki o espisye.
● Taas nga Epektibo sa Enzymatic Digestion: Ang pagpaagi sa usa kain-silicoAng pre-design ug pre-experiment nagsiguro sa labing maayong disenyo nga adunay parehas nga pag-apod-apod sa mga SLAF tag sa chromosome (1 SLAF tag/4Kb) ug gipamub-an nga balik-balik nga han-ay (<5%).
●Halapad nga KahanasNagdala kami og daghang kasinatian sa matag proyekto, nga adunay rekord sa pagsira sa kapin sa 5000 ka SLAF-Seq nga mga proyekto sa gatusan ka mga espisye, lakip ang mga tanom, mammal, langgam, insekto, ug mga organismo sa tubig.
● Kaugalingong Naugmad nga Bioinformatic WorkflowNaghimo kami og integrated bioinformatic workflow para sa SLAF-Seq aron masiguro ang kasaligan ug katukma sa final output.
Mga Espisipikasyon sa Serbisyo
| Matang sa pag-analisar | Girekomendar nga sukod sa populasyon | Estratehiya sa pagkasunod-sunod | |
| Kalawom sa pagkasunod-sunod sa tag | Numero sa tag | ||
| Mga Mapa sa Henetiko | 2 ka ginikanan ug >150 ka anak | Mga Ginikanan: 20x WGS Pag-ilis: 10x | Gidak-on sa genome: <400 Mb: Girekomenda ang WGS <1Gb: 100K nga mga tag 1-2Gb:: 200K nga mga tag >2Gb: 300K nga mga tag Maximum nga 500k nga mga tag |
| Mga Pagtuon sa Asosasyon sa Tibuok Genome (GWAS) | ≥200 ka mga sample | 10x | |
| Ebolusyong Henetiko | ≥30 ka mga sample, nga adunay >10 ka mga sample gikan sa matag subgroup | 10x | |
Mga Kinahanglanon sa Serbisyo
Konsentrasyon ≥ 5 ng/µL
Kinatibuk-ang kantidad ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280=1.6-2.5
Agarose gel: walay o limitado nga pagkadaot o kontaminasyon
Girekomendar nga Paghatud sa Sample
Sudlanan: 2 ml nga tubo sa centrifuge
(Alang sa kadaghanan sa mga sample, among girekomendar nga dili i-preserbar sa ethanol)
Pag-label sa sampol: Ang mga sampol kinahanglan nga klaro nga gimarkahan ug parehas sa gisumite nga porma sa impormasyon sa sampol.
Pagpadala: Dry-ice: Ang mga sample kinahanglan una nga iputos sa mga bag ug ilubong sa dry-ice.
Daloy sa Trabaho sa Serbisyo
Sampol nga QC
Eksperimento sa piloto
Eksperimento sa SLAF
Pagpangandam sa Librarya
Pagkasunod-sunod
Pag-analisar sa Datos
Mga Serbisyo Human sa Pagbaligya
Ang among bioinformatical analysis naglangkob sa:
Data QC ug data trimming aron matangtang ang mga N-rich reads, adapter reads o mga low quality reads.
Ang ikaduhang quality control sa clean reads gihimo aron masusi ang base distribution, sequence quality ug data assessment, apan aron usab masusi ang digestion efficiency ug ang mga insert nga nakuha.
Kung nasusi na ang mga pagbasa, adunay duha ka kapilian:
- Pagmapa ngadto sa reperensya sa genome
- Walay reperensya nga genome: clustering
Human niini, ang pag-analisa sa mga SLAF tag gigamit sa paghimo og pipila ka variant calling aron makatabang sa pagdiskubre sa marker: SNP, InDel, SNV, CV calling ug annotation.
Pag-apod-apod sa mga tag sa SLAF sa mga chromosome:
Pag-apod-apod sa mga SNP sa mga chromosome:
Anotasyon sa SNP
Jiang S, Li S, Luo J, Wang X ug Shi C (2023) QTL mapping ug transcriptome analysis sa asukal nga sulod atol sa pagkahinog sa prutasPyrus pyrifolia.Atubangan. Siyensya sa Tanom.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C., & Sun, L. (2022). Ang pag-ila sa st1 nagpadayag sa usa ka pagpili nga naglambigit sa pag-hitchhiking sa morphology sa liso ug sulud sa lana atol sa pag-domestimate sa soybean.Dyornal sa Bioteknolohiya sa Tanom, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.ug uban pa.Pagkasunod-sunod sa genome ug pagkalainlain sa henetiko sa komon nga karpa,Cyprinus carpio.Nat Genet 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Zhuang, W., Chen, H., Yang, M.ug uban pa.Ang genome sa gitanom nga mani naghatag og panabut bahin sa mga karyotype sa legume, ebolusyon sa polyploid, ug pag-domesticate sa mga tanom.Nat Genet 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| Tuig | Dyornal | IF | Titulo | Mga Aplikasyon |
| 2022 | Komunikasyon sa kinaiyahan | 17.694 | Henomik nga basehan sa giga-chromosome ug giga-genome sa tree peony Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Bag-ong Phytologo | 7.433 | Ang mga tunob sa pag-domestication nag-angkla sa mga rehiyon sa genomic nga adunay importansya sa agronomic soybeans | SLAF-GWAS |
| 2022 | Dyornal sa Abansadong Panukiduki | 12.822 | Artipisyal nga introgresyon sa Gossypium barbadense ngadto sa G. hirsutum sa tibuok genome nagpadayag ug labaw nga loci para sa dungan nga pag-uswag sa kalidad ug ani sa cotton fiber mga kinaiya | SLAF-Ebolusyonaryong henetika |
| 2019 | Tanom nga Molekular | 10.81 | Ang Pag-analisar sa Genomic sa Populasyon ug ang De Novo Assembly nagpadayag sa gigikanan sa Weedy Rice isip usa ka Dula sa Ebolusyon | SLAF-Ebolusyonaryong henetika |
| 2019 | Henetika sa Kinaiyahan | 31.616 | Pagkasunod-sunod sa genome ug pagkalainlain sa henetiko sa komon nga karpa, Cyprinus carpio | Mapa sa SLAF-Linkage |
| 2014 | Henetika sa Kinaiyahan | 25.455 | Ang genome sa gitanom nga mani naghatag og panabut sa mga karyotype sa legume, polyploid ebolusyon ug pag-atiman sa mga tanom. | Mapa sa SLAF-Linkage |
| 2022 | Dyornal sa Bioteknolohiya sa Tanom | 9.803 | Ang pag-ila sa ST1 nagpadayag sa usa ka pagpili nga naglambigit sa pag-hitchhiking sa morpolohiya sa liso ug sulod sa lana atol sa pag-domestimate sa soybean | Pag-uswag sa SLAF-Marker |
| 2022 | Internasyonal nga Dyornal sa mga Siyensya sa Molekular | 6.208 | Pag-ila ug Pagpalambo sa DNA Marker para sa usa ka Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D) Pagpuli sa Disomic Chromosome | Pag-uswag sa SLAF-Marker |
| Tuig | Dyornal | IF | Titulo | Mga Aplikasyon |
| 2023 | Mga utlanan sa siyensya sa tanom | 6.735 | QTL mapping ug transcriptome analysis sa sulod sa asukal atol sa pagkahinog sa prutas sa Pyrus pyrifolia | Mapa sa Henetiko |
| 2022 | Dyornal sa Bioteknolohiya sa Tanom | 8.154 | Ang pag-ila sa ST1 nagpadayag sa usa ka pagpili nga naglambigit sa pag-hitchhiking sa morpolohiya sa liso ug sulud sa lana atol sa pag-domestimate sa soybean
| Pagtawag sa SNP |
| 2022 | Mga utlanan sa siyensya sa tanom | 6.623 | Pagmapa sa Tibuok Genome nga Asosasyon sa mga Hulless Barely Phenotype sa Kalikopan sa Hula.
| GWAS |
