-
Full-length mRNA sequencing-Nanopore
Ang pagsunud sa RNA usa ka hinungdanon nga himan alang sa komprehensibo nga pagtuki sa transcriptome.Sa walay duhaduha, ang tradisyonal nga mubo nga pagbasa nga pagkasunodsunod nakab-ot ang daghang hinungdanon nga pag-uswag dinhi.Bisan pa, kini kanunay nga makasugat og mga limitasyon sa bug-os nga gitas-on nga isoform identification, quantification, PCR bias.
Ang pagsunud sa nanopore nagpalahi sa kaugalingon gikan sa ubang mga platform sa pagsunud, tungod kay ang mga nucleotide direkta nga gibasa nga wala’y synthesis sa DNA ug nagpatunghag taas nga pagbasa sa napulo ka kilobases.Kini naghatag gahum sa direkta nga pagbasa sa pagtabok sa tibuuk nga mga transcript ug pag-atubang sa mga hagit sa mga pagtuon sa lebel sa isoform.
Plataporma:Nanopore PromethION
Library:cDNA-PCR
-
De novo Full-length Transcriptome sequencing -PacBio
De novofull-length transcriptome sequencing, nailhan usab ngaDe novoGikuha sa Iso-Seq ang mga bentaha sa PacBio sequencer sa gitas-on sa pagbasa, nga makapahimo sa pagsunud sa tibuuk nga mga molekula sa cDNA nga wala’y bisan unsang mga break.Kini hingpit nga naglikay sa bisan unsang mga sayup nga nahimo sa transcript assembly nga mga lakang ug nagtukod og mga unigene set nga adunay resolusyon nga lebel sa isoform.Kini nga unigene sets naghatag kusog nga genetic nga impormasyon isip "reference genome" sa transcriptome-level.Dugang pa, ang paghiusa sa sunod nga henerasyon nga sequencing data, kini nga serbisyo naghatag gahum sa usa ka tukma nga pag-ihap sa isoform-level nga ekspresyon.
Plataporma: PacBio Sequel IILibrary: SMRT bell library -
Eukaryotic mRNA sequencing-Illumina
Ang pagsunud sa mRNA makahimo sa pag-profile sa tanan nga mga mRNA nga na-transcript gikan sa mga selyula sa ilawom sa piho nga mga kondisyon.Kini usa ka gamhanan nga teknolohiya alang sa pagpadayag sa profile sa ekspresyon sa gene, mga istruktura sa gene ug mga mekanismo sa molekula sa pipila ka biolohikal nga proseso.Hangtod karon, ang pagsunud sa mRNA kaylap nga gigamit sa sukaranan nga panukiduki, mga diagnostic sa klinika, pag-uswag sa tambal, ug uban pa.
Plataporma: Illumina NovaSeq 6000
-
Non-Reference based mRNA sequencing-Illumina
Ang pagsunud sa mRNA nagsagop sa sunod nga henerasyon nga teknik sa pagsunud (NGS) aron makuha ang messenger nga RNA (mRNA) nga porma sa Eukaryote sa piho nga panahon nga gi-aktibo ang pipila nga mga espesyal nga gimbuhaton.Ang pinakataas nga transcript spliced gitawag nga 'Unigene' ug gigamit isip reference sequence para sa sunod nga pagtuki, nga usa ka epektibong paagi sa pagtuon sa molekular nga mekanismo ug regulatory network sa mga species nga walay reference.
Pagkahuman sa transcriptome data assembly ug unigene functional annotation
(1) SNP analysis, SSR analysis, CDS prediction ug gene structure maporma na.
(2) Pag-ihap sa unigene nga ekspresyon sa matag sample ipahigayon.
(3) Ang lahi nga gipahayag nga mga unigene tali sa mga sampol (o mga grupo) madiskobrehan base sa unigene nga ekspresyon
(4) Pag-clustering, functional annotation ug enrichment analysis sa differentially expressed unigenes ipahigayon
-
Taas nga non-coding sequencing-Illumina
Ang mga long non-coding RNAs (lncRNAs) maoy usa ka matang sa RNA molecules nga adunay gitas-on nga labaw sa 200 nt, nga gihulagway pinaagi sa hilabihan ka ubos nga coding potential.Ang LncRNA, isip usa ka importanteng miyembro sa non-coding RNAs, kasagarang makita sa nucleus ug plasma.Ang pag-uswag sa teknolohiya sa pagsunud-sunod ug bioinformtics makahimo sa pag-ila sa daghang mga bag-ong lncRNAs ug pag-asoy sa mga adunay biological nga gimbuhaton.Ang accumulative nga mga ebidensya nagsugyot nga ang lncRNA kaylap nga nalambigit sa epigenetic regulation, transcription regulation ug post-transcription regulation.
-
Gamay nga RNA sequencing-Illumina
Ang gamay nga RNA nagtumong sa usa ka klase sa non-coding nga mga molekula sa RNA nga kasagaran ubos sa 200nt ang gitas-on, lakip ang micro RNA (miRNA), gamay nga interference RNA (siRNA), ug piwi-interacting RNA (piRNA).
Ang MicroRNA (miRNA) usa ka klase sa endogenous nga gamay nga RNA nga adunay gitas-on nga mga 20-24nt, nga adunay lainlaing hinungdanon nga mga papel sa regulasyon sa mga selyula.Ang miRNA nalambigit sa daghang mga proseso sa kinabuhi nga nagpadayag sa tisyu - espesipiko ug entablado - espesipikong ekspresyon ug gitipigan pag-ayo sa lain-laing mga espisye.
-
circRNA sequencing-Illumina
Ang tibuok nga transcriptome sequencing gidesinyo sa pag-profile sa tanang matang sa RNA molecules, lakip ang coding (mRNA) ug non-coding RNAs (lakip ang lncRNA, circRNA ug miRNA) nga gi-transcribe sa piho nga mga cell sa usa ka panahon.Ang tibuok nga transcriptome sequencing, nailhan usab nga "total RNA sequencing" nagtumong sa pagpadayag sa komprehensibo nga regulatory network sa transcriptome level.Gipahimuslan ang teknolohiya sa NGS, ang mga han-ay sa tibuuk nga mga produkto sa transcriptome magamit alang sa pag-analisa sa ceRNA ug pag-analisar sa hiniusa nga RNA, nga naghatag una nga lakang padulong sa pag-andar nga kinaiya.Pagpadayag sa regulatory network sa circRNA-miRNA-mRNA base sa ceRNA.
-
Tibuok nga transcriptome sequencing - Illumina
Ang tibuok nga transcriptome sequencing gidesinyo sa pag-profile sa tanang matang sa RNA molecules, lakip ang coding (mRNA) ug non-coding RNAs (lakip ang lncRNA, circRNA ug miRNA) nga gi-transcribe sa piho nga mga cell sa usa ka panahon.Ang tibuok nga transcriptome sequencing, nailhan usab nga "total RNA sequencing" nagtumong sa pagpadayag sa komprehensibo nga regulatory network sa transcriptome level.Gipahimuslan ang teknolohiya sa NGS, ang mga han-ay sa tibuuk nga mga produkto sa transcriptome magamit alang sa pag-analisa sa ceRNA ug pag-analisar sa hiniusa nga RNA, nga naghatag una nga lakang padulong sa pag-andar nga kinaiya.Pagpadayag sa regulatory network sa circRNA-miRNA-mRNA base sa ceRNA.
-
Prokaryotic RNA sequencing
Ang prokaryotic RNA sequencing naggamit sa sunod nga henerasyon nga sequencing (NGS) aron ipadayag ang presensya ug gidaghanon sa RNA sa gihatag nga higayon, pinaagi sa pag-analisar sa nagbag-o nga cellular transcriptome.Ang prokaryotic RNA sequencing sa among kompanya, espesipikong gitumong sa mga prokaryote nga adunay mga reference genome, nga naghatag kanimo sa transcriptome profiling, pag-analisa sa istruktura sa gene, ug uban pa. Kini kaylap nga gipadapat sa sukaranan nga panukiduki sa siyensya, panukiduki ug pag-uswag sa droga, ug uban pa.
Plataporma: Illumina NovaSeq 6000
-
Metatranscriptome Sequencing
Ang metatranscriptome sequencing nagpaila sa gene expression sa microbes (parehong eukaryotes ug prokaryotes) sulod sa natural nga palibot (ie yuta, tubig, dagat, feces, ug gut.) Sa partikular, kini nga mga serbisyo nagtugot kanimo sa pagkuha sa tibuok gene expression profiling sa komplikadong microbial nga mga komunidad, taxonomic analysis sa mga espisye, functional enrichment analysis sa lahi nga gipahayag nga mga gene, ug uban pa.
Plataporma: Illumina NovaSeq 6000
