● Doble nga librarya aron masunod-sunod ang kompleto nga transcriptome: rRNA depletion gisundan sa PE150 nga pag-andam sa librarya ug pagpili sa gidak-on nga gisundan sa SE50 nga pag-andam sa librarya
● Kompleto nga pagtuki sa bioinformatics sa mRNA, lncRNA, circRNA, ug miRNA sa separadong mga taho sa bioinformatics
● Ang hiniusang pagtuki sa tanang ekspresyon sa RNA sa usa ka hiniusa nga taho, lakip ang pagtuki sa mga network sa ceRNA.
●Sa lawom nga Pagtuki sa Regulatory Networks: Ang pag-analisa sa ceRNA network gipalihok pinaagi sa hiniusang pagkasunodsunod sa mRNA, lncRNA, circRNA, ug miRNA ug pinaagi sa usa ka kompleto nga bioinformatic workflow.
●Komprehensibo nga Anotasyon: Gigamit namo ang daghang mga database aron ma-annotate ang mga Differentially Expressed Genes (DEGs) ug ipahigayon ang katugbang nga pag-analisa sa pagpalambo, paghatag og mga pagsabot sa mga proseso sa cellular ug molekular nga nagpahipi sa transcriptome nga tubag.
●Lapad nga Eksperto: Uban sa usa ka track record sa malampuson nga pagsira sa kapin sa 2100 ka tibuok transcriptome nga mga proyekto sa lain-laing research domain, ang among team nagdala og daghang kasinatian sa matag proyekto.
●Hugot nga Pagkontrol sa Kalidad: Gipatuman namo ang kinauyokan nga mga punto sa pagkontrol sa tanang yugto, gikan sa pag-andam sa sample ug library ngadto sa pagkasunodsunod ug bioinformatics. Kini nga makuti nga pag-monitor nagsiguro sa paghatud sa kanunay nga taas nga kalidad nga mga sangputanan.
●Suporta sa Post-Sales: Ang among pasalig molapas pa sa pagkompleto sa proyekto nga adunay 3 ka bulan nga human sa pagbaligya nga panahon sa serbisyo. Niini nga panahon, nagtanyag kami nga pag-follow-up sa proyekto, tabang sa pag-troubleshoot, ug mga sesyon sa Q&A aron matubag ang bisan unsang mga pangutana nga may kalabotan sa mga resulta.
Library | Estratehiya sa pagkasunodsunod | Girekomenda ang datos | Pagkontrol sa Kalidad |
nahurot ang rRNA | Illumina PE150 | 16 Gb | Q30≥85% |
Gipili ang gidak-on | Illumina SE50 | 10-20M nga pagbasa |
Nucleotides:
Conc.(ng/μl) | Gidaghanon (μg) | Kaputli | Integridad |
≥ 80 | ≥ 1.6 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Limitado o walay kontaminasyon sa protina o DNA nga gipakita sa gel. | RIN≥6.0 5.0≥28S/18S≥1.0; limitado o walay baseline elevation |
Kontainer: 2 ml centrifuge tube (Tin foil dili girekomendar)
Sample nga pag-label: Grupo+kopya eg A1, A2, A3; B1, B2, B3.
pagpadala:
1. Dry-ice: Ang mga sample kinahanglang ibutang sa mga bag ug ilubong sa dry-ice.
2. RNAstable nga mga tubo: Ang mga sample sa RNA mahimong mamala sa RNA stabilization tube (eg RNAstable®) ug ipadala sa temperatura sa lawak.
Bioinformatics
Overview sa ekspresyon sa RNA
Differentially Expressed nga mga gene
pagtuki sa ceRNA
Nagkalainlain nga gipahayag nga mga miRNA ug may kalabutan nga mga RNA
Susihon ang mga pag-uswag sa panukiduki nga gipadali sa tibuok transcriptome sequencing nga mga serbisyo sa BMKGene pinaagi sa usa ka curated nga koleksyon sa mga publikasyon.
Dai, Y. ug uban pa. (2022) 'Komprehensibo nga mga profile sa ekspresyon sa mRNAs, lncRNAs ug miRNAs sa sakit nga Kashin-Beck nga giila sa RNA-sequencing', Molecular Omics, 18(2), pp. 154-166. doi: 10.1039/D1MO00370D.
Liu, N. nan ug uban pa. (2022) 'Full length transcriptomes analysis of cold-resistance of Apis cerana in Changbai Mountain during overwintering period.', Gene, 830, pp. 146503–146503. doi: 10.1016/J.GENE.2022.146503.
Wang, XJ ug uban pa. (2022) 'Multi-Omics Integration-Based Prioritization sa Cometing Endogenous RNA Regulation Networks sa Small Cell Lung Cancer: Molecular Characteristics ug Drug Candidates', Frontiers sa Oncology, 12, p. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xu, P. ug uban pa. (2022) 'Integrated analysis sa lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA expression profiles nagpadayag sa mga nobela nga panabut sa potensyal nga mga mekanismo isip tubag sa root-knot nematodes sa mani', BMC Genomics, 23(1), pp. 1–12. doi: 10.1186/S12864-022-08470-3/FIGURES/7.
Yan, Z. ug uban pa. (2022) 'Ang whole-transcriptome RNA sequencing nagpasiugda sa mga mekanismo sa molekula nga nalangkit sa pagmentinar sa kalidad sa postharvest sa broccoli pinaagi sa red LED irradiation', Postharvest Biology and Technology, 188, p. 111878. doi: 10.1016/J.POSTHARVBIO.2022.111878.