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I prudutti

Sequencing DNA/RNA -PacBio Sequencer

A piattaforma di sequenza PacBio hè una piattaforma di sequenza di lettura longa, chì hè ancu cunnisciuta cum'è una di e tecnulugia di sequenza di a terza generazione (TGS).A tecnulugia di core, una sola molecula in tempu reale (SMRT), permette a generazione di letture cù decine di chilò-base in lunghezza.In basa di "Sequencing-by-Synthesis", a risoluzione di un nucleotide unicu hè ottenuta da una guida d'onda in modalità Zero (ZMW), induve solu un voluminu limitatu in u fondu (situ di sintesi di molecule), hè illuminatu.Inoltre, a sequenza SMRT evita largamente u preghjudiziu specificu di a sequenza in u sistema NGS, perchè a maiò parte di i passi di amplificazione PCR ùn sò micca richiesti in u prucessu di custruzzione di biblioteca.

 

Piattaforma: Sequel II, Revio


Dettagli di serviziu

Risultati Demo

Features

Dui modi di sequenza nantu à u sequencer PacBio: Continuous Long Read (CLR) è Circular Consensus Read (CCS)

Modu di sequenza Dimensione di a biblioteca Dati teorichiRendimentu (per cellula) Basa unicaAccuratezza Applicazioni
CLR 20Kb, 30Kb, etc. 80 Gb à 130 Gb Circa.85% De novo, SV calling, etc.
CCS 15-20 Kb

14 à 40 Gb/cellule (Sequel II)

70 à 110 Gb/cellule (Revio)

Dipende da i campioni

Circa.99% De novo, SNP/Indel/SV calling, Iso-Seq,

Comparazione di e prestazioni è e caratteristiche di Revio è Sequel II

Termini

Sistema Sequel II

sistema Revio

Aumentà

Densità più altu

8 milioni di ZMW

25 milioni di ZMW

3x

Tappe indipendenti

1

4

4x

Tempi di corsa più brevi

30 ore

24 ore

1,25x

30X HiFi genomi umani / annu

88

1.300

15x in generale

Vantaghji di serviziu

● Più di 8 anni di sperienza nantu à a piattaforma di sequenza PacBio cù millaie di prughjetti chjusi cù diverse spezie.

● Completamente equipatu cù l'ultime piattaforme PacBio Sequencing, Revio per guarantisce un throughput di sequenza sufficiente.

● Faster turn-around time, più altu rendiment di dati è dati più precisa.

● Cuntribuitu in centinaie di publicazioni basati in PacBio d'impattu.

Requisiti di mostra


Tipu di mostra A quantità Cuncentrazione (Qubit®) Volume Purità Altri
DNA genomicu Dipende da u requisitu di dati ≥50 ng/μl ≥ 15 μl OD260/280 = 1,7-2,2;
OD260/230 = 1.8-2.5;
Piccu chjaru à 260 nm,senza contaminazioni
A cuncentrazione deve esse misurata da Qubit è Qubit/Nanopore = 0,8-2,5
RNA totale ≥ 1,2 μg ≥120 ng/μl ≥ 15 μl OD260/280 = 1,7-2,5;
OD260/230 = 0,5-2,5;senza contaminazioni

Valeur RIN ≥7,5

5≥28S/18S≥1

 

U flussu di travagliu di serviziu

preparazione di mostra

Preparazione di mostra

Preparazione di a biblioteca

Custruzzione di biblioteca

Sequencing

Sequencing

Analisi di dati

Analisi di dati

Esempiu QC

Cunsigliu di prughjettu


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  • 1.In-house Rendimentu Dati

    Dati generati da 63 cellule CCS (da 26 spezie)

    DATA-PacBio-CCS-15 Kb Media Max Min Mediana
    Rendimentu - subreads (Gb) 421.12 544,27 221.38 426,58
    Renditu - CCS (Gb) 25.93 38.59 10.86 25.43
    polimerasi N50 145.651 175.430 118.118 144.689
    Subreads N50 17.509 23.924 12 485 17.584
    CCS N50 14.490 19.034 9.876 14.747
    Lunghezza media - Polymerase 67.995 89.379 49.664 66.433
    Lunghezza media-Subbreads 15.866 21.036 11.657 16.012
    Lunghezza media - CCS 14.489 19.074 8.575 14.655

    Dati generati da 16 cellule CLR (da 76 spezie)

    DATA-PacBio-CLR-30Kb Media Max Min Mediana
    Rendimentu - subreads (Gb) 142.20 291,40 50,55 142,49
    polimerasi N50 39.456 121.191 15.389 35.231
    Subreads N50 28.490 41.012 14.430 29.063
    Lunghezza media - Polymerase 22.063 48.886 8.747 21 555
    Lunghezza media-Subbreads 17.720 27.225 8.293 17.779

    2.Data QC - DemoStatistiche nantu à u rendiment di dati

    Campione

    ccs Letture Num

    Basi totali di ccs (bp)

    ccs leghje N50 (bp)

    ccs Lunghezza media (bp)

    ccs Lettura più lunga (bp)

    sottolegge basi (bp)

    ccs rate (%)

    PB_BMKxxx

    3.444.159

    54.164.122.586

    15.728

    15.726

    36.110

    863.326.330.465

    6.27

     

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