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Sequencing Genome De novo di pianta / animale
De novosequencing si riferisce à a custruzzione di u genoma tutale di una spezia utilizendu tecnulugia di sequenza, per esempiu PacBio, Nanopore, NGS, etc., in assenza di un genoma di riferimentu.A migliione notevuli in a lunghezza di lettura di e tecnulugia di sequenza di a terza generazione hà purtatu novi opportunità in l'assemblea di genomi cumplessi, cum'è quelli cù alta eterozigosità, altu ratio di regioni ripetitive, poliploidi, ecc. risoluzione di elementi ripetitivi, regioni cù cuntenutu anormali di GC è altre regioni altamente cumplesse.
Piattaforma: PacBio Sequel II /Nanopore PromethION P48/Illumina NovaSeq6000
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Assemblea Genome basatu in Hi-C
Hi-C hè un metudu cuncepitu per catturà a cunfigurazione cromusomica cumminendu interazzione basata in a prussimità è a sequenza di alta produzzione.L'intensità di sti interazzione hè crede esse correlata negativamente cù a distanza fisica nantu à i cromusomi.Dunque, i dati Hi-C puderanu guidà l'aggregazione, l'urdinamentu è l'orientazione di sequenze assemblate in un genoma di bozza è ancorandu quelli nantu à un certu numaru di cromusomi.Sta tecnulugia permette un assemblea di genoma à livellu di cromusomu in assenza di mappa genetica basata in a pupulazione.Ogni genoma hà bisognu di un Hi-C.
Piattaforma: Illumina NovaSeq6000 / DNBSEQ
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Genetica Evolutiva
A genetica evolutiva hè un serviziu di sequenza impaccata cuncepitu per furnisce una interpretazione cumpleta di l'infurmazioni evolutive di materiali dati basati nantu à variazioni genetiche, cumprese SNP, InDels, SV è CNV.Hè furnisce tutte l'analisi fundamentale necessarie per a discrizzione di i cambiamenti evoluzione è e caratteristiche genetiche di e pupulazioni, cum'è a struttura di a pupulazione, a diversità genetica, i rilazioni di filugenia, etc. Contene ancu studii nantu à u flussu di geni, chì empowers stima di a dimensione di a pupulazione efficace, u tempu di divergenza.
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Genomica Comparativa
Genomica comparativa significa literalmente paragunà e sequenze di genoma cumpletu è strutture di e diverse spezie.Sta disciplina hà per scopu di revelà l'evoluzione di e spezie, a funzione di u genu, u meccanismo di regulazione di u genu à u livellu di u genoma identificendu e strutture di sequenza è elementi chì anu cunservatu o differenziatu trà e diverse spezie.U studiu tipicu di genomica comparativa include analisi in famiglia di geni, sviluppu evolutivu, duplicazione di genoma sanu, pressione selettiva, etc.
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Analisi Segregant Bulked
L'analisi segregante bulked (BSA) hè una tecnica impiegata per identificà rapidamente i marcatori genetichi associati di fenotipu.U flussu di travagliu principale di BSA cuntene a selezzione di dui gruppi di individui cù fenotipi estremamente opposti, unendu l'ADN di tutti l'individui per furmà dui grossi di DNA, identificendu sequenze differenziali trà duie piscine.Sta tecnica hè stata largamente impiegata in l'identificazione di marcatori genetichi fortemente assuciati da geni mirati in genomi vegetali / animali.
