Interazione di cromatina basata nantu à Hi-C
Funzioni di serviziu
● Sequenziamentu nant'à Illumina NovaSeq cù PE150.
● U serviziu richiede campioni di tessuti, invece di acidi nucleichi estratti, per reticulà cù a formaldeide è cunservà l'interazioni DNA-proteina.
● L'esperimentu Hi-C implica a restrizione è a riparazione di l'estremità appiccicose cù biotina, seguita da a circularizazione di l'estremità smussate risultanti cunservendu l'interazioni. U DNA hè tandu tiratu in ghjò cù perle di streptavidina è purificatu per a successiva preparazione di a biblioteca.
Vantaghji di u serviziu
●Cuncepimentu di l'enzimi di restrizione ottimali: per assicurà una alta efficienza Hi-C nantu à diverse spezie cù finu à u 93% di coppie d'interazione valide.
●Ampia cumpetenza è registri di publicazione:BMKGene hà una vasta sperienza cù più di 2000 prughjetti di sequenziamentu Hi-C da 800 spezie diverse è vari brevetti. Più di 100 casi publicati cù un fattore d'impattu accumulativu di più di 900.
●Squadra di bioinformatica altamente qualificata:cù brevetti interni è diritti d'autore di software per esperimenti Hi-C è analisi di dati è un software di visualizazione di dati sviluppatu da ellu stessu.
●Assistenza post-vendita:U nostru impegnu si stende oltre u cumpletamentu di u prugettu cù un periodu di serviziu post-vendita di 3 mesi. Durante questu tempu, offremu seguitu di u prugettu, assistenza per a risoluzione di i prublemi è sessioni di dumande è risposte per risponde à qualsiasi dumanda riguardu à i risultati.
●Annotazione cumpleta: usemu parechje basi di dati per annotà funziunalmente i geni cù variazioni identificate è realizà l'analisi d'arricchimentu currispundente, furnendu insights nantu à parechji prughjetti di ricerca.
Specifiche di serviziu
| Biblioteca | Strategia di Sequenziamentu | Output di dati cunsigliatu | Risoluzione di u signale Hi-C |
| Biblioteca Hi-C | Illumina PE150 | Ciclu di cromatina: 150x TAD: 50x | Ciclu di cromatina: 10Kb TAD: 40Kb |
Requisiti di serviziu
| Tipu di campione | Quantità necessaria |
| Tessutu animale | ≥2g |
| Sangue Interu | ≥2mL |
| Funghi | ≥1g |
| Pianta - tissutu ghjovanu | 1 g/aliquota, 2-4 aliquote cunsigliate |
| Cellule cultivate | ≥1x107 |
Include l'analisi seguente:
● QC di dati grezzi;
● Mappatura è QC di libreria Hi-C: coppie d'interazione valide è Esponenti di Decadimentu d'Interazione (IDE);
● Prufilatura d'interazzione à livellu di genomu: analisi cis/trans è mappa d'interazzione Hi-C;
● Analisi di a distribuzione di i compartimenti A/B;
● Identificazione di TAD è di cicli di cromatina;
● Analisi differenziale di l'elementi di a struttura di a cromatina 3D trà i campioni è annotazione funzionale currispundente di i geni assuciati.
Distribuzione di proporzioni cis è trans
Mappa di calore di l'interazioni cromosomiche trà i campioni
Distribuzione à livellu di u genomu di i compartimenti A/B
Distribuzione à livellu di u genomu di i loop di cromatina
Visualizazione di i TAD
Esplora i progressi di a ricerca facilitati da i servizii di sequenziamentu Hi-C di BMKGene attraversu una cullezzione curata di publicazioni.
Meng, T. et al. (2021) 'Un'analisi multi-omica integrata cumparativa identifica CA2 cum'è un novu bersagliu per u cordoma',Neuro-Oncologia, 23 (10), pp 1709-1722. doi: 10.1093/NEUONC/NOAB156.
Xu, L. et al. (2021) "A disurganizazione 3D è u riarrangiamentu di u genomu furniscenu infurmazioni nantu à a patogenesi di NAFLD per mezu di u sequenziamentu integratu di Hi-C, Nanopore è RNA",Acta Pharmaceutica Sinica B, 11 (10), pp. 3150-3164. doi: 10.1016/J.APSB.2021.03.022.
