mRNA-seq (NGS) – De novo

U sequenziamentu di l'ARNm permette a prufilatura di tutti i trascritti di l'ARNm in e cellule in cundizioni specifiche è hè una tecnulugia largamente aduprata in diverse aree di ricerca. A pipeline BMKCloud De novo mRNA-seq hè cuncipita per analizà e biblioteche di sequenziamentu arricchite di poli-A quandu ùn hè dispunibule alcun genomu di riferimentu. A pipeline principia cù u cuntrollu di qualità, seguitatu dadi novuassemblaggio di trascrizioni è selezzione di insemi unigeni. L'analisi di a struttura unigena prevede a sequenza codificante (CDS) è e ripetizioni di sequenza semplici (SSR). In seguitu, l'analisi di l'espressione differenziale trova geni espressi in modu differenziale (DEG) trà e cundizioni testate, seguita da l'annotazione funzionale è l'arricchimentu di DEG per estrarre informazioni biologiche.