Trascrittoma à lunghezza cumpleta di Nanopori

U sequenziamentu di u trascrittoma di Nanopore hè un metudu putente per u sequenziamentu di cDNA à lunghezza cumpleta, identificendu è quantificendu accuratamente l'isoformi di trascrizione. A pipeline di trascrittoma à lunghezza cumpleta BMKCloud Nanopore hè cuncipita per analizà i dati RNA-Seq generati nantu à a piattaforma Nanopore contr'à un genomu di riferimentu ben annotatu di alta qualità, furnendu analisi qualitative è quantitative sia à u livellu di u gene sia di u trascrittu. Dopu u cuntrollu di qualità, si ottenenu sequenze non chimeriche (FLNC) à lunghezza cumpleta è e sequenze di consensu sò mappate à u genomu di riferimentu per rimuovere i trascritti ridondanti. Da questu inseme di trascritti, l'espressione hè quantificata è i geni è i trascritti espressi in modu differenziale sò identificati è annotati funziunalmente. A pipeline include ancu l'analisi di poliadenilazione alternativa (APA), l'analisi di splicing alternativu, l'analisi di ripetizione di sequenza simplice (SSR), a previsione di lncRNA è di i bersagli currispondenti, a previsione di sequenze codificanti (CDS), l'analisi di a famiglia di geni, l'analisi di i fattori di trascrizione, a previsione di novi geni è l'annotazione funzionale di i trascritti.