EVOLUZIONE GENOME
Genoma De novo
Assembly|Determinazione di u sessu L'opera di sequenza sana è i servizii bioinformatici parziali sò stati furniti da Biomarker Techonologies.
Astrattu
"U fenotipu icònicu di i dragoni marini include appendici di foglie, una bocca tubulare senza denti, è gravidenza maschile chì implica l'incubazione di ova fecundati nantu à un "patch di covata" apertu.Nous avons séquencé de novo des génomes masculins et féminins du dragon de mer commun (Phyllopteryx taeniolatus) et de ses espèces étroitement apparentées, le poisson pipe alligator (Syngnathoides biaculeatus).I profili di trascrizzione da una novità evolutiva, l'appendici di foglia, mostranu chì un inseme di geni tipicamente implicati in u sviluppu di l'aletta sò stati cooptati è ancu un arricchimentu di trascrizioni per a riparazione di i tessuti potenziali è i geni di difesa immune.I mutanti di zebrafish per scpp5, chì hè persu in tutti i syngnatidi, sò stati trovati chì mancanu o anu deformati denti faringeali, sustene l'ipotesi chì a perdita di scpp5 hà cuntribuitu à a perdita di i denti in i syngnatidi.Hè statu identificatu un locus putativu determinante di u sessu chì codifica un genu amhr2y specificu di u maschile spartutu da u drago marinu cumuni è l'alligatore. "
Materiali è metudi:
Materiali
Fu nostru dragu marinu cumuni (P. taeniolatus) et deux poissons pipes alligator (S. biaculeatus) esemplari.Dui individui di seadragon cumuni (un maschile è una femina) è dui pipi di alligator (un maschile è una femina) sò stati utilizati per a sequenza di u genoma sanu, è dui altri individui di seadragon cumuni maschili sò stati utilizati per a resequenza di u genoma.
Strategia di Sequencing Genome
270/350 bp library (Hiseq 2500) + Pacbio 20Kb (Sequel) o Nanopore 30 Kb (MinION) + Hi-C (NovaSeq 6000).sequencing, è dui altri individui di seadragon cumuni maschili sò stati usati per resequencing genome.
Sequenza di trascrittomi
Fo seadragon cumuni, cervu, ochju, gill, fegato, cori, reni, mesentery, intestinu, musculu, pinna, pelle, appendages foglia-like, testis, è ovariu sò stati cullati.
Strategia di assemblea di genoma de novo
Canu (Correction) + WTDBG2 (Assembly) + Pilon (Polish) + Lachesis (Hi-C).
Principali risultati
Fig. 1. Funzioni chjave di u seadragon cumuni (P. taeniolatus) è di l'alligator pipefish (S. biaculeatus) è e so pusizioni filogenetiche.
Fig 2. Morfologia è cumpunimentu geneticu di l'appendici di foglia in u seadragon cumuni (P. taeniolatus).
Fig 3. Putative gene di determinazione di u sessu in u seadragon cumuni (P. taeniolatus) è l'alligator pipefish (S. biaculeatus).
Fig 4. Fenotipi di denti faringeali in zebrafish scpp5 mutanti homozygous.
Tempu di Postu: 08-Jan-2022