Soluzione di mRNA à lunghezza piena PacBio 2+3
Funziunalità
● Cuncepimentu di u studiu:
Campione raggruppatu sequenziatu cù PacBio per identificà l'isoforme di trascrizione
Campioni separati (repliche è cundizioni da testà) sequenziati cùNGS per quantificà l'espressione di i trascritti
● Sequenziamentu PacBio in modu CCS, generendu letture HiFi
● Sequenziamentu di e trascrizioni cumplete
● L'analisi ùn richiede micca un genomu di riferimentu; tuttavia, pò esse aduprata
● L'analisi bioinformatica include micca solu l'espressione à livellu di geni è isoforme, ma ancu l'analisi di lncRNA, fusioni di geni, poliadenilazione è struttura di geni.
Vantaghji
● Alta precisioneLetture HiFi cù una precisione >99,9% (Q30), paragunabile à NGS
● Analisi di Splicing AlternativuU sequenziamentu di tutti i trascritti permette l'identificazione è a caratterizazione di l'isoforme.
● Cumbinazione di i punti di forza di PacBio è NGSPermette a quantificazione di l'espressione à u livellu di l'isoforma, rivelendu cambiamenti chì ponu esse mascherati quandu si analizza l'espressione genica sana.
● Vasta cumpetenzaAvemu trattatu più di 2300 campioni, a nostra squadra porta una ricca sperienza à ogni prughjettu.
● Assistenza post-venditaU nostru impegnu si stende oltre u cumpletamentu di u prugettu cù un periodu di serviziu post-vendita di 3 mesi. Durante questu tempu, offremu seguitu di u prugettu, assistenza per a risoluzione di i prublemi è sessioni di dumande è risposte per risponde à qualsiasi dumanda riguardu à i risultati.
Requisiti di Campione è Cunsegna
| Biblioteca | Strategia di sequenziamentu | Dati cunsigliati | Cuntrollu di qualità |
| Libreria CCS di mRNA arricchita cù PolyA | PacBio Sequel II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| Arricchitu cù Poly A | Illumina PE150 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Nucleotidi
|
| Cunc. (ng/μl) | Quantità (μg) | Purezza | Integrità |
| Biblioteca Illumina | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Cuntaminazione limitata o assente di proteine o DNA mostrata nantu à u gel. | Per e piante: RIN≥4.0; Per l'animali: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; elevazione di basa limitata o inesistente |
| Biblioteca PacBio | ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Cuntaminazione limitata o assente di proteine o DNA mostrata nantu à u gel. | Piante: RIN≥7.5 Animali: RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; elevazione di basa limitata o inesistente |
Cunsegna di Campioni Raccomandata
Contenitore: Tubu di centrifuga di 2 ml (Ùn hè micca cunsigliatu l'usu di foglia d'aluminiu)
Etichettatura di mostra: Raggruppamentu + replicazione per esempiu A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Spedizioni:
1. Ghiacciu seccu:I campioni devenu esse imballati in sacchetti è intarrati in ghiaccio secco.
2. Tubi RNAstabili: I campioni di RNA ponu esse secchi in un tubu di stabilizazione di l'RNA (per esempiu, RNAstable®) è spediti à temperatura ambiente.
Include l'analisi seguente:
- Dati grezzi
- cuntrollu di qualità
- Analisi di Poliadenilazione Alternativa (APA)
- Analisi di trascrizione di fusione
- Analisi di Splicing Alternativu
- Analisi di Benchmarking di Orthologhi Universali à Copia Singola (BUSCO)
- Nuova analisi di trascrizioni: predizione di sequenze codificanti (CDS) è annotazione funzionale
- Analisi di lncRNA: predizione di lncRNA è di bersagli
- Identificazione di Microsatelliti (SSR)
- Analisi di Trascrizioni Espresse Differenzialmente (DET)
- Analisi di Geni Espressi Differenzialmente (DEG)
- Annotazione funzionale di DEG è DET
Analisi BUSCO
Analisi di Splicing Alternativu
Analisi di Poliadenilazione Alternativa (APA)
Geni Espressi Differenzialmente (DEG) è Trascritti (Analisi DETs9)
Reti d'interazione proteina-proteina di DET è DEG
Esplora i progressi facilitati da u sequenziamentu di l'ARNm à lunghezza cumpleta PacBio 2+3 di BMKGene attraversu una cullezzione curata di publicazioni.
Chao, Q. et al. (2019) 'A dinamica di sviluppu di u trascrittoma di u gambu Populus',Rivista di Biotecnologia Vegetale, 17(1), pp. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) 'Cambiamenti dinamici in u cuntenutu di l'acidu ascorbicu durante u sviluppu è a maturazione di i frutti di Actinidia latifolia (una cultura di frutti ricca di ascorbatu) è i meccanismi moleculari assuciati',Rivista Internaziunale di Scienze Moleculari, 23 (10), p. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) 'Previsione efficace di i geni di a via biosintetica implicati in e polifilline bioattive in i polifilli di Parigi',Biologia di a Cumunicazione2022 5:1, 5(1), pp. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) 'Analisi cumminata di PacBio Iso-Seq è Illumina RNA-Seq di i geni di u trascrittoma di Tuta absoluta (Meyrick) è di u citocromu P450',Insetti, 14(4), p. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) 'Un studiu di a cumplessità di u trascrittoma utilizendu l'analisi in tempu reale di una sola molecula di PacBio cumminata cù u sequenziamentu di l'ARN Illumina per una megliu comprensione di a biosintesi di l'acidu ricinoleicu in Ricinus communis',BMC Genomics, 20(1), pp. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
