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Sequenza di RNA à un nucleu
L'avanzata in a cattura di una sola cellula è a tecnica di custruzzione di biblioteche individuali cumminata cù a sequenza d'alta produzzione permette studii d'espressione genica in basa di cellula per cellula.Permette un analisi di sistema più profonda è cumpleta nantu à e populazioni di cellule cumplesse, in u quale evita largamente a maschera di a so eterogeneità pigliendu una media di tutte e cellule.
Tuttavia, alcune cellule ùn sò micca adattate per esse fatte in una sospensione di una sola cellula, cusì altri metudi di preparazione di mostra - l'estrazione di u nucleu da i tessuti sò necessarii, vale à dì, u nucleu hè direttamente estratto da i tessuti o di a cellula è preparatu in una sospensione di un unicu nucleu per un unicu nucleu. sequenza cellulare.
BMK furnisce 10 × Genomics Chromium TM basatu à un serviziu di sequencing RNA unicellulare.Stu serviziu hè statu largamente utilizatu in studii nantu à studii in relazione à e malatie, cum'è a differenziazione di e cellule immune, l'eterogeneità di tumore, u sviluppu di tissuti, etc.
Chip di transcriptome spaziale: 10 × Genomica
Piattaforma: piattaforma Illumina NovaSeq
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Sequenza di genoma interu vegetale / animali
A re-sequenza di u genoma tutale, cunnisciuta ancu cum'è WGS, permette a rivelazione di mutazioni cumuni è rari in tuttu u genoma, cumpresu u polimorfismu di nucleotidi unicu (SNP), l'eliminazione di inserzione (InDel), a variazione di struttura (SV) è a variazione di u numeru di copia (CNV). ).I SV custituiscenu una parte più grande di a basa di variazione cà SNP è anu un impattu maiò in u genoma, chì hà un effettu significativu nantu à l'organi viventi.A resequenza di lettura longa permette una identificazione più precisa di frammenti grandi è variazioni complicate perchè e letture longu facenu assai più faciule l'attraversu cromosomicu nantu à e regioni complicate cum'è ripetizioni in tandem, regioni ricche di GC / AT è regioni ipervariabili.
Piattaforma: Illumina, PacBio, Nanopore
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BMKMANU S1000 Spatial Transcriptome
A trascriptomica spaziale si trova à l'avanguardia di l'innuvazione scientifica, chì permette à i ricercatori di sfondà in mudelli intricati di espressione genica in i tessuti, preservando u so cuntestu spaziale.Tra varie piattaforme, BMKGene hà sviluppatu u BMKManu S1000 Spatial Transcriptome Chip, chì vanta unrisoluzione aumentatadi 5 µM, righjunghjendu a gamma subcellulare, è attivazioneparàmetri di risoluzione multi-livellu.U chip S1000, cun circa 2 milioni di spots, impiega micropozzetti stratificati cù perle caricate cù sonde di cattura spaziali cù codice a barre.Una biblioteca di cDNA, arricchita cù codici à barre spaziali, hè preparata da u chip S1000 è dopu sequenziata nantu à a piattaforma Illumina NovaSeq.A cumminazzioni di campioni di codice à barre spaziale è UMI assicura l'accuratezza è a specificità di e dati generati.L'attributu unicu di u chip BMKManu S1000 si trova in a so versatilità, chì offre paràmetri di risoluzione multi-livellu chì ponu esse sintonizzati finamente à diversi tessuti è livelli di dettagliu.Questa adattabilità pone u chip cum'è una scelta eccezziunale per diversi studii di trascriptomica spaziale, assicurendu un clustering spaziale precisu cù u minimu rumore.
Aduprendu u chip BMKManu S1000 è altre tecnulugii di trascriptomica spaziale, i circadori ponu capisce megliu l'urganizazione spaziale di e cellule è l'interazzioni moleculari cumplessi chì si verificanu in i tessuti, fornendu insights inestimabili nantu à i meccanismi sottumessi à i prucessi biologichi in una larga gamma di campi, cumprese oncologia, neuroscienza, biologia di u sviluppu, immunologia è studii botanici.
Piattaforma: chip BMKManu S1000 e Illumina NovaSeq
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10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
A trascriptomica spaziale hè una tecnulugia d'avanguardia chì permette à i circadori di investigà i mudelli di espressione genica in i tessuti mentre priservendu u so cuntestu spaziale.Una piattaforma putente in questu duminiu hè 10x Genomics Visium accumpagnatu da a sequenza Illumina.U principiu di 10X Visium si trova nantu à un chip specializatu cù una zona di cattura designata induve e sezioni di tissuti sò posti.Questa zona di cattura cuntene spots di codice à barre, ognunu currisponde à un locu spaziale unicu in u tissutu.E molécule di RNA catturate da u tissutu sò allora marcate cù identificatori moleculari unichi (UMI) durante u prucessu di trascrizione inversa.Questi spots di codice à barre è UMI permettenu una cartografica spaziale precisa è a quantificazione di l'espressione genica à una risoluzione unicellulare.A cumminazzioni di campioni di codice à barre spaziale è UMI assicura l'accuratezza è a specificità di e dati generati.Utilizendu sta tecnulugia di Transcriptomica Spaziale, i circadori ponu acquistà una cunniscenza più profonda di l'urganizazione spaziale di e cellule è di l'interazzioni molecolari cumplessi chì si verificanu in i tessuti, offrendu insights inestimabili nantu à i meccanismi sottumessi à i prucessi biologichi in parechji campi, cumprese l'oncologia, a neuroscienza, a biologia di u sviluppu, l'immunologia. , è studii botanici.
Piattaforma: 10X Genomics Visium è Illumina NovaSeq
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Sequenza di mRNA di lunghezza completa-Nanopore
Mentre a sequenza di mRNA basata in NGS serve cum'è un strumentu versatile per a quantificazione di l'espressione genica, a so dipendenza da letture brevi limita a so efficacità in l'analisi transcriptomica cumplessa.Nanopore sequencing, invece, impiega a tecnulugia di lettura longa, chì permette a sequenza di trascrizioni di mRNA full-length.Stu approcciu facilita una esplorazione cumpleta di splicing alternativu, fusioni di geni, poliadenilazione, è a quantificazione di isoforme di mRNA.
A sequenza di nanopori s'appoghja nantu à i segnali elettrici in tempu reale di nanopori una sola molécula.Guidatu da e proteini di u mutore, l'ADN à doppia filamentu si lega à e proteine nanopore incrustate in un biofilm, si stende mentre passa per u canali nanopori sottu una differenza di tensione.I signali elettrici distintivi generati da diverse basi nantu à u filu di DNA sò rilevati è classificati in tempu reale, facilitendu una sequenza di nucleotidi precisa è cuntinuu.Stu approcciu innovativu supera i limitazioni di lettura corta è furnisce una piattaforma dinamica per l'analisi genomica intricata, include studii transcriptomici cumplessi.
Piattaforma: Nanopore Promethion P48
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Sequenza di l'ARNm à tutta a lunghezza -PacBio
Mentre a sequenza di mRNA basata in NGS hè un strumentu versatile per quantificà l'espressione genica, a so dipendenza da letture brevi limita u so usu in analisi transcriptomic cumplessi.A sequenza di PacBio (Iso-Seq), invece, impiega a tecnulugia di lettura longa, chì permette a sequenza di trascrizioni di mRNA full-length.Stu approcciu facilita una esplorazione cumpleta di splicing alternativu, fusioni di geni è poliadenilazione, ancu s'ellu ùn hè micca a scelta primaria per a quantificazione di l'espressione genica, per via di l'alta quantità di dati necessarii.
A tecnulugia di sequenza PacBio si basa nantu à una sequenza di una sola molecula, in tempu reale (SMRT), chì furnisce un vantaghju distintu in a cattura di trascrizioni di mRNA di lunghezza completa.Stu approcciu innovativu implica l'usu di guide d'onda in modalità zero (ZMW), pozzi microfabbricati chì permettenu l'osservazione in tempu reale di l'attività di DNA polimerasi durante a sequenza.In questi ZMW, l'ADN polimerasi di PacBio sintetizza un filu cumplementariu di DNA, generando lunghe letture chì coprenu l'intera trascrizioni di mRNA.L'operazione PacBio in u modu di sequenza di Consensus Circular (CCS) aumenta a precisione sequenziandu ripetutamente a stessa molécula.E letture HiFi generate anu una precisione paragunabile à NGS, cuntribuiscenu ancu à un analisi cumpletu è affidabile di e caratteristiche trascriptomiche cumplesse.Piattaforma: PacBio Sequel II
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Sequenza di mRNA eucarioti-Illumina
A sequenza di mRNA permette a profilazione cumpleta di tutte e trascrizioni di mRNA in e cellule in cundizioni specifiche.Sta tecnulugia d'avanguardia serve cum'è un strumentu putente, svelendu profili intricati di espressione genica, strutture genetiche è meccanismi molecolari assuciati à diversi prucessi biologichi.Ampiamente aduttatu in a ricerca fundamentale, a diagnostica clinica è u sviluppu di droghe, a sequenza di mRNA offre una visione di e intricacies di a dinamica cellulare è a regulazione genetica.
Piattaforma: Illumina NovaSeq X
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Sequenza di mRNA-Illumina basata senza riferimentu
A sequenza di mRNA permette a profilazione cumpleta di tutte e trascrizioni di mRNA in e cellule in cundizioni specifiche.Sta tecnulugia d'avanguardia serve cum'è un strumentu putente, svelendu profili intricati di espressione genica, strutture genetiche è meccanismi molecolari assuciati à diversi prucessi biologichi.Ampiamente aduttatu in a ricerca fundamentale, a diagnostica clinica è u sviluppu di droghe, a sequenza di mRNA offre una visione di e intricacies di a dinamica cellulare è a regulazione genetica.
Piattaforma: Illumina NovaSeq X
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Long non-coding sequencing-Illumina
L'ARN long non codificanti (lncRNAs) sò RNA più longu di 200 nucleotidi chì pussedenu un putenziale di codificazione minimu è sò elementi pivotali in l'RNA non codificante.Truvate in u nucleu è u citoplasma, questi RNA ghjucanu un rolu cruciale in a regulazione epigenetica, trascrizionale è post-trascrizionale, sottumettendu a so significazione in a furmazione di prucessi cellulari è moleculari.A sequenza di LncRNA hè un strumentu putente in a differenziazione cellulare, l'ontogenesi è e malatie umane.
Piattaforma: Illumina NovaSeq
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Small RNA sequencing-Illumina
Picculi molécule di RNA (sRNA), tipicamente sottu à 200 nucleotidi di lunghezza, includenu microRNAs (miRNAs), RNAs interferenti picculi (siRNAs) è RNAs piwi-interacting (piRNAs).Frà questi, i miRNA, circa 20-24 nucleotidi longu, sò particularmente degni di nota per i so roli regulatori pivotali in diversi prucessi cellulari.Cù mudelli d'espressione specifichi di u tissutu è di u stadiu, i miRNA mostranu una alta conservazione in diverse spezie.
Piattaforma: Illumina NovaSeq
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circRNA sequencing-Illumina
Circular RNA sequencing (circRNA-seq) hè di prufilu è analizà RNAs circulari, una classa di molécule di RNA chì formanu cicli chjusi per via di avvenimenti di splicing non canonichi, chì furnisce questi RNA cun stabilità aumentata.Mentre chì certi circRNAs sò stati dimustrati per agisce cum'è spugna microRNA, sequesterendu i microRNA è impediscenu di regulà i so mRNA di destinazione, altri circRNA ponu interagisce cù e proteine, modulà l'espressione genica, o avè un rolu in i prucessi cellulari.L'analisi di l'espressione di circRNA furnisce insights in i roli regulatori di queste molécule è u so significatu in diversi prucessi cellulari, fasi di sviluppu è e cundizioni di a malatia, cuntribuiscenu à una cunniscenza più profonda di a cumplessità di a regulazione di l'RNA in u cuntestu di l'espressione genica.
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Sequenza di transcriptome tutale - Illumina
A sequenza di u transcriptome tutale offre un approcciu cumpletu per profilà e diverse molécule di RNA, chì includenu sia codificanti (mRNA) sia RNA non codificanti (lncRNA, circRNA è miRNA).Sta tecnica cattura u transcriptome sanu di e cellule specifiche in un momentu determinatu, chì permette una cunniscenza olistica di i prucessi cellulari.Cunnisciuta ancu com'è "sequenziamentu di l'RNA tutale", hà u scopu di svelà e rete regulatori intricate à u livellu di u transcriptome, chì permettenu l'analisi in profonda cum'è l'RNA endogenu cumpetitivu (ceRNA) è l'analisi di RNA cumuni.Questu marca u passu iniziale versu a carattarizazione funzionale, in particulare in unraveling e rete regulatori chì implicanu interazioni ceRNA basate in circRNA-miRNA-mRNA.
