10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Technické schéma
Funkce
● Rozlišení: 100 µM
● Průměr bodu: 55 µM
● Počet míst: 4992
● Oblast snímání: 6,5 × 6,5 mm
● Každé místo s čárovým kódem je naplněno primery složenými ze 4 sekcí:
- poly(dT) ocas pro mRNA priming a syntézu cDNA
- Jedinečný molekulární identifikátor (UMI) pro korekci zkreslení amplifikace
- Prostorový čárový kód
- Vazebná sekvence sekvenčního primeru s parciálním čtením 1
● Barvení řezů hexafluorescencí (H&E)
Výhody
●Komplexní služby: integruje všechny kroky založené na zkušenostech a dovednostech, včetně kryořezů, barvení, optimalizace tkání, prostorového čárového kódování, přípravy knihoven, sekvenování a bioinformatiky.
● Vysoce kvalifikovaný technický týmse zkušenostmi s více než 250 typy tkání a více než 100 druhy, včetně lidí, myší, savců, ryb a rostlin.
●Aktualizace celého projektu v reálném čases plnou kontrolou experimentálního postupu.
●Komplexní standardní bioinformatika:Balíček obsahuje 29 analýz a více než 100 vysoce kvalitních obrázků.
●Analýza a vizualizace dat na míru: k dispozici pro různé výzkumné požadavky.
●Volitelná společná analýza se sekvenováním mRNA jednotlivých buněk
Specifikace
| Požadavky na vzorek | Knihovna | Strategie sekvenování | Doporučená data | Kontrola kvality |
| Kryo vzorky zalité do OCT (Optimální průměr: cca 6x6x6 mm³) 2 bloky na vzorek | 10X knihovna cDNA Visium | Illumina PE150 | 50 tisíc přečtení PE na místo (60 GB) | RIN > 7 |
Pro více informací o pokynech k přípravě vzorků a pracovním postupu služby se prosím neváhejte obrátit naExpert na BMKGENE
Pracovní postup služby
Ve fázi přípravy vzorku se provádí počáteční extrakce RNA v objemu, aby se zajistilo získání vysoce kvalitní RNA. Ve fázi optimalizace tkáně se řezy barví a vizualizují a optimalizují se permeabilizační podmínky pro uvolnění mRNA z tkáně. Optimalizovaný protokol se poté aplikuje během konstrukce knihovny, následované sekvenováním a analýzou dat.
Kompletní pracovní postup služeb zahrnuje aktualizace v reálném čase a potvrzení od klientů, aby byla udržována pohotová zpětná vazba a zajištěno hladké plnění projektu.
Zahrnuje následující analýzu:
Kontrola kvality dat:
o Výstup dat a distribuce skóre kvality
o Detekce genů na skvrnu
o Pokrytí tkáněmi
Analýza vnitřního vzorku:
o Genová bohatost
o Spot clustering, včetně analýzy redukovaných dimenzí
o Analýza diferenciální exprese mezi klastry: identifikace markerových genů
o Funkční anotace a obohacení markerových genů
Meziskupinová analýza
o Rekombinace skvrn z obou vzorků (např. nemocných a kontrolních) a jejich opětovné shlukování
o Identifikace markerových genů pro každý klastr
o Funkční anotace a obohacení markerových genů
o Diferenciální exprese stejného klastru mezi skupinami
Analýza vnitřního vzorku
Spotové shlukování
Identifikace markerových genů a jejich prostorové rozložení
Meziskupinová analýza
Kombinace dat z obou skupin a jejich opětovné seskupení
Markerové geny nových shluků
Prozkoumejte pokroky, které umožnila prostorová transkriptomická služba BMKGene od 10X Visium v těchto doporučených publikacích:
Chen, D. a kol. (2023) „mthl1, potenciální homolog savčích adhezních GPCR u drozofil, se podílí na protinádorových reakcích na injikované onkogenní buňky u much“.Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických, 120(30), s. e2303462120. doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. a kol. (2023) „STEEL umožňuje vymezení časoprostorových transkriptomických dat s vysokým rozlišením“,Stručné shrnutí bioinformatiky, 24(2), s. 1–10. doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. a kol. (2022) „Časoprostorový atlas organogeneze ve vývoji květů orchidejí“,Výzkum nukleových kyselin, 50(17), s. 9724–9737. doi: 10.1093/NAR/GKAC773.
Wang, J. a kol. (2023) „Integrace prostorové transkriptomiky a sekvenování jednojaderné RNA odhaluje potenciální terapeutické strategie pro leiomyom dělohy“,Mezinárodní časopis biologických věd, 19(8), s. 2515–2530. doi: 10.7150/IJBS.83510.
