Sekvenování amplikonů 16S/18S/ITS - NGS
Funkce služby
● Sekvenční platforma: Illumina NovaSeq.
● Amplifikace krátkých oblastí 16S, 18S a ITS, mimo jiné amplifikační cíle.
● Flexibilní výběr amplikonu.
● Předchozí zkušenosti s projekty s více amplifikačními cíli.
Výhody služby
●Bez izolace:Rychlá identifikace mikrobiálního složení ve vzorcích životního prostředí.
●Vysoké rozlišeníV málo hojných složkách vzorků životního prostředí.
●Široce použitelnéStudie rozmanitých mikrobiálních společenstev.
●Komplexní bioinformatická analýzaNejnovější balíček QIIME2 (kvantitativní vhled do mikrobiální ekologie) s rozmanitými analýzami z hlediska databáze, anotací, OTU/ASV.
●Rozsáhlé odborné znalostiS ročně prováděnými 150 tisíci projekty sekvenování amplikonů nabízí BMKGENE více než desetileté zkušenosti, vysoce kvalifikovaný analytický tým, komplexní obsah a vynikající poprodejní podporu.
Specifikace služby
| Knihovna | Strategie sekvenování | Doporučená data |
| Amplikon | Illumina PE250 | 50/100/300 tisíc tagů (párové čtení) |
Požadavky na služby
| Koncentrace (ng/µL) | Celkové množství (ng) | Objem (µL) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Půda/kal: 1–2 g
● Obsah střev – zvíře: 0,5–2 g
● Obsah střev – hmyz: 0,1–0,25 g
● Povrch rostliny (obohacený sediment): 0,1–0,5 g
● Sediment obohacený fermentačním vývarem): 0,1–0,5 g
● Výkaly (velká zvířata): 0,5–2 g
● Výkaly (myší): 3–5 zrn
● Tekutina z plicního alveolárního výplachu: filtrační papír
● Vaginální výtěr: 5–6 výtěrů
● Výtěr z kůže/genitálu/sliny/měkké tkáně ústní dutiny/výtěr z hltanu/výtěr z konečníku: 2–3 výtěry
● Povrchové mikroorganismy: filtrační papír
● Vodní plocha/vzduch/biofilm: filtrační papír
● Endofyty: 1–2 g
● Zubní plak: 0,5–1 g
Pracovní postup služby
Dodání vzorku
Výstavba knihovny
Sekvenování
Analýza dat
Poprodejní služby
Zahrnuje následující analýzu:
- Kontrola kvality nezpracovaných dat
- Shlukování OTU / odšumování (ASV)
- Anotace OTU
- Analýza alfa diverzity: více indexů, včetně Shannonova, Simpsonova a ACE.
- Analýza beta diverzity
- Meziskupinová analýza
- Korelační analýza: mezi faktory prostředí a složením a diverzitou OUT
- Predikce funkčního genu 16S
Histogram taxonomického rozšíření
tepelná mapa shlukování taxonomické abundance
Analýza alfa diverzity: křivka zředění
analýza beta diverzity: NMDS
Meziskupinová analýza: objev biomarkerů LEFSE
Prozkoumejte pokroky, které umožnily služby sekvenování amplikonů společnosti BMKGene ve spolupráci s Illuminou, prostřednictvím uspořádané kolekce publikací.
Dong, C. a kol. (2022) „Sestavení, jádrová mikrobiota a funkce rhizosférické půdní a kůrové mikrobioty u Eucommia ulmoides“, Frontiers in Microbiology, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL.
Li, Y. a kol. (2023) „Transplantace syntetických bakteriálních konsorcií pro léčbu bakteriální vaginózy vyvolané Gardnerella vaginalis u myší“, Microbiome, 11(1), s. 1–14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. a Liu, H. (2022) „Mikrobiomy vzdušného prachu shromážděné během pozemního uzavřeného bioregenerativního experimentu na podporu života „Lunar Palace 365““, Environmental Microbiomes, 17(1), s. 1–20. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/FIGURES/8.
Yin, S. a kol. (2022) „Na vstupní surovině závislá hojnost funkčních genů souvisejících s transformací dusíku řídila ztrátu dusíku při kompostování“, Bioresource Technology, 361, s. 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.
