BMKCloud Log in
条形 banner-03

produkty

16S/18S/ITS Amplikonové sekvenování-NGS

Sekvenování amplikonů 16S/18S/ITS se zaměřuje na odhalení fylogeneze, taxonomie a četnosti druhů v mikrobiální komunitě zkoumáním produktů PCR provozních genetických markerů, které obsahují jak vysoce konverzní, tak hypervariabilní části.Zavedení těchto dokonalých molekulárních otisků od Woesese a kol., (1977) umožňuje profilování mikrobiomu bez izolace.Sekvenování 16S (bakterie), 18S (houby) a Internal transkribovaného spaceru (ITS, houby) umožňuje identifikaci jak hojných druhů, tak i vzácných a neidentifikovaných druhů.Tato technologie se stala široce používaným a hlavním nástrojem při identifikaci rozdílného mikrobiálního složení v různých prostředích, jako jsou lidská ústa, střeva, výkaly atd.

Plošina:Platforma Illumina NovaSeq


Podrobnosti o službě

Výsledky ukázky

Případová studie

Výhody služby

● Bezizolační a rychlá identifikace mikrobiálního složení ve vzorcích životního prostředí

● Vysoké rozlišení v málo zastoupených složkách v environmentálních vzorcích

● Nejnovější tok analýzy QIIME2 s různými analýzami z hlediska databáze, anotace, OTU/ASV.

● Vysoká propustnost, vyšší přesnost

● Použitelné pro různé studie mikrobiálních komunit

● BMK má rozsáhlé zkušenosti s více než 100 000 vzorky/rok,pokrývajícími půdu, vodu, plyn, kal, výkaly, střeva, kůži, fermentační vývar, hmyz, rostliny atd.

● BMKCloud usnadnil interpretaci dat obsahující 45 personalizovaných analytických nástrojů

Specifikace služby

SekvenováníPlošina

Knihovna

Doporučená výtěžnost dat

Odhadovaná doba obratu

Platforma Illumina NovaSeq

PE250

Tagy 50K/100K/300K

30 dní

Bioinformatické analýzy

● Kontrola kvality nezpracovaných dat

● OTU clustering/De-noise (ASV)

● Anotace OTU

● Alfa rozmanitost

● Beta rozmanitost

● Meziskupinová analýza

● Asociační analýza proti experimentálním faktorům

● Predikce funkčního genu

16S

Vzorové požadavky a dodání

Vzorové požadavky:

ProDNA extrakty:

Typ vzorku

Množství

Koncentrace

Čistota

DNA extrakty

> 30 ng

> 1 ng/μl

OD260/280= 1,6-2,5

Pro vzorky životního prostředí:

Typ vzorku

Doporučený postup odběru vzorků

Půda

Vzorkovací množství: cca.5 g;Zbývající uschlá hmota musí být odstraněna z povrchu;Velké kusy rozemlejte a nechte projít 2 mm filtrem;Alikvotní vzorky ve sterilní EP zkumavce nebo cyrotube k rezervaci.

Feces

Vzorkovací množství: cca.5 g;Odeberte a alikvotní vzorky odeberte do sterilní EP zkumavky nebo kryozkumavky pro rezervaci.

Střevní obsah

Vzorky musí být zpracovány za aseptických podmínek.Promyjte odebranou tkáň PBS;Odstřeďte PBS a seberte srážedlo do EP zkumavek.

Kal

Vzorkovací množství: cca.5 g;Odeberte a alikvotní vzorek kalu ve sterilní EP zkumavce nebo kryozkumavce pro rezervaci

Vodní tělo

U vzorku s omezeným množstvím mikrobiálních látek, jako je voda z vodovodu, studniční voda atd., odeberte alespoň 1 l vody a nechte projít filtrem 0,22 μm, abyste obohatili mikrobiální látky na membráně.Uchovávejte membránu ve sterilní zkumavce.

Kůže

Opatrně seškrábněte povrch kůže sterilním vatovým tamponem nebo chirurgickou čepelí a vložte jej do sterilní zkumavky.

Doporučené doručení vzorku

Zmrazte vzorky v kapalném dusíku na 3-4 hodiny a skladujte v kapalném dusíku nebo -80 stupňů pro dlouhodobou rezervaci.Vyžaduje se odeslání vzorku se suchým ledem.

Tok servisní práce

dodání vzorku

Vzorová dodávka

Příprava knihovny

Stavba knihovny

Sekvenování

Sekvenování

Analýza dat

Analýza dat

Poprodejní služby

Poprodejní služby


  • Předchozí:
  • Další:

  • 1.Rozdělení druhů

    3

    2. Tepelná mapa: Shlukování druhové bohatosti

    4

    3. Křivka vzácné frakce

    5

    4. NMDS analýza

    6

    5.Lefse analýza

    7

     

     

     

    Pouzdro BMK

    Obézní jedinci s diabetem typu 2 a bez něj vykazují různou funkční kapacitu a složení střevních mikrobů

    Publikováno:Cell Host & Microbe, 2019

    Strategie sekvenování:

    štíhlá nediabetička (n=633);Obézní nediabetik (n=494);obézní diabetes typu 2 (n=153);
    Cílová oblast: 16S rDNA V1-V2
    Platforma: Illumina Miseq (sekvenování amplikonu na bázi NGS)
    Podskupina extraktů DNA byla podrobena metagenomickému sekvenování na Illumina Hiseq

    Klíčové výsledky

    Mikrobiální profily těchto metabolických onemocnění byly úspěšně diferencovány.
    Porovnáním mikrobiálních rysů generovaných sekvenováním 16S bylo zjištěno, že obezita souvisí se změnami v mikrobiálním složení, individuálními rysy, zejména významným poklesem Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes atd. Navíc bylo zjištěno, že T2D souvisí se zvýšením Escherichia/shigella .

    Odkaz

    Thingholm, LB, a kol."Obézní jedinci s diabetem typu 2 a bez něj vykazují různou funkční kapacitu a složení střevních mikrobů."Buněčný hostitel a mikrob26.2 (2019).

     

    získat cenovou nabídku

    Zde napište svou zprávu a pošlete nám ji

    Pošlete nám svou zprávu: