16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Výhody služby
● Dlouhé čtení odhalující celou sekvenci 16S/18S/ITS
● Vysoce přesné základní volání se sekvenováním v režimu PacBio CCS
● Rozlišení na úrovni druhu v anotaci OTU/ASV
● Nejnovější tok analýzy QIIME2 s různými analýzami z hlediska databáze, anotace, OTU/ASV.
● Použitelné pro různé studie mikrobiálních komunit
● BMK má rozsáhlé zkušenosti s více než 100 000 vzorky/rok，pokrývajícími půdu, vodu, plyn, kal, výkaly, střeva, kůži, fermentační vývar, hmyz, rostliny atd.
● BMKCloud usnadnil interpretaci dat obsahující 45 personalizovaných analytických nástrojů
Specifikace služby
| SekvenováníPlošina | Knihovna | Doporučené údaje | Doba obratu |
| Pokračování PacBio II | SMRT zvonek | Štítky 5K/10K/20K | 44 pracovních dnů |
Bioinformatické analýzy
● Kontrola kvality nezpracovaných dat
● OTU clustering/De-noise (ASV)
● Anotace OTU
● Alfa rozmanitost
● Beta rozmanitost
● Meziskupinová analýza
● Asociační analýza proti experimentálním faktorům
● Predikce funkčního genu
Vzorové požadavky a dodání
Vzorové požadavky:
ProDNA extrakty:
| Typ vzorku | Množství | Koncentrace | Čistota |
| DNA extrakty | ＞ 1 μg | ＞ 20 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Pro vzorky životního prostředí:
| Typ vzorku | Doporučený postup odběru vzorků |
| Půda | Vzorkovací množství: cca.5 g;Zbývající uschlá hmota musí být odstraněna z povrchu;Velké kusy rozemlejte a nechte projít 2 mm filtrem;Alikvotní vzorky ve sterilní EP zkumavce nebo cyrotube k rezervaci. |
| Feces | Vzorkovací množství: cca.5 g;Odeberte a alikvotní vzorky odeberte do sterilní EP zkumavky nebo kryozkumavky pro rezervaci. |
| Střevní obsah | Vzorky musí být zpracovány za aseptických podmínek.Promyjte odebranou tkáň PBS;Odstřeďte PBS a seberte srážedlo do EP zkumavek. |
| Kal | Vzorkovací množství: cca.5 g;Odeberte a alikvotní vzorek kalu ve sterilní EP zkumavce nebo kryozkumavce pro rezervaci |
| Vodní tělo | U vzorku s omezeným množstvím mikrobiálních látek, jako je voda z vodovodu, studniční voda atd., odeberte alespoň 1 l vody a nechte projít filtrem 0,22 μm, abyste obohatili mikrobiální látky na membráně.Uchovávejte membránu ve sterilní zkumavce. |
| Kůže | Opatrně seškrábněte povrch kůže sterilním vatovým tamponem nebo chirurgickou čepelí a vložte jej do sterilní zkumavky. |
Doporučené doručení vzorku
Zmrazte vzorky v kapalném dusíku na 3-4 hodiny a skladujte v kapalném dusíku nebo -80 stupňů pro dlouhodobou rezervaci.Vyžaduje se odeslání vzorku se suchým ledem.
Tok servisní práce
Vzorová dodávka
Stavba knihovny
Sekvenování
Analýza dat
Poprodejní služby
1.Poměr anotace profilování mikrobiální komunity založené na V3+V4(Illumina) vs. profilování založené na plné délce (PacBio).
(Pro statistiku byla použita data 30 náhodně vybraných projektů)
2.Anotační rychlost sekvenování amplikonů v plné délce na druhové úrovni v různých typech vzorků
3.Rozdělení druhů
4.Fylogenetický strom
Pouzdro BMK
Expozice arsenu vyvolává poškození střevní bariéry a následnou aktivaci osy střevo-játra, což vede k zánětu a pyroptóze jater u kachen
Publikováno:Science of the Total Environment,2021
Strategie sekvenování:
Vzorky: Kontrola vs. skupina vystavená ATO 8 mg/kg
Výtěžek sekvenačních dat: celkem 102 583 nezpracovaných CCS sekvencí
Kontrola: 54 518 ± 747 efektivní CCS
Exponovaný ATO: 45 050 ± 1 675 efektivní CCS
Klíčové výsledky
Alfa rozmanitost:Expozice ATO významně změnila střevní mikrobiální bohatost a rozmanitost u kachen.
Metastatická analýza:
Na úrovni kmene: 2 bakteriální kmeny zjištěny pouze v kontrolních skupinách
Na úrovni rodu: Bylo zjištěno, že 6 rodů se významně liší v relativním množství
Na úrovni druhů: bylo identifikováno celkem 36 druhů, přičemž 6 z nich se významně liší v relavivní abundanci
Odkaz
Thingholm, LB, a kol."Obézní jedinci s diabetem typu 2 a bez něj vykazují různou funkční kapacitu a složení střevních mikrobů."Buněčný hostitel a mikrob26.2 (2019).
