Sekvenování amplikonů 16S/18S/ITS – PacBio
Funkce služby
● Sekvenční platforma: PacBio Revio
● Režim sekvenování: CCS (čtení HiFi)
● Amplifikace cílové oblasti následovaná tandemovým propojením amplikonů před přípravou HiFi SMRT bell knihovny
Výhody služby
●Vyšší taxonomické rozlišení: Tsekvenování krátkých amplikonů Han,což umožňuje vyšší míru klasifikace OTU na úrovni druhů.
●Vysoce přesné určování bázíSekvenování v režimu PacBio CCS (čtení HiFi).
●Bez izolaceRychlá identifikace mikrobiálního složení ve vzorcích životního prostředí.
●Široce použitelnéStudie rozmanitých mikrobiálních společenstev.
●Komplexní bioinformatická analýzaNejnovější balíček QIIME2 (kvantitativní vhled do mikrobiální ekologie) s rozmanitými analýzami z hlediska databáze, anotací, OTU/ASV.
●Rozsáhlé odborné znalostiS tisíci projekty sekvenování amplikonů, které se provádějí každoročně, má BMKGENE více než desetileté zkušenosti, vysoce kvalifikovaný analytický tým, komplexní obsah a vynikající poprodejní podporu.
Specifikace služby
| Knihovna | Strategie sekvenování | Doporučená data |
| Amplikon | PacBio Revio | 10/30/50 tisíc značek (CCS) |
Požadavky na vzorek
| Koncentrace (ng/µL) | Celkové množství (µg) | Objem (µL) |
| ≥5 | ≥0,3 | ≥20 |
Doporučené dodání vzorku
Vzorky zmrazte v tekutém dusíku po dobu 3–4 hodin a poté skladujte v tekutém dusíku nebo při teplotě -80 stupňů Celsia až do dlouhodobé rezervace. Vzorky je nutné přepravovat se suchým ledem.
Pracovní postup služby
Dodání vzorku
Výstavba knihovny
Sekvenování
Analýza dat
Poprodejní služby
Zahrnuje následující analýzu:
●Kontrola kvality surových dat
●Shlukování/odšumování OTU (ASV)
●Anotace OTU
●Analýza alfa diverzity: několik indexů, včetně Shannonova, Simpsonova a ACE.
●Analýza beta diverzity
●Meziskupinová analýza
●Korelační analýza: mezi faktory prostředí a složením a diverzitou OUT
●Predikce funkčního genu 16S
Histogram taxonomického rozšíření
Fylogenetický strom distribuce ve společenstvu
Analýza alfa diverzity: ACE
index
Analýza beta diverzity: PCoA
Meziskupinová analýza: ANOVA
Prozkoumejte pokroky, které umožnily služby sekvenování amplikonů společnosti BMKGene s PacBio, prostřednictvím uspořádané kolekce publikací.
Gao, X. a Wang, H. (2023) „Srovnávací analýza profilů a funkcí bachorových bakterií během adaptace na různou fenologii (obnovení zeleně vs. travnatá) u alpských merino ovcí se dvěma fázemi růstu na alpské louce“, Fermentation, 9(1), s. 16. doi: 10.3390/FERMENTATION9010016/S1.
Li, S. a kol. (2023) „Zachycení mikrobiální temné hmoty v pouštních půdách pomocí metagenomiky založené na kulturomice a analýzy s vysokým rozlišením“, npj Biofilms and Microbiomes 2023 9:1, 9(1), s. 1–14. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.
Mu, L. a kol. (2022) „Vliv solí mastných kyselin na fermentační charakteristiky, bakteriální diverzitu a aerobní stabilitu směsné siláže připravené z vojtěšky, rýžové slámy a pšeničných otrub“, Journal of the Science of Food and Agriculture, 102(4), s. 1475–1487. doi: 10.1002/JSFA.11482.
Yang, J. a kol. (2023) „Interakce mezi biomarkery oxidačního stresu a střevní mikrobiotou v antioxidačních účincích extraktů ze Sonchus brachyotus DC. na oxazolonem indukovaný střevní oxidační stres u dospělých zebřiček“, Antioxidants 2023, sv. 12, strana 192, 12(1), s. 192. doi: 10.3390/ANTIOX12010192.
