Stanovení chromatinu přístupného transpozázám s vysokokapacitním sekvenováním (ATAC-seq)
Funkce služby
● Služba vyžaduje vzorky tkání namísto extrahovaných nukleových kyselin, aby se zachovaly interakce DNA-protein.
● Metoda ATAC zahrnuje disociaci tkání, následovanou izolací jader, ošetřením a purifikací Tn5, PCR amplifikací, výběrem velikosti a sekvenováním.
● Sekvenování v Illumina NovaSeq
Výhody služby
●Vysoká citlivost:Pro přípravu a sekvenování knihovny je dostatečné nízké počáteční množství buněk.
●Vysoce informativní technikasoučasně odhaluje genomové umístění otevřeného chromatinu a aktivních regulačních elementů, jako jsou vazebná místa transkripčních faktorů.
●Dobrá experimentální reprodukovatelnostTechnické replikáty vykazují vynikající opakovatelnost.
●Rozsáhlé odborné znalostiS úspěšně dokončenými stovkami projektů sekvenování ATAC má BMKGENE více než desetileté zkušenosti, vysoce kvalifikovaný analytický tým, komplexní obsah a vynikající poprodejní podporu.
●Možnost zapojení se do transkriptomické analýzy: umožňuje integrovanou analýzu ATAC sekvenování s dalšími omickými daty, jako je RNA sekvenování.
● Komplexní bioinformatická analýza: umožňuje nejen identifikaci otevřených oblastí chromatinu a jejich odpovídající funkčnosti (promotory, UT, exony, introny), ale také analýzu rozdílů mezi otevřenými oblastmi chromatinu mezi vzorky.
Specifikace služby
| Knihovna | Strategie sekvenování | Doporučený výstup dat | Kontrola kvality |
| ATAC-seq | Illumina PE150 | > 20 milionů přečtení V závislosti na velikosti genomu (člověk: 50 milionů přečtení) | Q30≥85% |
Požadavky na vzorek
Typ vzorků: Tkáně, živé nebo zmrazené buňky, krev
● Počet buněk: ≥ 106buňky
● Hmotnost tkáně: ≥ 200 mg čerstvé tkáně
● Krev: ≥ 4 ml
Pracovní postup služby
Návrh experimentu
Dodání vzorku
Extrakce DNA
Výstavba knihovny
Sekvenování
Analýza dat
Poprodejní služby
Zahrnuje následující analýzu:
● Kontrola kvality nezpracovaných dat;
● Určení vrcholu na základě mapování na referenční genom;
● Anotace genu na místě vrcholu;
● Analýza motivů: identifikace vazebných míst transkripčních faktorů (TFBS);
● Analýza diferenciálních píků a anotace.
1. Tepelná mapa na ATAC čtecích distribucích v TSS a přilehlých oblastech (±3 kb)
2. Distribuce otevřené chromatinové oblasti v různých složkách genomu
3. Diferenciální volání špiček mezi skupinami
Prozkoumejte výzkumné pokroky usnadněné sekvenčními službami ATAC společnosti BMKGene prostřednictvím kurátorsky uspořádané kolekce publikací.
Fu, A.a kol.(2023) „Sestavení telomerového genomu hořkého melounu (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) odhaluje genetické charakteristiky vývoje, složení a zrání plodu“,Výzkum v zahradnictví, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
Gong, B.a kol.(2023) „Epigenetická a transkripční aktivace sekreční kinázy FAM20C jako onkogenu v gliomu“,Časopis genetiky a genomiky, 50(6), s. 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
On, Y.a kol.(2023) „Butyrát zvrátí rezistenci k ferroptoze u kolorektálního karcinomu indukcí c-Fos-dependentní suprese xCT“,Redoxní biologie, 65, s. 102822. doi: 10.1016/J.REDOX.2023.102822.
