BMKMANU S3000_Prostorový transkriptom
Technické schéma prostorového transkriptomu BMKMANU S3000
Funkce
- Rozlišení: 3,5 µM
- Průměr bodu: 2,5 µM
- Počet míst: přibližně 4,2 milionu
- 3 možné formáty oblasti snímání: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm nebo 15 mm * 20 mm
- Hematologicky a eozinofilně (H&E) a fluorescenční barvení řezů
- Možnost využití technologie segmentace buněk: integrace barvení H&E, fluorescenčního barvení a sekvenování RNA pro určení limitu každé buňky. Následné zpracování: analýza prostorového profilování založená na buněčném koši.
- Možnost dosáhnout víceúrovňové analýzy rozlišení: Flexibilní víceúrovňová analýza v rozsahu od 100 µm do 3,5 µm pro rozlišení rozmanitých tkáňových prvků s optimálním rozlišením.
Výhody BMKMANU S3000
- Subcelulární rozlišení:Vedoucí k ve vyšší detekci genů a UMI na buňku, vylepšeném shlukování a celkově jemnějších detailech, které odpovídají struktuře tkání.
-Víceúrovňová analýza rozlišení:Flexibilní víceúrovňová analýza v rozsahu od 100 μm do 5 μm pro rozlišení rozmanitých tkáňových charakteristik s optimálním rozlišením.
-Možnost použití technologie segmentace buněk „Tři v jednom sklíčku“:Náš algoritmus analýzy „tři v jednom“ kombinuje fluorescenční barvení, barvení H&E a sekvenování RNA na jednom sklíčku a umožňuje identifikaci buněčných hranic pro následnou transkriptomiku na bázi buněk.
-Kompatibilní s více sekvenčními platformamiK dispozici jsou obě možnosti, NGS i sekvenování s dlouhým čtením.
-Flexibilní design aktivní oblasti zachycení 1–8Velikost oblasti snímání je flexibilní, je možné použít 3 formáty.
-Komplexní službyOd kryoselekce až po bioinformatickou analýzu nabízíme komplexní řešení.
-Komplexní bioinformatika a uživatelsky přívětivá vizualizace výsledků:Balíček obsahuje 29 analýz a více než 100 vysoce kvalitních obrázků v kombinaci s využitím interně vyvinutého softwaru pro vizualizaci a přizpůsobení dělení buněk a shlukování bodů.
-Vysoce kvalifikovaný technický týmMáme zkušenosti s více než 250 typy tkání a více než 100 druhy, včetně lidí, myší, savců, ryb a rostlin.
-Aktualizace celého projektu v reálném časeS plnou kontrolou experimentálního postupu.
-Volitelná analýza kloubů se sekvenováním mRNA jednotlivých buněk
Specifikace služby
| Požadavky na vzorek | Knihovna | Strategie sekvenování | Doporučená data | Kontrola kvality |
| Kryo vzorky zalité do OCT (Optimální průměr: cca. 6×6×6 mm³) 2 bloky na vzorek 1 pro experiment, 1 pro zálohu | Knihovna cDNA S3000 | Illumina PE150 | 160 tisíc přečtení PE na 100 υM (250 Gb) | RIN > 7 |
Pro více informací o pokynech k přípravě vzorků a pracovním postupu služby se prosím neváhejte obrátit naExpert na BMKGENE
Pracovní postup služby
Ve fázi přípravy vzorku se provádí počáteční extrakce RNA v objemu, aby se zajistilo získání vysoce kvalitní RNA. Ve fázi optimalizace tkáně se řezy barví a vizualizují a optimalizují se permeabilizační podmínky pro uvolnění mRNA z tkáně. Optimalizovaný protokol se poté aplikuje během konstrukce knihovny, následované sekvenováním a analýzou dat.
Kompletní pracovní postup služeb zahrnuje aktualizace v reálném čase a potvrzení od klientů, aby byla udržována pohotová zpětná vazba a zajištěno hladké plnění projektu.
Data generovaná přístrojem BMKMANU S3000 jsou analyzována pomocí softwaru „BSTMatrix“, který nezávisle navrhla společnost BMKGENE. Software generuje matici genové exprese na buněčné úrovni a s více úrovněmi rozlišení. Na základě toho je generována standardní zpráva, která zahrnuje kontrolu kvality dat, analýzu vnitřních vzorků a analýzu mezi skupinami.
- Kontrola kvality dat:
- Výstup dat a distribuce skóre kvality
- Detekce genů na skvrnu
- Krytí tkání
- Analýza vnitřního vzorku:
- Genová bohatost
- Spot clustering, včetně analýzy redukovaných dimenzí
- Analýza diferenciální exprese mezi klastry: identifikace markerových genů
- Funkční anotace a obohacení markerových genů
- Meziskupinová analýza
- Rekombinace skvrn z obou vzorků (např. nemocných a kontrolních) a jejich opětovné shlukování
- Identifikace markerových genů pro každý klastr
- Funkční anotace a obohacení markerových genů
- Diferenciální exprese stejného klastru mezi skupinami
BMKGene vyvinul nástroj „BSTViewer“, který je uživatelsky přívětivý a umožňuje uživateli vizualizovat genovou expresi a shlukování bodů v různém rozlišení.
BMKGene nabízí prostorové profilovací služby s přesným rozlišením jednotlivých buněk (na základě buněčného koše nebo víceúrovňového čtvercového koše od 100 μm do 3,5 μm).
Data prostorového profilování z řezů tkání na sklíčku S3000 si vedly dobře, jak je uvedeno níže.
Případová studie 1: Myší mozek
Analýza řezu myšího mozku pomocí S3000 vedla k identifikaci ~94 000 buněk s mediánem sekvenování ~2000 genů na buňku. Zlepšené rozlišení 3,5 µM vedlo k velmi detailnímu shlukování buněk na základě transkripčních vzorců, přičemž shluky buněk napodobují diferencované struktury mozku. To lze snadno pozorovat vizualizací distribuce buněk shlukovaných jako oligodendrocyty a mikrogliové buňky, které se téměř výhradně nacházejí v šedé a bílé hmotě.
Případová studie 2: Myší embryo
Analýza řezu myšího embrya pomocí S3000 vedla k identifikaci ~2 200 000 buněk s mediánem sekvenování ~1 600 genů na buňku. Zlepšené rozlišení 3,5 µM vedlo k velmi detailnímu shlukování buněk na základě transkripčních vzorců, s 12 shluky v oblasti oka a 28 shluky v oblasti mozku.
Analýza vnitřního vzorku Shlukování buněk:
Identifikace markerových genů a jejich prostorové rozložení:
- vyšší subcelulární rozlišení: Ve srovnání s preparátem S1000 obsahovala každá oblast zachycení u S3000 >4 miliony prostorových čárových kódů s průměrem 2,5 µm a vzdáleností 3,5 µm mezi středy skvrn, což umožnilo prostorovou analýzu transkriptomu s vyšším subcelulárním rozlišením (čtvercový zásobník: 3,5 µm).
- Vyšší účinnost zachycení: ve srovnání se sklíčkem S1000 se Median_UMI zvýšil z 30 % na 70 %, Median_Gene se zvýšil z 30 % na 60 %
Schéma čipu S1000:
Schéma čipu S3000:
