Sekvenování CircRNA – Illumina
Funkce
● Deplece rRNA následovaná směrovou přípravou knihovny, což umožňuje sekvenování specifických pro dané vlákno.
● Bioinformatický pracovní postup umožňuje predikci circRNA a kvantifikaci exprese.
Výhody služby
●Rozsáhlé odborné znalostiZpracovali jsme přes 20 000 vzorků různých typů a do každého projektu vnášíme bohaté odborné znalosti.
●Přísná kontrola kvalityVe všech fázích, od přípravy vzorků přes přípravu knihovny až po sekvenování a bioinformatiku, implementujeme klíčové kontrolní body. Naše pečlivé monitorování zajišťuje konzistentně vysoce kvalitní výsledky.
●Komplexnější knihovny RNA:V naší předknihovní přípravě používáme depleci rRNA namísto lineární deplece RNA, což zajišťuje, že sekvenční data zahrnují nejen circRNA, ale také mRNA a lncRNA, což umožňuje společnou analýzu těchto datových sad.
●Volitelná analýza sítí kompetitivní endogenní RNA (ceRNA)Poskytuje hlubší vhled do buněčných regulačních mechanismů.
● Poprodejní podporaChápeme, jak důležité je být přítomen, a proto náš závazek přesahuje rámec dokončení projektu a poskytuje 3měsíční poprodejní servis. Během této doby nabízíme následnou péči o projekt, pomoc s řešením problémů a diskuze s otázkami a odpověďmi, kde zodpovíme veškeré dotazy týkající se výsledků.
Požadavky na vzorky a dodání
| Knihovna | Platforma | Doporučená data | Kontrola kvality dat |
| Směrová knihovna s deplecí rRNA | Illumina PE150 | 16–20 GB | Q30≥85% |
Požadavky na vzorek:
Nukleotidy:
| Koncentrace (ng/μl) | Množství (μg) | Čistota | Integrita |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Na gelu je patrná omezená nebo žádná kontaminace proteiny nebo DNA. | RIN ≥ 6,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; omezená nebo žádná elevace základní linie |
● Rostliny:
Kořen, stonek nebo okvětní lístek: 450 mg
List nebo semeno: 300 mg
Ovoce: 1,2 g
● Zvíře:
Srdce nebo střeva: 450 mg
Vnitřnosti nebo mozek: 240 mg
Sval: 600 mg
Kosti, vlasy nebo kůže: 1,5 g
● Členovci:
Hmyz: 9 g
Korýši: 450 mg
● Plná krev:2 trubice
● Buňky: 106 buňky
● Sérum a plazma6 ml
Doporučené dodání vzorku
Nádoba: 2ml centrifugační zkumavka (nedoporučuje se cínová fólie)
Ukázkové označení: Seskupit + replikovat, např. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Zásilka:
1. Suchý led: Vzorky je třeba zabalit do pytlů a uložit do suchého ledu.
2. Zkumavky pro stabilizaci RNA: Vzorky RNA lze sušit ve zkumavce pro stabilizaci RNA (např. RNAstable®) a přepravovat při pokojové teplotě.
Pracovní postup služby
Návrh experimentu
Dodání vzorku
Extrakce RNA
Výstavba knihovny
Sekvenování
Analýza dat
Poprodejní služby
Bioinformatika
- Kontrola kvality dat
- Zarovnání genomu
- Identifikace CircRNA
- Exprese CircRNA
- Analýza diferenciální exprese
Predikce circRNA: chromozomální distribuce
Diferenciálně exprimované circRNA – Volcano plot
Diferenciálně exprimované circRNA – hierarchické shlukování
Funkční obohacení hostitelských genů circRNA
Prozkoumejte výzkumné pokroky usnadněné službami sekvenování circRNA od BMKGene prostřednictvím kurátorsky uspořádané kolekce publikací.
Wang, X. a kol. (2021) „CPSF4 reguluje tvorbu circRNA a umlčování genů zprostředkované mikroRNA u hepatocelulárního karcinomu“,Onkogen2021 40:25, 40(25), s. 4338–4351. doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.
Xia, K. a kol. (2023) „X oo-responzivní transkriptom odhaluje roli kruhové RNA133 v rezistenci vůči chorobám regulací exprese OsARAB v rýži“,Fytopatologický výzkum, 5(1), s. 1–14. doi: 10.1186/S42483-023-00188-8/OBRÁZKY/6.
Y, H. a kol. (2023) „CPSF3 moduluje rovnováhu kruhových a lineárních transkriptů u hepatocelulárního karcinomu“. doi: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1.
Zhang, Y. a kol. (2023) „Komplexní hodnocení circRNA u cirhotické kardiomyopatie před a po transplantaci jater“,Mezinárodní imunofarmakologie, 114, str. 109495. doi: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.
