Srovnávací genomika
Výhody služby
●Rozsáhlé odborné znalosti a publikační záznamyBMKGene dosud dokončil přes 90 projektů komparativní genomiky s kumulativním impakt faktorem 900.
●Komplexní bioinformatická analýzaBalíček analýz obsahuje osm nejčastěji požadovaných analýz, poskytuje dobře navržené údaje připravené k publikaci a umožňuje snadnou interpretaci výsledků.
●Vysoce kvalifikovaný bioinformatický tým a krátký analytický cyklusDíky rozsáhlým zkušenostem v oblasti komparativní genomické analýzy plní tým BMKGene rozmanité požadavky na personalizovanou analýzu v krátkém čase.
●Poprodejní podpora:Náš závazek sahá i nad rámec dokončení projektu a zahrnuje 3měsíční poprodejní servis. Během této doby nabízíme následnou péči o projekt, pomoc s řešením problémů a diskuze s otázkami a odpověďmi, kde zodpovíme veškeré dotazy týkající se výsledků.
Specifikace služby
| Odhadovaná doba vyřízení | Počet druhů | Analýzy |
| 30 pracovních dnů | 6 - 12 | Shlukování genových rodin Expanze a kontrakce genových rodin Konstrukce fylogenetického stromu Odhad času divergence (vyžaduje se kalibrace fosilních zdrojů) Doba vložení LTR (pro rostliny) Duplikace celého genomu (u rostlin) Selektivní tlak Analýza syntézy |
Bioinformatické analýzy
● Genová rodina
● Fylogenetika
● Čas divergence
● Selektivní tlak
● Analýza syntézy
Požadavky na vzorky a dodání
Požadavky na vzorek:
Tkáň nebo DNA pro sekvenování a sestavení genomu
Pro tkáň
| Druh | Tkáň | Přehled | PacBio CCS |
| Zvíře | Viscerální tkáň | 0,5 ~ 1 g | ≥ 3,5 g |
| Svalová tkáň | |||
| ≥ 5,0 g | |||
| ≥ 5,0 ml | |||
| Savčí krev | |||
| ≥ 0,5 ml | |||
| Drůbeží/rybí krev | |||
| Rostlina | Čerstvý list | 1 ~ 2 g | ≥ 5,0 g |
| Okvětní lístek/stonek | 1 ~ 2 g | ≥ 10,0 g | |
| Kořen/Semeno | 1 ~ 2 g | ≥ 20,0 g | |
| Buňky | Kultivovaná buňka | - | ≥ 1 × 108 |
Data
Soubory genomových sekvencí (.fasta) a anotační soubory (.gff3) blízce příbuzných druhů
Pracovní postup služby
Návrh experimentu
Dodání vzorku
Výstavba knihovny
Sekvenování
Analýza dat
Poprodejní služby
*Zde uvedené výsledky dema pocházejí z genomů publikovaných společností Biomarker Technologies.
1. Odhad doby inzerce LTR: Obrázek ukazuje unikátní bimodální rozložení doby inzerce LTR-RT v genomu žita Weining ve srovnání s jinými druhy. Poslední vrchol se objevil přibližně před 0,5 miliony let.
Li Guang a kol.,Přírodní genetika, 2021
2. Fylogeneze a analýza genové rodiny chajoty (Sechium edule): Analýzou chajoty a dalších 13 příbuzných druhů v genové rodině bylo zjištěno, že chajota je nejvíce příbuzná s tykvou obecnou (Trichosanthes anguina). Chajota pochází z tykvou obecné přibližně před 27–45 miliony let a duplikace celého genomu (WGD) byla u chajoty pozorována před 25 ± 4 miliony let, což je třetí událost WGD u čeledi Cucuibitaceae.
Fu A a kol.,Výzkum v zahradnictví, 2021
3. Syntetická analýza: U chajoty, tykve obecné a dýně obecné byly nalezeny geny související s fytohormony ve vývoji plodů. Korelace mezi chajotou a dýní je mírně vyšší než mezi chajotou a dýní obecnou.
Fu A a kol.,Výzkum v zahradnictví, 2021
4. Analýza genových rodin: Obohacení KEGG při expanzi a kontrakci genových rodin v genomech G.thurberi a G.davidsonii ukázalo, že geny související s biosyntézou steroidů a brassinosteroidů byly rozšířeny.
Yang Z a kol.,Biologie BMC, 2021
5. Analýza duplikace celého genomu: Analýza distribuce 4DTV a Ks ukázala duplikaci celého genomu. Vrcholy vnitrodruhové duplikace ukázaly duplikační události. Vrcholy mezidruhové duplikace ukázaly speciační události. Analýza ukázala, že ve srovnání s ostatními třemi blízce příbuznými druhy prošla O. europaea v poslední době rozsáhlou duplikací genů.
Rao G. a kol.,Výzkum v zahradnictví, 2021
Případ BMK
Růže bez trnu: genomické poznatky spojené s adaptací na vlhkost
Publikováno: Národní vědecký přehled, 2021
Strategie sekvenování:
BasyeůvBez trnů' (R.Wichurainan) genom:
Přibližně 93 X PacBio + přibližně 90 X Nanopore + 267 X Illumina
Klíčové výsledky
1. Vysoce kvalitní genom R. wichuraiana byl konstruován pomocí technik sekvenování s dlouhým čtením, které poskytly sestavu o velikosti 530,07 Mb (odhadovaná velikost genomu byla přibližně 525,9 Mb pomocí průtokové cytometrie a 525,5 Mb pomocí genomového průzkumu; heterozygotnost byla přibližně 1,03 %). Odhadované skóre BUSCO bylo 93,9 %. Ve srovnání s „Old blush“ (haploOB) byla kvalita a úplnost tohoto genomu potvrzena přesností jednotlivých bází a indexem sestavování LTR (LAI = 20,03). Genom R. wichuraiana obsahuje 32 674 genů kódujících proteiny.
2. Multi-omická společná analýza, zahrnující srovnávací genomiku, transkriptomiku a QTL analýzu genetické populace, odhalila klíčovou speciaci mezi R. wichuraiana a Rosa chinensis. Také variabilita exprese příbuzných genů v QTL pravděpodobně souvisela s tvorbou trnů stonku.
Srovnávací genomická analýza mezi odrůdami Basye's Thornless a Rosa chinensis, včetně syntenické analýzy, shluků genových rodin a expanzní a kontrakční analýzy, odhalila velké množství variací, které se vztahují ke klíčovým vlastnostem růží. Unikátní expanze v genových rodinách NAC a FAR1/FRS byla s velkou pravděpodobností spojena s rezistencí k černé skvrnitosti.
Srovnávací genomická analýza mezi genomy BT a haploOB.
Zhong, M. a kol. „Růže bez trnu: genomické poznatky spojené s adaptací na vlhkost“Národní vědecký přehled, 2021;, nwab092.
