Srovnávací genomika
Výhody služby
● Komplexní balíček analýz obsahující osm nejčastěji požadovaných analýz
● Vysoká spolehlivost analýzy s podrobnou a snadno srozumitelnou interpretací výsledků
● Dobře navržená čísla připravená k publikování
● Vysoce kvalifikovaný tým bioinformatiky splňuje různé požadavky na personalizované analýzy
● Kratší doba obratu s vyšší přesností analýzy
● Bohaté zkušenosti s více než 90 úspěšnými případy s kumulativním publikovaným impakt faktorem nad 900
Specifikace služby
| Odhadovaná doba obratu | Počet druhů | Analýzy |
| 30 pracovních dnů | 6-12 | Shlukování genové rodiny Expanze a kontrakce genové rodiny Fylogenetická stavba stromu Odhad času divergence (vyžadována fosilní kalibrace) Doba vložení LTR (pro rostliny) Duplikace celého genomu (pro rostliny) Selektivní tlak Analýza Synteny |
Bioinformatické analýzy
● Genová rodina
● Fylogenetika
● Čas divergence
● Selektivní tlak
● Analýza synteny
Vzorové požadavky a dodání
Vzorové požadavky:
Tkáň nebo DNA pro sekvenování a sestavení genomu
Pro tkáň
| Druh | Tkáň | Průzkum | PacBio CCS |
| Zvíře | Viscerální tkáň | 0,5 ~ 1 g | ≥ 3,5 g |
| Svalová tkáň | |||
| ≥ 5,0 g | |||
| ≥ 5,0 ml | |||
| Savčí krev | |||
| ≥ 0,5 ml | |||
| Krev drůbeže/rybí | |||
| Rostlina | Čerstvý list | 1 ~ 2 g | ≥ 5,0 g |
| Okvětní lístek/stonek | 1 ~ 2 g | ≥ 10,0 g | |
| Kořen/semeno | 1 ~ 2 g | ≥ 20,0 g | |
| Buňky | Kultivovaná buňka | - | ≥ 1 x 108 |
Data
Soubory genomové sekvence (.fasta) a soubory anotací (.gff3) blízce příbuzných druhů
Tok servisní práce
Návrh experimentu
Vzorová dodávka
Stavba knihovny
Sekvenování
Analýza dat
Poprodejní služby
*Zde uvedené ukázkové výsledky jsou všechny z genomů publikovaných společností Biomarker Technologies
1. Odhad doby inzerce LTR: Obrázek ukazuje jedinečnou bimodální distribuci v dobách inzerce LTR-RT v genomu žita Weining ve srovnání s jinými druhy.Poslední vrchol se objevil asi před 0,5 miliony let.
Li Guang a kol.,Genetika přírody, 2021
2. Fylogeneze a analýza genové rodiny na chayote (Sechium edule): Analýzou chayote a dalších 13 příbuzných druhů v genové rodině bylo zjištěno, že chayote je nejblíže příbuzný s tykví hadí (Trichosanthes anguina).Chayote odvozený z hadí tykve kolem 27-45 Mya a duplikace celého genomu (WGD) byla pozorována u chayote ve 25±4 Mya, což je třetí událost WGD u cucuibitaceae.
Fu A a kol.,Zahradnický výzkum, 2021
3. Analýza synteny: Některé geny související s fytohormony ve vývoji ovoce byly nalezeny u chayote, hadí tykve a tykvi.Korelace mezi chayote a tykví je o něco vyšší než mezi chayote a hadí tykví.
Fu A a kol.,Zahradnický výzkum, 2021
4. Analýza genové rodiny: KEGG obohacení o expanzi a kontrakci genové rodiny v genomech G.thurberi a G.davidsonii ukázalo, že biosyntéza steroidů a související geny s biosyntézou brassinosteroidů byly rozšířeny.
Yang Z a kol.,Biologie BMC, 2021
5. Analýza duplikace celého genomu: Analýza distribuce 4DTV a Ks ukázala událost duplikace celého genomu.Vrcholy vnitrodruhových vykazovaly duplicitní události.Vrcholy mezidruhových druhů vykazovaly speciační události.Analýza ukázala, že ve srovnání s ostatními třemi blízce příbuznými druhy prošel O. europaea nedávno rozsáhlou genovou duplikací.
Rao G a kol.,Zahradnický výzkum, 2021
Pouzdro BMK
Růže bez trnů: genomické poznatky spojené s adaptací vlhkosti
Publikováno: National Science Review, 2021
Strategie sekvenování:
'Basye'sBeztrnný' (R.Wichurainan) genom:
Cca.93 X PacBio + cca.90 X Nanopore + 267 X Illumina
Klíčové výsledky
1.Vysoce kvalitní genom R.wichuraiana byl zkonstruován pomocí sekvenačních technik s dlouhým čtením, které poskytly sestavu 530,07 Mb (Odhadovaná velikost genomu byla přibližně 525,9 Mb pomocí průtokové cytometrie a 525,5 podle průzkumu genomu; Heterozygotnost byla přibližně 1,03 %).Odhadované skóre BUSCO bylo 93,9 %.Ve srovnání s „Old blush“ (haploOB) byla kvalita a úplnost tohoto genomu potvrzena základní jednobázovou přesností a indexem sestavení LTR (LAI=20,03).Genom R.wichuraiana obsahuje 32 674 genů kódujících protein.
2. Společná multiomická analýza, sestávající z komparativní genomiky, transkriptomiky, QTL analýzy genetické populace, odhalila zásadní speciaci mezi R. wichuraiana a Rosa chinensis.Také variace exprese příbuzných genů v QTL byla pravděpodobně spojena se vzorováním trnitých kmenů.
Srovnávací genomická analýza mezi Basye;s Thornless a Rosa chinensis včetně analýzy syntenie, shluku genových rodin, analýzy expanze a kontrakce odhalila velké množství variací, které se týkaly klíčových vlastností růží.Jedinečná expanze v rodině genů NAC a FAR1/FRS byla velmi pravděpodobně spojena s rezistencí vůči černým skvrnám.
Srovnávací genomická analýza mezi genomy BT a haploOB.
Zhong, M., a kol.„Růže bez trnů: genomické poznatky spojené s adaptací vlhkosti“National Science Review, 2021;, nwab092.
