Předpřipravené knihovny Illumina
Funkce
●Platformy:Illumina NovaSeq 6000 a NovaSeq X Plus
●Režimy sekvencování:PE150 a PE250
●Kontrola kvality knihoven před sekvenováním
●Kontrola kvality a dodání sekvenčních dat:dodání QC zprávy a nezpracovaných dat ve formátu fastq po demultiplexování a filtrování Q30 čtení
Výhody služby
●Všestrannost sekvenčních služeb:Zákazník si může zvolit sekvenci podle dráhy, průtokové cely nebo podle množství požadovaných dat (částečné sekvencování drah).
●Rozsáhlé zkušenosti s platformou pro sekvenování Illumina:s tisíci uzavřených projektů s různými druhy.
●Dodání zprávy o kontrole kvality sekvenování:s metrikami kvality, přesností dat a celkovým výkonem sekvenčního projektu.
●Proces sekvenování pro dospělé:s krátkou dobou obratu.
●Přísná kontrola kvalityZavádíme přísné požadavky na kontrolu kvality, abychom zaručili dosažení konzistentně vysoce kvalitních výsledků.
Ukázkové platformy
| Platforma | Průtoková cela | Režim sekvenování | Jednotka | Odhadovaný výkon |
| NovaSeq X | 10B (8 pruhů) | PE150 | Jeden pruh Částečný pruh | 375 GB / linka |
| 25B (8 pruhů) | PE150 | Jeden pruh Částečný pruh | 1000 Gb/linka | |
| NovaSeq 6000 | Průtoková cela SP (2 dráhy) | PE250 | Průtoková cela Jeden pruh Částečný pruh | 325–400 milionů přečtení / dráha |
| Průtoková cela S4 (4 dráhy) | PE150 | Průtoková cela Jeden pruh Částečný pruh | ~800 Gb/linka |
Požadavky na vzorek
| Množství dat (X) | Koncentrace (qPCR/nM) | Objem | |
| Částečné řazení jízdních pruhů
| X ≤ 10 Gb | ≥ 1 nM | ≥ 25 μl |
| 10 GB < X ≤ 50 GB | ≥ 2 nM | ≥ 25 μl | |
| 50 GB < X ≤ 100 GB | ≥ 3 nM | ≥ 25 μl | |
| X > 100 GB | ≥ 4 nM | ≥ 25 μl | |
| Sekvence jízdních pruhů | Per Lane | ≥ 1,5 nM / soubor knihovny | ≥ 25 μl / soubor knihovny |
Kromě koncentrace a celkového množství je také vyžadován vhodný profil píku.
Poznámka: Sekvenování drah knihoven s nízkou diverzitou vyžaduje přidání PhiX spike-in pro zajištění robustního vyhledávání bází.
Doporučujeme odeslat předem sdružené knihovny jako vzorky. Pokud požadujete, aby BMKGENE prováděl sdružování knihoven, podívejte se prosím na
požadavky knihovny pro částečné řazení jízdních pruhů.
Velikost knihovny (mapa vrcholů)
Hlavní vrchol by měl být v rozmezí 300-450 bp.
Knihovny by měly mít jeden hlavní pík, žádnou kontaminaci adaptéry a žádné dimery primerů.
Pokud vaše vzorky nesplňují požadavky na výchozí materiál, kontaktujte nás.
Pracovní postup služby
Kontrola kvality knihovny
Sekvenování
Kontrola kvality dat
Dodání projektu
Zpráva o kontrole kvality knihovny
Před sekvenováním, posouzením množství knihovny a fragmentace je poskytnuta zpráva o kvalitě knihovny.
Zpráva o kontrole kvality sekvenování
Tabulka 1. Statistiky sekvenčních dat.
| ID vzorku | BMKID | Nezpracované čtení | Nezpracovaná data (bp) | Čisté přečtení (%) | Q20(%) | Q30(%) | GC(%) |
| C_01 | BMK_01 | 22 870 120 | 6 861 036 000 | 96,48 | 99,14 | 94,85 | 36,67 |
| C_02 | BMK_02 | 14 717 867 | 4 415 360 100 | 96,00 | 98,95 | 93,89 | 37,08 |
Obrázek 1. Distribuce kvality podél čtení v každém vzorku
Obrázek 2. Distribuce základního obsahu
Obrázek 3. Distribuce obsahu čtení v sekvenčních datech
