Předpřipravené knihovny Illumina
Funkce
●Platformy:Illumina NovaSeq 6000 a NovaSeq X Plus
●Režimy sekvencování:PE150 a PE250
●Kontrola kvality knihoven před sekvenováním
●Kontrola kvality a dodání sekvenčních dat:dodání QC zprávy a nezpracovaných dat ve formátu fastq po demultiplexování a filtrování Q30 čtení
Výhody služby
●Všestrannost sekvenčních služeb:Zákazník si může zvolit sekvenci podle dráhy, průtokové cely nebo podle množství požadovaných dat (částečné sekvencování drah).
●Rozsáhlé zkušenosti s platformou pro sekvenování Illumina:s tisíci uzavřených projektů s různými druhy.
●Dodání zprávy o kontrole kvality sekvenování:s metrikami kvality, přesností dat a celkovým výkonem sekvenčního projektu.
●Proces sekvenování pro dospělé:s krátkou dobou obratu.
●Přísná kontrola kvalityZavádíme přísné požadavky na kontrolu kvality, abychom zaručili dosažení konzistentně vysoce kvalitních výsledků.
Ukázkové platformy
| Platforma | Průtoková cela | Režim sekvenování | Jednotka | Odhadovaný výkon |
| NovaSeq X | 10B (8 pruhů) | PE150 | Jeden pruh Částečný jízdní pruh | 375 GB / linka |
| 25B (8 pruhů) | PE150 | Jeden pruh Částečný jízdní pruh | 1000 Gb/linka | |
| NovaSeq 6000 | Průtoková cela SP (2 dráhy) | PE250 | Průtoková cela Jeden pruh Částečný jízdní pruh | 325–400 milionů přečtení / dráha |
| Průtoková cela S4 (4 dráhy) | PE150 | Průtoková cela Jeden pruh Částečný jízdní pruh | ~800 Gb/linka |
Požadavky na vzorek
| Množství dat (Gb) | Koncentrace (qPCR) PE150 | Konc. (qPCR) PE250 | Objem | |
| Částečný jízdní pruh
| G ≤ 10 | ≥ 1 nM | ≥ 2 nM | ≥ 25 μl |
| 10 < G ≤ 50 | ≥ 2 nM | ≥ 3 nM | ≥ 25 μl | |
| 50 < G ≤ 100 | ≥ 3 nM | ≥ 4 nM | ≥ 25 μl | |
| G > 100 | ≥ 4 nM | ≥ 4 nM | ≥ 25 μl | |
| Jeden pruh | Per Lane | ≥ 1,5 nM/soubor knihovny | ≥ 2 nM/soubor knihovny | ≥ 25 µl/soubor knihovny |
Kromě koncentrace a celkového množství je také vyžadován vhodný profil píku.
Poznámka: Sekvenování drah knihoven s nízkou diverzitou vyžaduje přidání PhiX spike-in pro zajištění robustního vyhledávání bází.
Doporučujeme odeslat předem sloučené knihovny jako vzorky pro sekvenování drah. Pokud požadujete, aby BMKGENE prováděl sloučení knihoven, řiďte se prosím požadavky na knihovnu pro částečné sekvenování drah.
Velikost knihovny (mapa vrcholů)
Pro sekvenování PE150 by velikost inzertu měla být 300–400 bp (bez adaptérů); pro sekvenování PE250 by velikost inzertu měla být 150–500 bp (bez adaptérů).
Knihovny by měly mít jeden hlavní pík, žádnou kontaminaci adaptéry a žádné dimery primerů.
Pokud vaše vzorky nesplňují požadavky na výchozí materiál, kontaktujte nás.
Pracovní postup služby
Kontrola kvality knihovny
Sekvenování
Kontrola kvality dat
Dodání projektu
Zpráva o kontrole kvality knihovny
Před sekvenováním, posouzením množství knihovny a fragmentace je poskytnuta zpráva o kvalitě knihovny.
Zpráva o kontrole kvality sekvenování
Tabulka 1. Statistiky sekvenčních dat.
| ID vzorku | BMKID | Nezpracované čtení | Nezpracovaná data (bp) | Čisté přečtení (%) | Q20(%) | Q30(%) | GC(%) |
| C_01 | BMK_01 | 22 870 120 | 6 861 036 000 | 96,48 | 99,14 | 94,85 | 36,67 |
| C_02 | BMK_02 | 14 717 867 | 4 415 360 100 | 96,00 | 98,95 | 93,89 | 37,08 |
Obrázek 1. Distribuce kvality podél čtení v každém vzorku
Obrázek 2. Distribuce základního obsahu
Obrázek 3. Distribuce obsahu čtení v sekvenčních datech
