● K depleci ribozomální cDNA se používají speciální sondy.
● Konstrukce knihovny specifické pro daný obor.
● Jeden pracovní postup pro současné získání dat mRNA, lncRNA a circRNA.
● Přísná kontrola kvality: Ve všech fázích, od přípravy vzorků a knihoven až po sekvenování a bioinformatiku, implementujeme klíčové kontrolní body. Toto pečlivé sledování zajišťuje konzistentně vysoce kvalitní výsledky.
● Poprodejní podpora: Náš závazek sahá i nad rámec dokončení projektu a zahrnuje 3měsíční poprodejní servis. Během této doby nabízíme následnou podporu projektu, pomoc s řešením problémů a diskuze s otázkami a odpověďmi, kde zodpovíme veškeré dotazy týkající se výsledků.
| Knihovna | Platforma | Doporučená data | Kontrola kvality dat |
| Směrová knihovna s deplecí rRNA | Illumina PE150 | 10–16 GB | Q30≥85% |
Nukleotidy:
| Množství (ng) | Objem (μl) |
| 40 | 20 |
Tkáň:
Exozom: 100 μl; 40 μg; >10^9 částic/ml
Sérum/plazma: 5 ml
Supernatant buněčné kultury: 100 ml
Moč: 100 ml
Sliny: 15 ml
Nosní výtok: 15 ml
Mozkomíšní mok: 15 ml
Plodová voda: 50 ml
Sperma: 5 ml
Žluč: 5 ml
Ascites: 50 ml
Mléko: 15 ml
Folikulární tekutina: 15 ml
Fekální supernatant: 50 ml
Supernatant mikrobiální kultury: 100 ml
Živočišná tkáň: 3 g
Rostlinná tkáň: 1 g
Nádoba: 2ml centrifugační zkumavka (nedoporučuje se cínová fólie)
Ukázkové označení: Seskupit + replikovat, např. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Zásilka:
1. Suchý led: Vzorky je třeba zabalit do pytlů a uložit do suchého ledu.
2. Zkumavky pro stabilizaci RNA: Vzorky RNA lze sušit ve zkumavce pro stabilizaci RNA (např. RNAstable®) a přepravovat při pokojové teplotě.
Bioinformatika
Predikce circRNA: chromozomální distribuce
Diferenciálně exprimované circRNA – Volcano plot
Diferenciálně exprimované circRNA – hierarchické shlukování
Funkční obohacení hostitelských genů circRNA
Analýza diferenciální genové exprese (DEG)
Kvantifikace exprese lncRNA – shlukování
Obohacení cílových genů lncRNA
Analýza společné pozice mRNA a lncRNA – Circos graf (střední kruh je mRNA a vnitřní kruh je lncRNA)