Sekvenování exozomální malé RNA – Illumina
Funkce
● Jako vstupní materiál se používá exozomální celková RNA. Během purifikace se k izolaci miRNA používají miRNA kuličky.
● Bioinformatická analýza zaměřená na predikci miRNA a jejich cílů.
Výhody služby
● Komplexní bioinformatická analýza: Umožňuje identifikaci známých i nových miRNA, identifikaci cílů miRNA a odpovídající funkční anotaci a obohacení o více databází (KEGG, GO).
● Přísná kontrola kvality: Ve všech fázích, od přípravy vzorků a knihoven až po sekvenování a bioinformatiku, implementujeme klíčové kontrolní body. Toto pečlivé sledování zajišťuje konzistentně vysoce kvalitní výsledky.
● Poprodejní podpora: Náš závazek sahá i nad rámec dokončení projektu a zahrnuje 3měsíční poprodejní servis. Během této doby nabízíme následnou podporu projektu, pomoc s řešením problémů a diskuze s otázkami a odpověďmi, kde zodpovíme veškeré dotazy týkající se výsledků.
Požadavky na vzorky a dodání
| Knihovna | Platforma | Doporučená data | Kontrola kvality dat |
| Izolace exozomální miRNA | Illumina SE50 | 10–20 milionů přečtení | Q30≥85% |
Požadavky na vzorek
Nukleotidy:
| Množství (ng) | Objem (μl) |
| 40 | 20 |
Tkáň:
Exozom: 100 μl; 40 μg; >10^9 částic/ml
Sérum/plazma: 5 ml
Supernatant buněčné kultury: 100 ml
Moč: 100 ml
Sliny: 15 ml
Nosní výtok: 15 ml
Mozkomíšní mok: 15 ml
Plodová voda: 50 ml
Sperma: 5 ml
Žluč: 5 ml
Ascites: 50 ml
Mléko: 15 ml
Folikulární tekutina: 15 ml
Fekální supernatant: 50 ml
Supernatant mikrobiální kultury: 100 ml
Živočišná tkáň: 3 g
Rostlinná tkáň: 1 g
Doporučené dodání vzorku
Nádoba: 2ml centrifugační zkumavka (nedoporučuje se cínová fólie)
Ukázkové označení: Seskupit + replikovat, např. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Zásilka:
1. Suchý led: Vzorky je třeba zabalit do pytlů a uložit do suchého ledu.
2. Zkumavky pro stabilizaci RNA: Vzorky RNA lze sušit ve zkumavce pro stabilizaci RNA (např. RNAstable®) a přepravovat při pokojové teplotě.
Pracovní postup služby
Návrh experimentu
Dodání vzorku
Extrakce RNA
Výstavba knihovny
Sekvenování
Analýza dat
Poprodejní služby
Bioinformatika
● Kontrola kvality nezpracovaných dat
● Klasifikace sRNA
● Zarovnání s referenčním genomem
● Identifikace známých a nových miRNA
● Analýza diferenciální exprese miRNA
● Funkční anotace miRNA cílů
Identifikace miRNA: struktura a hloubka
Diferenciální exprese miRNA – hierarchické shlukování
Funkční anotace cíle diferencovaně exprimovaných miRNA
