De novo shromáždění genomu hub
BMKGENE nabízí všestranná řešení pro houbové genomy, která uspokojují rozmanité výzkumné potřeby a požadovanou úplnost genomu. Použití pouhého krátkého sekvenování Illumina umožňuje generování návrhu genomu. Krátké a dlouhé sekvenování pomocí Nanopore nebo Pacbio se kombinují pro zjemněnější houbový genom s delšími kontigy. Integrace Hi-C sekvenování navíc dále rozšiřuje možnosti a umožňuje dosáhnout kompletního genomu na úrovni chromozomů.
Funkce služby
S třemi možnými možnostmi v závislosti na požadovaném stupni úplnosti genomu:
● Možnost návrhu genomu: Sekvenování krátkých čtecích sekvencí s Illumina NovaSeq PE150.
● Možnost jemného houbového genomu:
Průzkum genomu: Illumina NovaSeq PE150.
Sestavení genomu: PacBio Revio (čtečky HiFi) nebo Nanopore PromethION 48.
● Plísňový genom na úrovni chromozomů:
Průzkum genomu: Illumina NovaSeq PE150.
Sestavení genomu: PacBio Revio (čtečky HiFi) nebo Nanopore PromethION 48.
Ukotvení Contig s montáží Hi-C.
Výhody služby
●K dispozici je více strategií sekvenováníPro různé výzkumné cíle a požadavky na úplnost genomu
●Kompletní pracovní postup bioinformatiky:To zahrnuje sestavení genomu a predikci více genomových elementů, funkční anotaci genů a ukotvení kontigů.
●Rozsáhlé odborné znalostiS více než 12 000 shromážděnými mikrobiálními genomy nabízíme více než desetileté zkušenosti, vysoce kvalifikovaný analytický tým, komplexní obsah a vynikající poprodejní podporu.
●Poprodejní podpora:Náš závazek sahá i nad rámec dokončení projektu a zahrnuje 3měsíční poprodejní servis. Během této doby nabízíme následnou péči o projekt, pomoc s řešením problémů a diskuze s otázkami a odpověďmi, kde zodpovíme veškeré dotazy týkající se výsledků.
Specifikace služby
| Servis | Strategie sekvenování | Kontrola kvality |
| Návrh genomu | Illumina PE150 100x | Q30≥85% |
| Jemný genom | Průzkum genomu: Illumina PE150 50 x Montáž: PacBio HiFi 30x nebo Nanopore 100x | contig N50 ≥1Mb (jednobuněčný Pacbio) contig N50 ≥2Mb (ONT jednobuněčný) contig N50 ≥500kb (ostatní) |
| Genom na úrovni chromozomů | Průzkum genomu: Illumina PE150 50 x Montáž: PacBio HiFi 30x nebo Nanopore 100x Hi-C montáž 100x | Poměr ukotvení Contig > 90 %
|
Požadavky na služby
| Koncentrace (ng/µL) | Celkové množství (µg) | Objem (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1,7–2,2 | ≥1,6 |
| Nanopóry | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1,7–2,2 | 1,0–3,0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
Jednobuněčná houba: ≥3,5x1010 buňky
Makrohouby: ≥10 g
Pracovní postup služby
Dodání vzorku
Výstavba knihovny
Sekvenování
Analýza dat
Poprodejní služby
Zahrnuje následující analýzu:
Průzkum genomu:
- Kontrola kvality sekvenčních dat
- Odhad genomu: velikost, heterozygotnost, repetitivní elementy
Jemné sestavení genomu:
- Kontrola kvality sekvenčních dat
- De novoShromáždění
- Analýza genomových komponent: Predikce CDS a více genomových elementů
- Funkční anotace s více obecnými databázemi (GO, KEGG atd.) a pokročilými databázemi (CARD, VFDB atd.)
Sestava Hi-C:
- Hodnocení knihovny Hi-C.
- Kontigy ukotvení, shlukování, řazení a orientace
- Vyhodnocení sestavy HI-C: Na základě referenčního genomu a tepelné mapy
Průzkum genomu: distribuce k-merů
Sestavení genomu: anotace homologních genů (databáze NR)
Sestavení genomu: funkční anotace genů (GO)
Prozkoumejte pokroky, které umožnily služby BMKGene v oblasti sestavování houbového genomu, prostřednictvím kurátorsky uspořádané kolekce publikací.
Hao, J. a kol. (2023) „Integrované omické profilování léčivé houby Inonotus obliquus za submerzních podmínek“,Genomika BMC, 24(1), s. 1–12. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/FIGURES/3.
Lu, L. a kol. (2023) „Sekvenování genomu odhaluje evoluci a patogenní mechanismy patogenu ostré skvrnitosti pšenice Rhizoctonia cerealis“,Časopis o plodinách, 11(2), s. 405–416. doi: 10.1016/J.CJ.2022.07.024.
Zhang, H. a kol. (2023) „Genomové zdroje čtyř druhů rodu Clarireedia způsobujících skvrnitost dolaru na rozmanitých trávnících“,Choroba rostlin, 107(3), s. 929–934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
Zhang, SS a kol. (2023) „Genetické a molekulární důkazy tetrapolárního pářícímu systému u jedlé houby Grifola frondosa“,Časopis o hubách, 9(10), s. 959. doi: 10.3390/JOF9100959/S1.
