Analýza asociace v celém genomu
Pracovní postup
Výhody služby
●Rozsáhlé odborné znalosti a publikační záznamyDíky nashromážděným zkušenostem v oblasti GWAS dokončila BMKGene stovky druhových projektů v oblasti výzkumu populační GWAS, pomohla výzkumníkům publikovat více než 100 článků a kumulativní impakt faktor dosáhl 500.
● Komplexní bioinformatická analýzaPracovní postup zahrnuje analýzu asociace SNP-znaků, poskytnutí sady kandidátních genů a jejich odpovídající funkční anotace.
●Vysoce kvalifikovaný bioinformatický tým a krátký analytický cyklusDíky rozsáhlým zkušenostem s pokročilou genomickou analýzou poskytuje tým BMKGene komplexní analýzy s rychlou dobou zpracování.
●Poprodejní podpora:Náš závazek sahá i nad rámec dokončení projektu a zahrnuje 3měsíční poprodejní servis. Během této doby nabízíme následnou péči o projekt, pomoc s řešením problémů a diskuze s otázkami a odpověďmi, kde zodpovíme veškeré dotazy týkající se výsledků.
Specifikace a požadavky na služby
| Typ sekvenování | Doporučené populační měřítko | Strategie sekvenování | Požadavky na nukleotidy |
| Sekvenování celého genomu | 200 vzorků | 10x | Koncentrace: ≥ 1 ng/µl Celkové množství ≥ 30 ng Omezená nebo žádná degradace či kontaminace |
| Specificky lokusový amplifikovaný fragment (SLAF) | Hloubka štítku: 10x Počet štítků: < 400 Mb: Doporučuje se WGS < 1 GB: 100 tisíc tagů 1 GB > 2 GB: 300 tisíc tagů Max. 500 tisíc tagů | Koncentrace ≥ 5 ng/µl Celkové množství ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280=1,6-2,5 Agarózový gel: žádná nebo jen omezená degradace či kontaminace
|
Výběr materiálu
Různé odrůdy, poddruhy, krajové odrůdy/genové banky/smíšené čeledi/divoké zdroje
Různé odrůdy, poddruhy, krajové odrůdy
Poloviční sourozenci/plnohodnotní sourozenci/divoké zdroje
Pracovní postup služby
Návrh experimentu
Dodání vzorku
Extrakce RNA
Výstavba knihovny
Sekvenování
Analýza dat
Poprodejní služby
Zahrnuje následující analýzu:
- Analýza asociací v celém genomu: modely LM, LMM, EMMAX, FASTLMM
- Funkční anotace kandidátních genů
Analýza asociace SNP-rys – Manhattanský graf
Analýza asociace SNP-znak – QQ graf
Prozkoumejte pokroky, které umožnily služby de GWAS společnosti BMKGene, prostřednictvím uspořádané kolekce publikací:
Lv, L. a kol. (2023) „Poznání genetického základu tolerance amoniaku u škeble rodu Sinonovacula constricta pomocí celogenomové asociační studie“,Akvakultura, 569, s. 739351. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739351.
Li, X. a kol. (2022) „Multi-omické analýzy 398 exemplářů prosa liščího odhalují genomové oblasti spojené s domestikací, metabolitovými vlastnostmi a protizánětlivými účinky“,Molekulární rostlina, 15(8), s. 1367–1383. doi: 10.1016/j.molp.2022.07.003.
Li, J. a kol. (2022) „Mapování celogenomových asociací fenotypů Hulless Barely v prostředí sucha“,Hranice ve vědě o rostlinách, 13, s. 924892. doi: 10.3389/FPLS.2022.924892/BIBTEX.
Zhao, X. a kol. (2021) „GmST1, který kóduje sulfotransferázu, propůjčuje rezistenci vůči kmenům G2 a G3 viru mozaiky sóji“,Rostlina, buňka a životní prostředí, 44(8), s. 2777–2792. doi: 10.1111/PCE.14066.
