Interakce chromatinu na bázi Hi-C
Funkce služby
● Sekvenování na přístroji Illumina NovaSeq s PE150.
● Služba vyžaduje, aby se vzorky tkání místo extrahovaných nukleových kyselin propojily formaldehydem a zachovaly interakce DNA-protein.
● Experiment Hi-C zahrnuje restrikci a opravu lepkavých konců biotinem, následovanou cirkularizací výsledných tupých konců při zachování interakcí. DNA je poté stažena streptavidinovými kuličkami a purifikována pro následnou přípravu knihovny.
Výhody služby
●Optimální návrh restrikčních enzymů: zajistit vysokou účinnost Hi-C na různých druzích s až 93 % platných interakčních párů.
●Rozsáhlé odborné znalosti a publikační záznamy:BMKGene má rozsáhlé zkušenosti s více než 2000 projekty sekvenování Hi-C z 800 různých druhů a s různými patenty. Více než 100 publikovaných případů s kumulativním impakt faktorem přes 900.
●Vysoce kvalifikovaný tým bioinformatiky:s interními patenty a autorskými právy k softwaru pro Hi-C experimenty a analýzu dat a s vlastnoručně vyvinutým softwarem pro vizualizaci dat.
●Poprodejní podpora:Náš závazek sahá i nad rámec dokončení projektu a zahrnuje 3měsíční poprodejní servis. Během této doby nabízíme následnou péči o projekt, pomoc s řešením problémů a diskuze s otázkami a odpověďmi, kde zodpovíme veškeré dotazy týkající se výsledků.
●Komplexní anotace: používáme více databází k funkční anotaci genů s identifikovanými variacemi a provádíme odpovídající analýzu obohacení, což poskytuje poznatky o více výzkumných projektech.
Specifikace služby
| Knihovna | Strategie sekvenování | Doporučený výstup dat | Rozlišení signálu Hi-C |
| Hi-C knihovna | Illumina PE150 | Chromatinová smyčka: 150x TAD: 50x | Chromatinová smyčka: 10 kB TAD: 40 kB |
Požadavky na služby
| Typ vzorku | Požadovaná částka |
| Živočišná tkáň | ≥2 g |
| Plná krev | ≥2 ml |
| Houby | ≥1 g |
| Rostlina - mladá tkáň | 1 g/alikvotní podíl, doporučeno 2–4 alikvotní podíly |
| Kultivované buňky | ≥1x107 |
Zahrnuje následující analýzu:
● Kontrola kvality nezpracovaných dat;
● Mapování a kontrola kvality knihovny Hi-C: platné interakční páry a exponenty interakčního rozpadu (IDE);
● Profilování interakcí v celém genomu: cis/trans analýza a mapa interakcí Hi-C;
● Analýza distribuce A/B kompartmentů;
● Identifikace TAD a chromatinových smyček;
● Diferenciální analýza 3D strukturních prvků chromatinu mezi vzorky a odpovídající funkční anotace asociovaných genů.
Distribuce cis a trans poměru
Teplotní mapa chromozomálních interakcí mezi vzorky
Distribuce A/B kompartmentů v celém genomu
Distribuce chromatinových smyček v celém genomu
Vizualizace TAD
Prozkoumejte výzkumné pokroky usnadněné službami sekvenování Hi-C společnosti BMKGene prostřednictvím uspořádané kolekce publikací.
Meng, T. a kol. (2021) „Srovnávací integrovaná multiomická analýza identifikuje CA2 jako nový cíl pro chordom“,Neuroonkologie, 23(10), s. 1709–1722. doi: 10.1093/NEUONC/NOAB156.
Xu, L. a kol. (2021) „3D dezorganizace a přeskupení genomu poskytují vhled do patogeneze NAFLD pomocí integrovaného sekvenování Hi-C, nanopórů a RNA“,Acta Pharmaceutica Sinica B, 11(10), s. 3150–3164. doi: 10.1016/J.APSB.2021.03.022.
