Hi-C založené Genome Assembly
Výhody služby
Přehled Hi-C
(Lieberman-Aiden E a kol.,Věda, 2009)
● Není potřeba konstruovat genetickou populaci pro ukotvení kontigů;
● Vyšší hustota markerů vedoucí k vyššímu poměru ukotvení kontigů nad 90 %;
● Umožňuje hodnocení a opravy existujících genomových sestav;
● Kratší doba obratu s vyšší přesností při sestavování genomu;
● Bohaté zkušenosti s více než 1000 Hi-C knihovnami vytvořenými pro více než 500 druhů;
● Více než 100 úspěšných případů s kumulativním publikovaným impakt faktorem vyšším než 760;
● Sestavení genomu na bázi Hi-C pro polyploidní genom, v předchozím projektu bylo dosaženo 100% míry ukotvení;
● Vlastní patenty a autorská práva na software pro Hi-C experimenty a analýzu dat;
● Samostatně vyvinutý software pro ladění vizualizovaných dat, umožňuje ruční přesun, obracení, odvolávání a opakování bloku.
Specifikace služby
|
Typ knihovny
|
Plošina | Délka čtení | Doporučit strategii |
| Ahoj-C | Illumina NovaSeq | PE150 | ≥ 100X |
Bioinformatické analýzy
● Kontrola kvality nezpracovaných dat
● Kontrola kvality knihovny Hi-C
● Sestavení genomu založené na Hi-C
● Hodnocení po montáži
Vzorové požadavky a dodání
Vzorové požadavky:
| Zvíře | Houba | Rostliny
|
| Zmrazená tkáň: 1-2 g na knihovnu Buňky: 1x 10^7 buněk na knihovnu | Zmrazená tkáň: 1 g na knihovnu | Zmrazená tkáň: 1-2 g na knihovnu
|
| *Důrazně doporučujeme zaslat alespoň 2 alikvoty (každý 1 g) pro Hi-C experiment. | ||
Doporučené doručení vzorku
Nádoba: 2 ml centrifugační zkumavka (nedoporučuje se cínová fólie)
U většiny vzorků doporučujeme nekonzervovat v etanolu.
Označení vzorků: Vzorky musí být jasně označeny a shodné s předloženým formulářem informací o vzorku.
Zásilka: Suchý led: Vzorky je třeba nejprve zabalit do sáčků a uložit do suchého ledu.
Tok servisní práce
Návrh experimentu
Vzorová dodávka
Extrakce DNA
Stavba knihovny
Sekvenování
Analýza dat
Poprodejní služby
*Zde uvedené ukázkové výsledky jsou všechny z genomů publikovaných společností Biomarker Technologies
1.Hi-C interakční tepelná mapaCamptotheca acuminatagenom.Jak je znázorněno na mapě, intenzita interakcí negativně koreluje s lineární vzdáleností, což ukazuje na vysoce přesné sestavení na úrovni chromozomů.(Poměr ukotvení: 96,03 %)
Kang M a kol.,Příroda komunikace, 2021
2.Hi-C usnadnil validaci inverzí meziGossypium hirsutumL. TM-1 A06 aG. arboreumChr06
Yang Z a kol.,Nature Communications, 2019
3. Sestavení a bialelická diferenciace genomu kasavy SC205.Tepelná mapa Hi-C ukazuje jasné rozdělení v homologních chromozomech.
Hu W a kol.,Molekulární rostlina, 2021
4.Hi-C teplotní mapa na sestavení genomu dvou druhů Ficus:F.microcarpa(poměr ukotvení: 99,3 %) aF.hispida (poměr ukotvení: 99,7 %)
Zhang X a kol.,Buňka, 2020
Pouzdro BMK
Genomy Banyan Tree a Opylovač Vosy poskytují pohledy na koevoluci fíkovníku
Publikováno: Buňka, 2020
Strategie sekvenování:
F. microcarpa genom: Přibl.84 X PacBio RSII (36,87 Gb) + Hi-C (44 Gb)
F. hispidagenom: Přibl.97 X PacBio RSII (36,12 Gb) + Hi-C (60 Gb)
Eupristina verticillatagenom: Přibl.170 X PacBio RSII (65 Gb)
Klíčové výsledky
1. Dva genomy banyanového stromu a jeden genom vosy opylovače byly zkonstruovány pomocí sekvenování PacBio, Hi-C a vazebné mapy.
(1)F. microcarpagenom: Byla vytvořena sestava 426 Mb (97,7 % odhadované velikosti genomu) s kontigem N50 908 Kb, skóre BUSCO 95,6 %.Celkem bylo pomocí Hi-C ukotveno 423 Mb sekvencí na 13 chromozomech.Anotace genomu poskytla 29 416 genů kódujících protein.
(2)F. Hispidagenom: Sestava 360 Mb (97,3 % odhadované velikosti genomu) byla výtěžkem s kontigem N50 492 Kb a skóre BUSCO 97,4 %.Celkem 359 Mb sekvencí bylo ukotveno na 14 chromozomech pomocí Hi-C a vysoce identické s mapou spojení s vysokou hustotou.
(3)Eupristina verticillatagenom: Byla vytvořena sestava 387 Mb (odhadovaná velikost genomu: 382 Mb) s kontigem N50 3,1 Mb a skóre BUSCO 97,7 %.
2. Srovnávací genomická analýza odhalila velké množství strukturních variací mezi dvěmaFíkusgenomy, které poskytly neocenitelný genetický zdroj pro studie adaptivní evoluce.Tato studie poprvé poskytla pohled na koevoluci fíkové a vosy na genomické úrovni.
 Circos diagram na genomických rysech dvouFíkusgenomy, včetně chromozomů, segmentální duplikace (SD), transpozony (LTR, TE, DNA TE), genová exprese a syntenie |  Identifikace chromozomu Y a kandidátní gen pro určení pohlaví |
Zhang, X., a kol.Genomy Banyan Tree a Opylovač Vosy poskytují pohled na koevoluci fíkových a vosích.Buňka 183,4 (2020).
