Sestavení genomu na bázi Hi-C
Hi-C je metoda navržená k zachycení konfigurace chromozomů kombinací interakcí založených na blízkosti a vysokokapacitního sekvenování. Předpokládá se, že intenzita těchto interakcí negativně koreluje s fyzickou vzdáleností na chromozomech. Data Hi-C se proto používají k vedení shlukování, řazení a orientace sestavených sekvencí v návrhu genomu a k jejich ukotvení na určitý počet chromozomů. Tato technologie umožňuje sestavení genomu na úrovni chromozomů bez genetické mapy založené na populaci. Každý jednotlivý genom potřebuje Hi-C.
Funkce služby
● Sekvenování na přístroji Illumina NovaSeq s PE150.
● Služba vyžaduje, aby se vzorky tkání místo extrahovaných nukleových kyselin propojily formaldehydem a zachovaly interakce DNA-protein.
● Experiment Hi-C zahrnuje restrikci a opravu lepkavých konců biotinem, následovanou cirkularizací výsledných tupých konců při zachování interakcí. DNA je poté stažena streptavidinovými kuličkami a purifikována pro následnou přípravu knihovny.
Výhody služby
Přehled Hi-C
(Lieberman-Aiden E. a kol.,Věda, 2009)
●Eliminace potřeby genetických populačních dat:Hi-C nahrazuje základní informace potřebné pro ukotvení contig.
●Vysoká hustota markerů:což vede k vysokému poměru ukotvení kontigů nad 90 %.
●Rozsáhlé odborné znalosti a publikační záznamy:BMKGene má rozsáhlé zkušenosti s více než 2000 případy sestavování Hi-C genomu z 1000 různých druhů a s různými patenty. Více než 200 publikovaných případů má kumulativní impakt faktor přes 2000.
●Vysoce kvalifikovaný bioinformatický tým:Díky vlastním patentům a autorským právům k softwaru pro Hi-C experimenty a analýzu dat umožňuje tento vlastní software pro vizualizaci dat ruční přesun bloků, vrácení zpět, rušení a opakování.
●Poprodejní podpora:Náš závazek sahá i nad rámec dokončení projektu a zahrnuje 3měsíční poprodejní servis. Během této doby nabízíme následnou péči o projekt, pomoc s řešením problémů a diskuze s otázkami a odpověďmi, kde zodpovíme veškeré dotazy týkající se výsledků.
●Komplexní anotace: používáme více databází k funkční anotaci genů s identifikovanými variacemi a provádíme odpovídající analýzu obohacení, což poskytuje poznatky o více výzkumných projektech.
Specifikace služby
| Příprava knihovny | Strategie sekvenování | Doporučený výstup dat | Kontrola kvality |
| Hi-C knihovna | Illumina NovaSeq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85 % |
Požadavky na vzorek
| Tkáň | Požadovaná částka |
| Zvířecí vnitřnosti | ≥ 2 g |
| Zvířecí svaly | |
| Savčí krev | ≥ 2 ml |
| Drůbeží/rybí krev | |
| Rostlina - čerstvý list | ≥ 3 g |
| Kultivované buňky | ≥ 1x107 |
| Hmyz | ≥ 2 g |
Pracovní postup služby
Návrh experimentu
Dodání vzorku
Výstavba knihovny
Sekvenování
Analýza dat
Poprodejní služby
1) Kontrola kvality nezpracovaných dat
2) Kontrola kvality knihovny Hi-C: odhad platných interakcí Hi-C
3) Hi-C sestavení: shlukování kontigů do skupin, následované uspořádáním kontigů v každé skupině a přiřazením orientace kontigů
4) Hodnocení Hi-C
Kontrola kvality knihovny Hi-C – odhad platných interakčních párů Hi-C
Hi-C Assembly – statistiky
Vyhodnocení po sestavení – tepelná mapa intenzity signálu mezi biny
Prozkoumejte pokroky, které umožňují montážní služby Hi-C od BMKGene, prostřednictvím pečlivě vybraných publikací.
Tian, T. a kol. (2023) „Sestavení genomu a genetická disekce prominentní zárodečné plazmy kukuřice odolné vůči suchu“, Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), s. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, ZL a kol. (2020) „Sestavení genomu asijské včely medonosné Apis cerana na chromozomální úrovni“, Frontiers in Genetics, 11, s. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Zhang, F. a kol. (2023) „Odhalení evoluce biosyntézy tropanových alkaloidů analýzou dvou genomů z čeledi Solanaceae“, Nature Communications 2023 14:1, 14(1), s. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. a kol. (2020) „Genomy banyánového stromu a vosy opylovačky poskytují vhled do koevoluce fíkovníků a vosy“, Cell, 183(4), s. 875–889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
