Dlouhé nekódující sekvenování - Illumina
Výhody služby
●Společná analýza mRNA a lncRNAKombinací kvantifikace mRNA transkriptů se studiem lncRNA a jejich cílů je možné získat hloubkový přehled o regulačním mechanismu, který je základem buněčné odpovědi.
●Rozsáhlé odborné znalostiZpracovali jsme přes 230 000 vzorků, které pokrývaly rozmanité cíle a cíle projektů. Do každého projektu vnášíme bohaté odborné znalosti.
●Společná analýza mRNA a lncRNAKombinujeme kvantifikaci mRNA transkriptů se studiem lncRNA a jejich cílů, což umožňuje získat hloubkový přehled o regulačním mechanismu, který je základem buněčné odpovědi.
●Přísná kontrola kvalityVe všech fázích, od přípravy vzorků přes přípravu knihovny až po sekvenování a bioinformatiku, implementujeme klíčové kontrolní body. Naše pečlivé monitorování zajišťuje konzistentně vysoce kvalitní výsledky.
●Komplexní anotacePro funkční anotaci diferenciálně exprimovaných genů (DEG) a provedení odpovídajících obohacovacích analýz využíváme několik databází. Tento komplexní přístup poskytuje vhled do buněčných a molekulárních procesů, které jsou základem transkriptomové odpovědi, a zajišťuje, že získáte veškeré možné informace o datech vašeho experimentu.
●Poprodejní podporaChápeme, jak důležité je být přítomen, a proto náš závazek přesahuje rámec dokončení projektu a poskytuje 3měsíční poprodejní servis. Během této doby nabízíme následnou péči o projekt, pomoc s řešením problémů a diskuze s otázkami a odpověďmi, kde zodpovíme veškeré dotazy týkající se výsledků.
Požadavky na vzorky a dodání
| Knihovna | Platforma | Doporučená data | Kontrola kvality dat |
| Směrová knihovna s deplecí rRNA | Illumina PE150 | 10–16 GB | Q30≥85% |
Nukleotidy:
| Koncentrace (ng/μl) | Množství (μg) | Čistota | Integrita |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Na gelu je patrná omezená nebo žádná kontaminace proteiny nebo DNA. | RIN ≥ 6,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; omezená nebo žádná elevace základní linie |
● Rostliny:
Kořen, stonek nebo okvětní lístek: 450 mg
List nebo semeno: 300 mg
Ovoce: 1,2 g
● Zvíře:
Srdce nebo střeva: 450 mg
Vnitřnosti nebo mozek: 240 mg
Sval: 600 mg
Kosti, vlasy nebo kůže: 1,5 g
● Členovci:
Hmyz: 9 g
Korýši: 450 mg
● Plná krev:2 trubice
● Buňky: 106 buňky
● Sérum a plazma6 ml
Doporučené dodání vzorku
Nádoba: 2ml centrifugační zkumavka (nedoporučuje se cínová fólie)
Ukázkové označení: Seskupit + replikovat, např. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Zásilka:
1. Suchý led: Vzorky je třeba zabalit do pytlů a uložit do suchého ledu.
2. Zkumavky pro stabilizaci RNA: Vzorky RNA lze sušit ve zkumavce pro stabilizaci RNA (např. RNAstable®) a přepravovat při pokojové teplotě.
Pracovní postup služby
Návrh experimentu
Dodání vzorku
Extrakce RNA
Výstavba knihovny
Sekvenování
Analýza dat
Poprodejní služby
Bioinformatika
- Nezpracovaná data
- Kontrola kvality dat
- Zarovnání genomu
- Struktura genu (alternativní sestřih, optimalizace struktury genu a predikce nových genů)
- Kvantifikace genové exprese
- Analýza diferenciální exprese
- Anotace a obohacení DEG + Diferenciálně exprimované cílové geny lncRNA
- Identifikace přepisu
- Identifikace lncRNA (konzervace lncRNA a známá lncRNA)
- Predikce cílových genů lncRNA
- Kvantifikace exprese lncRNA
- Společná analýza s daty mRNA
Analýza diferenciální genové exprese (DEG)
Kvantifikace exprese lncRNA – shlukování
Obohacení cílových genů lncRNA
Analýza společné pozice mRNA a lncRNA – Circos graf (střední kruh je mRNA a vnitřní kruh je lncRNA)
Prozkoumejte pokroky, které umožnily sekvenční služby lncRNA společnosti BMKGene, prostřednictvím uspořádané kolekce publikací.
Ji, H. a kol. (2020) „Identifikace, funkční predikce a klíčové ověření lncRNA lncRNA souvisejících s chladovým stresem v játrech potkanů“,Vědecké zprávy2020 10:1, 10(1), s. 1–14. doi: 10.1038/s41598-020-57451-7.
Jia, Z. a kol. (2021) „Integrativní transkriptomická analýza odhaluje imunitní mechanismus kmene kapra obecného rezistentního vůči CyHV-3“,Hranice v imunologii, 12, str. 687151. doi: 10.3389/FIMMU.2021.687151/BIBTEX.
Wang, XJ a kol. (2022) „Prioritizace konkurenčních endogenních regulačních sítí RNA u malobuněčného karcinomu plic založená na integraci multi-omik: Molekulární charakteristiky a kandidáti na léčiva“,Hranice v onkologii, 12, str. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xiao, L. a kol. (2020) „Genetická disekce sítě genové koexprese, která je základem fotosyntézy u Populus“,Časopis o rostlinné biotechnologii, 18(4), s. 1015–1026. doi: 10.1111/PBI.13270.
Zheng, H. a kol. (2022) „Globální regulační síť pro dysregulovanou genovou expresi a abnormální metabolickou signalizaci v imunitních buňkách v mikroprostředí Gravesovy choroby a Hashimotovy tyreoiditidy“,Hranice v imunologii, 13, str. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.
