BMKCloud Log in
条形 banner-03

produkty

Dlouhé nekódující sekvenování-Illumina

Dlouhé nekódující RNA (lncRNA) jsou typem molekul RNA o délce přesahující 200 nt, které se vyznačují extrémně nízkým kódovacím potenciálem.LncRNA, jako klíčový člen v nekódujících RNA, se nachází hlavně v jádře a plazmě.Vývoj v technologii sekvenování a bioinformatiky umožňuje identifikaci mnoha nových lncRNA a asociaci těch s biologickými funkcemi.Kumulativní důkazy naznačují, že lncRNA se široce podílí na epigenetické regulaci, regulaci transkripce a post-transkripční regulaci.


Podrobnosti o službě

Bioinformatika

Výsledky ukázky

Případová studie

Výhody služby

● Servisní výhody

● Buněčně a tkáňově specifické

● Specifická fáze vyjadřuje a prezentuje dynamickou změnu výrazu

● Přesné vzorce vyjádření času a prostoru

● Společná analýza s daty mRNA.

● Doručování výsledků na bázi BMKCloud: Na platformě je k dispozici přizpůsobené dolování dat.

● Poprodejní služby platné 3 měsíce po dokončení projektu

Vzorové požadavky a dodání

Knihovna

Plošina

Doporučené údaje

Data QC

vyčerpání rRNA

Illumina PE150

10 Gb

Q30≥85 %

Konc. (ng/μl)

množství (μg)

Čistota

Integrita

≥ 100

≥ 0,5

OD260/280 = 1,7-2,5

OD260/230=0,5-2,5

Omezená nebo žádná kontaminace proteiny nebo DNA na gelu.

Pro rostliny: RIN≥6,5;

Pro zvířata: RIN≥7,0;

5,0≥28S/18S≥1,0;

omezená nebo žádná základní elevace

Nukleotidy:

Tkáň: Hmotnost (suchá): ≥1 g

*Pro tkáň menší než 5 mg doporučujeme odeslat bleskově zmrazený (v tekutém dusíku) vzorek tkáně.

Buněčná suspenze: Počet buněk = 3x107
*Doporučujeme zasílat zmrazený buněčný lyzát.V případě, že počet buněk je menší než 5×105, doporučuje se bleskově zmrazit v tekutém dusíku.

Vzorky krve:
PA×geneBloodRNATube;
6 ml TRIzolu a 2 ml krve (TRIzol: Krev = 3:1)

Doporučené doručení vzorku
Nádoba: 2 ml centrifugační zkumavka (nedoporučuje se cínová fólie)
Označení vzorků: Skupina+replikace např. A1, A2, A3;B1, B2, B3......

Náklad:
1. Suchý led: Vzorky je třeba zabalit do sáčků a zahrabat do suchého ledu.
2. Zkumavky RNAstable: Vzorky RNA lze sušit ve zkumavce pro stabilizaci RNA (např. RNAstable®) a přepravovat při pokojové teplotě.

Tok servisní práce

Ukázka kontroly kvality

Návrh experimentu

dodání vzorku

Vzorová dodávka

Pilotní experiment

Extrakce RNA

Příprava knihovny

Stavba knihovny

Sekvenování

Sekvenování

Analýza dat

Analýza dat

Poprodejní služby

Poprodejní služby


  • Předchozí:
  • Další:

  • Bioinformatika

    wps_doc_12

     

    1. Klasifikace LncRNA

    LncRNA predikované čtyřmi software výše byly klasifikovány do 4 kategorií: lincRNA, anti-sense-LncRNA, intronic-LncRNA;sense-LncRNA.Klasifikace LncRNA byla ukázána na histogramu níže.

    Klasifikace LncRNA

    Klasifikace LncRNA

    2.Cis-cílené geny analýzy obohacení DE-lncRNA

    ClusterProfiler byl použit při analýze obohacení GO na cis-cílených genech diferenciálně exprimované lncRNA (DE-lncRNA), z hlediska biologických procesů, molekulárních funkcí a buněčných komponent.Analýza obohacení GO je proces k identifikaci významně obohacených termínů GO řízených DEG ve srovnání s celým genomem.Obohacené termíny byly prezentovány v histogramu, bublinovém grafu atd., jak je uvedeno níže.

    Cis-cílené-geny-DE-lncRNA-obohacení-analýza--bublinový-grafCis-cílené geny analýzy obohacení DE-lncRNA - bublinový graf

     

    3. Porovnáním délky, počtu exonů, ORF a množství exprese mRNA a lncRNA můžeme porozumět rozdílům ve struktuře, sekvenci atd. mezi nimi a také ověřit, zda námi předpovídaná nová lncRNA odpovídá obecným charakteristikám.

    wps_doc_13

    Pouzdro BMK

    Deregulovaný profil exprese lncRNA u myších plicních adenokarcinomů s mutací KRAS‐G12D a knockoutem P53

    Publikováno:Journal of Cellular and Molecular Medicine,2019

    Strategie sekvenování

    Illumina

    Kolekce vzorků

    NONMMUT015812-knockdown KP (shRNA-2) buňky a negativní kontrolní (sh-Scr) buňky byly získány v den 6 specifické virové infekce.

    Klíčové výsledky

    Tato studie zkoumá aberantně exprimované lncRNA v myším plicním adenokarcinomu s knockoutem P53 a mutací KrasG12D.
    1,6424 lncRNA bylo odlišně exprimováno (≥ 2násobná změna, P < 0,05).
    2. Ze všech 210 lncRNA (FC≥8) byla exprese 11 lncRNA regulována P53, 33 lncRNA pomocí KRAS a 13 lncRNA hypoxií v primárních KP buňkách, v daném pořadí.
    3.NONMMUT015812, který byl pozoruhodně up-regulován u myšího plicního adenokarcinomu a negativně regulován reexpresí P53, byl detekován za účelem analýzy jeho buněčné funkce.
    4. Knockdown NONMMUT015812 pomocí shRNA snížil proliferační a migrační schopnosti KP buněk.NONMMUT015812 byl potenciální onkogen.

    PB-celá délka-RNA-sekvenování-případová studie

    Analýza KEGG dráhy odlišně exprimovaných genů v NONMMUT015812-knockdown KP buňkách

    PB-celá délka-RNA-sekvenování-případová studie

    Analýza genové ontologie odlišně exprimovaných genů v NONMMUT015812-knockdown KP buňkách

    Odkaz

    Deregulovaný profil exprese lncRNA u myších plicních adenokarcinomů s mutací KRAS‐G12D a knockoutem P53[J].Journal of Cellular and Molecular Medicine, 2019, 23(10).DOI: 10.1111/jcmm.14584

    získat cenovou nabídku

    Zde napište svou zprávu a pošlete nám ji

    Pošlete nám svou zprávu: