Metabolomika
Funkce
●Ne-cílená metabolomika (Discovery Metabolomics)
Necílená metabolomika, založená na technologii kapalinové chromatografie s hmotnostní spektrometrií (LC-MS), umožňuje objektivní detekci co největšího počtu nízkomolekulárních metabolitů v biologických vzorcích, jako jsou buňky, tkáně, orgány nebo tělní tekutiny. Provádí srovnávací analýzu mezi experimentální a kontrolní skupinou a pomocí statistické analýzy skríninguje rozdílné metabolity.
● Necílená metabolomika lipidů
Využití technologie kapalinové chromatografie s hmotnostní spektrometrií (LC-MS),nCílená metabolomika lipidů dosahuje objektivní detekce co největšího počtu lipidových molekul v biologických vzorcích, včetně buněk, tkání, orgánů nebo tělních tekutin.
● Široký-Cílená metabolomika
Tato služba dokonale kombinuje výhody vysokého rozlišení a širokého pokrytí necílené technologie s vysokou citlivostí a přesnými kvantifikačními možnostmi cílené technologie MRM (Multiple Reaction Monitoring). Pracovní postup je následující: Nejprve se použije hmotnostní spektrometrie s vysokým rozlišením k provedení skenování MS² s ultravysokým pokrytím vzorků za účelem získání MS² spekter „všech“ metabolitů. Poté se provede přesná identifikace metabolitů kombinací s knihovnou MS² s vysokým rozlišením (pokrývající přes 25 000 metabolitů s několika standardními MS² spektry s vysokým rozlišením pro každý metabolit). Následně se z hmotnostních spekter extrahují informace o iontových párech MRM za účelem vytvoření specifické knihovny pro vzorky. Nakonec se pro přesnou kvantifikaci použije trojitá kvadrupólová hmotnostní spektrometrie s technologií MRM.
● Cílená metabolomika
Cílená metabolomika se zaměřuje na několik cílových sloučenin nebo všechny/částečné metabolity zapojené do specifické metabolické dráhy. Pomocí standardních látek zavádí detekční metodu se silnou specificitou, vysokou citlivostí a dobrou opakovatelností pro kvantifikaci a analýzu cílových sloučenin. Pro absolutní kvantifikaci využívá externí standard v kombinaci s interním standardem, s linearitou standardní křivky dosahující přes 0,99 a citlivostí až do úrovně ng/ml.
Výhody
●Pokročilá detekční platforma
-Vybaven špičkovými hmotnostními spektrometry s vysokým rozlišením a trojitými kvadrupólovými hmotnostními spektrometry, které umožňují simultánní detekci a analýzu tisíců metabolitů.
●Komplexní databáze
- Veřejné databáze: Zahrnují METLIN, KEGG, HMDB, NP Atlas a Lipidmaps a obsahují přes 500 000 metabolitů.
- InterníDatabáze specifická pro rostliny: Obsahuje více než 25 000 metabolitů, včetně primárních a sekundárních metabolitů.
- InterníDatabáze specifická pro zvířata/lékařské účely: Obsahuje více než 12 000 metabolitů.
●Přísný systém kontroly kvality
-Přísná kontrola kvality zahrnující stabilitu přístroje, rezidua látek, PCA vzorků pro kontrolu kvality a korelační analýzu pro zajištění spolehlivé kvality dat.
●Vysoká kapacita detekce metabolitů
- Ne-Cílená metabolomika: Detekuje v průměru více než 4 200 metabolitů na jeden běh, což je ideální pro zkoumání neznámých metabolitů ve vzorcích a identifikaci metabolitů ve složitých vzorcích.
- Široký-Cílená metabolomika (rostlina): Detekuje v průměru více než 2 410 metabolitů na měření, včetně primárních a sekundárních metabolitů.
- Široký-Cílená metabolomika (zvířata): Detekuje průměrně více než 1 250 metabolitů na jeden běh.
- Cílená metabolomika: Panelyprovíce kategorií metabolitů.
●Komplexní analýza
-Nabízí více než 10 analytických položek a přes 20 vizualizačních grafů.
●Promyšlený poprodejní servis
-Poskytuje poprodejní konzultace a podporu při interpretaci závěrečné zprávy.
Specifikace služby
| Řešení | Platforma | Doporučené biologické replikáty |
|---|---|---|
| Necílená metabolomika | UHPLC-TOF-MS (Waters Xevo G2-XS QTof) | Vzorek rostlin a mikrobů: ≥ 6 Vzorek zvířat: ≥ 10 Klinický vzorek: ≥ 30 Všechny biologické replikované vzorky byly analyzovány nezávisle. |
| Široce cílená metabolomika | Vodní Xevo G2-XS QTOF + AB Sciex QTRAP 6500+ | Vzorek rostliny: ≥ 3 |
| Cílená metabolomika | UHPLC-QQQ-MS (AB Sciex QTRAP 6500+) GC-MS (Agilent 7890-5977, Agilent 7820-5977) | Vzorek rostliny: ≥ 3 Vzorek zvířat: ≥ 6 |
Požadavky na vzorek
Zajímá vás, zda vaše vzorky splňují naše kritéria? Klikněte zde a získejte našenejnovější požadavky na vzorky.
Pracovní postup služby
Sběr vzorků
Extrakce metabolitů
Sběr dat
Analýza dat
Doručování dat
1. Šum na pozadí a nekvalitní zpracování nezpracovaných dat
2. Posouzení kvality dat
2.1 Analýza hlavních komponent
2.2 Posouzení reprodukovatelnosti
3. Anotace metabolitů
3.1 Anotace databáze KEGG
3.2 Anotace databáze HMDB
3.3 Anotace databáze lipidových map
4. Analýza dat seskupování vzorků (biologické replikáty)≥3)
4.1 Analýza hlavních komponent skupiny
4.2 Ortogonální diskriminační analýza metodou parciálních nejmenších čtverců (OPLS-DA)
4.3 Analýza metabolitů ve skupinách s diferenciálním rozložením
5. Diferenciální selekce metabolitů (biologické replikáty)≥3)
5.1 Analýza diferenciální násobné změny
5.2 Diferenciální metabolitový sopkový graf
5.3 Diferenciální tepelná mapa shlukování metabolitů
5.4 Graf korelace diferenciálních metabolitů
5.5 Z-skóre diferenciálních metabolitů
5.6 Analýza diferenčního radarového grafu metabolitů
5.7 Houslový graf diferenciálních metabolitů
5.8 Krabicový graf diferenciálních metabolitů
5.9 Funkční anotace a analýza obohacení diferenciálních metabolitů KEGG
5.10 Analýza ROC křivky
5.11 Diferenciální shlukování metabolitů pomocí k-průměrů
5.12 Vennův diagram diferenciálních metabolitů
1. Posouzení kvality dat
↑Canalýza orrelací(Testovací vzorek/vzorek pro kontrolu kvality)
↑Analýza hlavních komponent ↑Analýza shlukování metabolitů
2. Anotace metabolitů
↑Anotace databáze KEGG↑Anotace databáze HMDB
↑Anotace databáze lipidových map
3. Analýza dat seskupování vzorků (biologické replikáty)≥3)
↑Analýza hlavních komponent skupiny(2D/3D)
↑Ortogonální diskriminační analýza metodou parciálních nejmenších čtverců (OPLS-DA)
4. Diferenciální selekce metabolitů (biologické replikáty)≥3)
↑Analýza diferenciální změny násobku↑Graf diferenciálních metabolitů sopky
↑Teplotní mapa shlukování diferenciálních metabolitů↑Graf korelace diferenciálních metabolitů
↑Z-skóre diferenciálního metabolitu↑Analýza radarového grafu diferenciálních metabolitů
↑Houslový graf diferenciálních metabolitů↑Krabicový graf diferenciálních metabolitů
↑Funkční anotace a analýza obohacení diferenciálního metabolitu KEGG
↑Analýza ROC křivky↑Shlukování diferenciálních metabolitů pomocí k-průměrů
↑Diferenciální metabolit Vennův diagram
Wang X, Wang D, Liu X, Zhang H, Chen G, Xu M, Shen X, You C. Transkripční faktor SAWTOOTH1 (MdSAW1) podobný BEL1 u jabloně domácí (Malus domestica) zvyšuje toleranci transgenních jabloní a rostlin Arabidopsis k nadměrnému stresu zinkem. Int J Biol Macromol. 2025 květen;307(část 3):141948. doi: 10.1016/j.ijbiomac.2025.141948. Epub 2025 březen 10. PMID: 40074134.
Ain QU, Hussain HA, Rahman L, Zhang Q, Rehman A, Hussain S, Uddin S, Imran A. Interaktivní vliv zelených nanočástic zprostředkovaných Moringa oleifera a arbuskulárních mykorhizních hub na růst, architekturu kořenového systému a příjem živin u kukuřice (Zea mays L.). Plant Physiol Biochem. 2025 Sep;226:110063. doi: 10.1016/j.plaphy.2025.110063. Epub 2025 May 24. PMID: 40441096.
Wang X, Luo J, Wang Q, Zhang Q, Zhao T, Liu Y, Li T, Liu X, Jiang J. Jasmonát aktivuje modul podobný SlJAZ2/3-SlMYC3 regulující příjem K+ v reakci rajčat na stres s nízkým obsahem K+. J Integr Plant Biol. srpen 2025;67(8):2058-2077. doi: 10.1111/jipb.13941. Epub 28. května 2025. PMID: 40432500.
