mRNA-sekvenování (NGS) – De novo

Sekvenování mRNA umožňuje profilování všech transkriptů mRNA v buňkách za specifických podmínek a je široce používanou technologií v různých oblastech výzkumu. Proces BMKCloud De novo mRNA-seq je navržen pro analýzu sekvenčních knihoven obohacených poly-A, pokud není k dispozici žádný referenční genom. Proces začíná kontrolou kvality, po níž následujede novosestavení transkriptu a výběr sady unigenů. Analýza struktury unigenů predikuje kódující sekvenci (CDS) a jednoduché sekvenční repetice (SSR). Následně analýza diferenciální exprese vyhledává diferenciálně exprimované geny (DEG) mezi testovanými podmínkami, následuje funkční anotace a obohacení DEG za účelem extrahování biologických poznatků.