Metagenomické sekvenování-Nanopore
Výhody služby
● Vysoce kvalitní sestavení – zvýšení přesnosti identifikace druhů a predikce funkčních genů
● Uzavřená izolace bakteriálního genomu
● Výkonnější a spolehlivější aplikace v různých oblastech, např. detekce patogenních mikroorganismů nebo genů souvisejících s odolností vůči antibiotikům
● Srovnávací metagenomová analýza
Specifikace služby
| Plošina | Sekvenování | Doporučené údaje | Doba obratu |
| Nanopore | ONT | 6 G/10 G | 65 pracovních dnů |
Bioinformatické analýzy
● Kontrola kvality nezpracovaných dat
● Sestavení metagenomu
● Neredundantní genová sada a anotace
● Analýza druhové diverzity
● Analýza diverzity genetických funkcí
● Meziskupinová analýza
● Asociační analýza proti experimentálním faktorům
Vzorové požadavky a dodání
Vzorové požadavky a dodání
Vzorové požadavky:
ProDNA extrakty:
| Typ vzorku | Množství | Koncentrace | Čistota |
| DNA extrakty | 1-1,5 μg | ＞ 20 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Pro vzorky životního prostředí:
| Typ vzorku | Doporučený postup odběru vzorků |
| Půda | Vzorkovací množství: cca.5 g;Zbývající uschlá hmota musí být odstraněna z povrchu;Velké kusy rozemlejte a nechte projít 2 mm filtrem;Alikvotní vzorky ve sterilní EP zkumavce nebo cyrotube k rezervaci. |
| Feces | Vzorkovací množství: cca.5 g;Odeberte a alikvotní vzorky odeberte do sterilní EP zkumavky nebo kryozkumavky pro rezervaci. |
| Střevní obsah | Vzorky musí být zpracovány za aseptických podmínek.Promyjte odebranou tkáň PBS;Odstřeďte PBS a seberte srážedlo do EP zkumavek. |
| Kal | Vzorkovací množství: cca.5 g;Odeberte a alikvotní vzorek kalu ve sterilní EP zkumavce nebo kryozkumavce pro rezervaci |
| Vodní tělo | U vzorku s omezeným množstvím mikrobiálních látek, jako je voda z vodovodu, studniční voda atd., odeberte alespoň 1 l vody a nechte projít filtrem 0,22 μm, abyste obohatili mikrobiální látky na membráně.Uchovávejte membránu ve sterilní zkumavce. |
| Kůže | Opatrně seškrábněte povrch kůže sterilním vatovým tamponem nebo chirurgickou čepelí a vložte jej do sterilní zkumavky. |
Doporučené doručení vzorku
Zmrazte vzorky v kapalném dusíku na 3-4 hodiny a skladujte v kapalném dusíku nebo -80 stupňů pro dlouhodobou rezervaci.Vyžaduje se odeslání vzorku se suchým ledem.
Tok servisní práce
Vzorová dodávka
Stavba knihovny
Sekvenování
Analýza dat
Poprodejní služby
1. Heatmap: Shlukování druhové bohatosti
2.Funkční geny anotované ke KEGG metabolickým drahám
3. Druhová korelační síť
4.Circos genů antibiotické rezistence CARD
Pouzdro BMK
Nanopore metagenomics umožňuje rychlou klinickou diagnostiku bakteriálních infekcí dolních cest dýchacích
Publikováno:Přírodní biotechnologie, 2019
Technické přednosti
Sekvenování: Nanopore MinION
Klinická metagenomická bioinformatika: Deplece hostitelské DNA, analýza WIMP a ARMA
Rychlá detekce: 6 hodin
Vysoká citlivost: 96,6%
Klíčové výsledky
V roce 2006 způsobila infekce dolních cest dýchacích (LR) celosvětově 3 miliony lidských úmrtí.Typickou metodou detekce patogenu LR1 je kultivace, která má špatnou citlivost, dlouhou dobu obratu a chybí vodítko pro časnou antibiotickou terapii.Rychlá a přesná mikrobiální diagnostika je již dlouho naléhavou potřebou.Dr. Justin z University of East Anglia a jeho partneři úspěšně vyvinuli metagenomickou metodu pro detekci patogenů založenou na Nanopore.Podle jejich pracovního postupu může být vyčerpáno 99,99 % hostitelské DNA.Detekce patogenů a genů rezistentních na antibiotika může být dokončena za 6 hodin.
Odkaz
Charalampous, T., Kay, GL, Richardson, H., Aydin, A., & O'Grady, J..(2019).Nanopore metagenomics umožňuje rychlou klinickou diagnostiku bakteriální infekce dolních cest dýchacích.Nature Biotechnology, 37(7), 1.
