Metagenomické sekvenování-TGS
Metagenom je soubor genetického materiálu smíšené komunity organismů, jako jsou environmentální a lidské metagenomy. Obsahuje genomy kultivovatelných i nekultivovatelných mikroorganismů. Metagenomické sekvenování umožňuje studium těchto složitých genomických krajin vložených do ekologických vzorků tím, že poskytuje více než jen taxonomické profilování. Nabízí také funkční genomickou perspektivu zkoumáním kódovaných genů a jejich předpokládaných rolí v environmentálních procesech. Zatímco tradiční metody shotgun se sekvenováním Illumina byly široce používány v metagenomických studiích, příchod sekvenování dlouhých čtecích sekvencí Nanopore a PacBio změnil tento obor. Technologie Nanopore a PacBio vylepšují následné bioinformatické analýzy, zejména sestavování metagenomů, a zajišťují tak kontinuálnější sestavování. Zprávy naznačují, že metagenomika založená na Nanopore a PacBio úspěšně generovala kompletní a uzavřené bakteriální genomy ze složitých mikrobiomů (Moss, EL a kol., Nature Biotech, 2020). Integrace čtecích sekvencí Nanopore s čtecími sekvencemi Illumina poskytuje strategický přístup ke korekci chyb a zmírňuje inherentní nízkou přesnost Nanopore. Tato synergická kombinace využívá silné stránky každé sekvenční platformy a nabízí robustní řešení pro překonání potenciálních omezení a zvýšení přesnosti a spolehlivosti metagenomických analýz.
Platforma: Nanopore PromethION 48, Illumia a PacBio Revio
Funkce služby
● Sekvenování dlouhých čtecích dat na Nanopore P48 (knihovna 10 kB); PacBio Revio (knihovna 8 kB)
● Korekce chyb: sekvenování na Illumina NovaSeq (knihovna PE150)
Výhody služby
●Vysoce kvalitní sestavení metagenomu:S menším počtem kontigů, které mají vyšší kontinuitu.
●Vyšší přesnost:Identifikace druhů a predikce funkčních genů.
●Vylepšená montážUsnadnění izolace bakteriálního genomu a srovnávací metagenomové analýzy.
●Komplexní bioinformatická analýza:Naše analýza se zaměřuje nejen na taxonomickou rozmanitost, ale také na funkční rozmanitost společenstva.
●Rozsáhlé zkušenostiNáš tým přináší do každého projektu bohaté zkušenosti. S výsledky úspěšného dokončení řady metagenomických projektů v různých výzkumných oblastech a zpracováním více než 200 000 vzorků přináší náš tým do každého projektu bohaté zkušenosti.
Specifikace služby
| Sekvenční platforma | Strategie sekvenování | Doporučená data |
| Illumina NovaSeq | PE150 | 6 GB |
| Nanoporézní P48 | 10 kB | 6 / 10 GB |
| PacBio Revio | 8 kB | 10 / 20 GB |
Požadavky na vzorek
| Koncentrace (ng/µL) | Celkové množství (µg) | Objem (µL) | |
| Knihovna Illumina PE150 | ≥1 | ≥0,03 | ≥20 |
| Knihovna Nanopore o velikosti 10 kb | ≥40 | ≥2 | ≥20 |
| Knihovna PacBio o velikosti 8 kb | ≥50 | 10 µg/buňka | ≥20 |
Pracovní postup služby
Dodání vzorku
Výstavba knihovny
Sekvenování
Analýza dat
Poprodejní služby
Zahrnuje následující analýzu:
● Kontrola kvality sekvenčních dat
● Sestavení metagenomu a predikce genů
● Anotace genů
● Analýza taxonomické alfa diverzity
● Funkční analýza komunity: Biologická funkce, metabolismus, rezistence na antibiotika
● Analýza funkční i taxonomické rozmanitosti:
Analýza beta diverzity
Meziskupinová analýza
Korelační analýza: mezi faktory prostředí a složením a diverzitou OUT
Distribuce neredundantních genových sad:
Anotace genu: dráha KEGG
Anotace genu: eggNOG
Anotace genu: sacharidy CAZY
Síť korelace druhů:
Prozkoumejte pokroky, které umožnila metagenomická sekvenční služba BMKGene ve spolupráci s Nanopore + Illumina, v této vybrané publikaci:
Jin, H. a kol. (2023) „Vysoce kvalitní genomový kompendium lidského střevního mikrobiomu Vnitřních Mongolů“, Nature Microbiology 2023 8:1, 8(1), s. 150–161. doi: 10.1038/s41564-022-01270-1.
