Nanopore transkriptom v plné délce

Sekvenování transkriptomu s nanopore je výkonná metoda pro sekvenování cDNA v plné délce, která přesně identifikuje a kvantifikuje izoforem transkriptů. Systém BMKCloud Nanopore Full-Length Transcriptome Pipeline je navržen tak, aby analyzoval data RNA-Seq generovaná na platformě Nanopore oproti vysoce kvalitnímu, dobře anotovanému referenčnímu genomu a poskytoval kvalitativní a kvantitativní analýzu na úrovni genů i transkriptů. Po kontrole kvality se získají nechimerické (FLNC) sekvence v plné délce a konsenzuální sekvence se mapují na referenční genom, aby se odstranily redundantní transkripty. Z této sady transkriptů se kvantifikuje exprese a identifikují se a funkčně anotují se diferencovaně exprimované geny a transkripty. Systém také zahrnuje analýzu alternativní polyadenylace (APA), analýzu alternativního sestřihu, analýzu jednoduchých sekvenčních repetic (SSR), predikci lncRNA a odpovídajících cílů, predikci kódujících sekvencí (CDS), analýzu genových rodin, analýzu transkripčních faktorů, predikci nových genů a funkční anotaci transkriptů.