Roztok PacBio 2+3 mRNA v plné délce
Funkce
● Návrh studie:
Sdružený vzorek sekvenován pomocí PacBio pro identifikaci transkripčních izoforem
Samostatné vzorky (replikáty a testované podmínky) sekvenované pomocíNGS pro kvantifikaci exprese transkriptů
● Sekvenování PacBio v režimu CCS, generování HiFi dat
● Sekvencování transkriptů v plné délce
● Analýza nevyžaduje referenční genom; nicméně může být použita
● Bioinformatická analýza zahrnuje nejen expresi na úrovni genů a izoforem, ale také analýzu dlouhých nekondenzovaných RNA, genových fúzí, polyadenylace a genové struktury
Výhody
● Vysoká přesnostHiFi čte s přesností >99,9 % (Q30), srovnatelnou s NGS
● Analýza alternativního sestřihuSekvenování všech transkriptů umožňuje identifikaci a charakterizaci izoforem.
● Kombinace silných stránek PacBio a NGSUmožňuje kvantifikaci exprese na úrovni izoforem a odhaluje změny, které mohou být maskovány při analýze exprese celého genu.
● Rozsáhlé odborné znalostiZpracovali jsme přes 2300 vzorků, náš tým do každého projektu přináší bohaté zkušenosti.
● Poprodejní podporaNáš závazek sahá i nad rámec dokončení projektu a zahrnuje 3měsíční poprodejní servis. Během této doby nabízíme následnou podporu projektu, pomoc s řešením problémů a diskuze s otázkami a odpověďmi, kde zodpovíme veškeré dotazy týkající se výsledků.
Požadavky na vzorky a dodání
| Knihovna | Strategie sekvenování | Doporučená data | Kontrola kvality |
| Knihovna CCS mRNA obohacená o polyA | PacBio Pokračování II PacBio Revio | 20/40 GB 5/10 milionů CCS | Q30≥85% |
| Obohacený poly A | Illumina PE150 | 6–10 GB | Q30≥85% |
Nukleotidy
|
| Koncentrace (ng/μl) | Množství (μg) | Čistota | Integrita |
| Knihovna Illumina | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Na gelu je patrná omezená nebo žádná kontaminace proteiny nebo DNA. | Pro rostliny: RIN ≥ 4,0; Pro zvířata: RIN ≥ 4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; omezená nebo žádná elevace základní linie |
| Knihovna PacBio | ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Na gelu je patrná omezená nebo žádná kontaminace proteiny nebo DNA. | Rostliny: RIN ≥ 7,5 Zvířata: RIN ≥ 8,0 5,0≥28S/18S≥1,0; omezená nebo žádná elevace základní linie |
Doporučené dodání vzorku
Nádoba: 2ml centrifugační zkumavka (nedoporučuje se cínová fólie)
Ukázkové označení: Seskupit + replikovat, např. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Zásilka:
1. Suchý led:Vzorky je třeba zabalit do pytlů a uložit do suchého ledu.
2. Zkumavky pro stabilizaci RNA: Vzorky RNA lze sušit ve zkumavce pro stabilizaci RNA (např. RNAstable®) a přepravovat při pokojové teplotě.
Zahrnuje následující analýzu:
- Nezpracovaná data
- Kontrola kvality
- Alternativní polyadenylační analýza (APA)
- Analýza fúzních transkriptů
- Analýza alternativního sestřihu
- Srovnávací analýza univerzálních jednokopiových orthologů (BUSCO)
- Analýza nových transkriptů: predikce kódujících sekvencí (CDS) a funkční anotace
- Analýza lncRNA: predikce lncRNA a cílů
- Identifikace mikrosatelitů (SSR)
- Analýza diferenciálně exprimovaných transkriptů (DET)
- Analýza diferenciálně exprimovaných genů (DEG)
- Funkční anotace DEG a DET
Analýza BUSCO
Analýza alternativního sestřihu
Alternativní polyadenylační analýza (APA)
Diferenciálně exprimované geny (DEG) a transkripty (analýza DETs9)
Interakční sítě protein-protein DET a DEG
Prozkoumejte pokroky, které umožnilo sekvenování mRNA v plné délce PacBio 2+3 od BMKGene, prostřednictvím uspořádané kolekce publikací.
Chao, Q. a kol. (2019) „Vývojová dynamika transkriptomu stonku Populus“,Časopis o rostlinné biotechnologii, 17(1), s. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. a kol. (2022) „Dynamické změny obsahu kyseliny askorbové během vývoje a zrání plodů Actinidia latifolia (plodiny bohaté na askorbát) a související molekulární mechanismy“,Mezinárodní časopis molekulárních věd, 23(10), str. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. a kol. (2022) „Efektivní predikce genů biosyntetických drah zapojených do bioaktivních polyfylinů u Paris Polyphylla“,Komunikační biologie2022 5:1, 5(1), s. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. a kol. (2023) „Kombinovaná analýza transkriptomu a cytochromu P450 Tuta absoluta (Meyrick) pomocí PacBio Iso-Seq a Illumina RNA-Seq“,Hmyz, 14(4), s. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun a kol. (2019) „Průzkum komplexnosti transkriptomu s využitím analýzy jednotlivých molekul v reálném čase pomocí PacBio v kombinaci se sekvenováním RNA pomocí Illumina pro lepší pochopení biosyntézy kyseliny ricinolejové u Ricinus communis“,Genomika BMC, 20(1), s. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
